羊口疮病毒疫苗株与野毒株VIL-10基因的比较分析

试验旨在比较分析羊口疮病毒(orf virus,ORFV) VIL-10基因在疫苗株和野毒株之间的差异特征.参照GenBank中公布的ORFV NZ2株的VIL-10基因序列设计并合成1对特异性引物,分别以疫苗株和野毒株提取的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增ORFV的VIL-10基因全序列并进行测序,应用生物信息学相关软件分析基因的核苷酸、氨基酸变异情况及蛋白结构.结果显示,本试验测定的疫苗株和野毒株VIL-10基因核苷酸序列同源性为94.4％,差异主要是单个碱基的突变,其中疫苗株在132～134 bp核苷酸序列出现缺失;氨基酸序列同源性为92.5％,出现了15个氨基酸位点的突变,其中疫苗株第42位氨基酸天冬酰胺出现缺失;蛋白质在一级结构及理化性质、二级结构、三级结构、抗原表位参数及有无信号肽之间均存在一定程度的差异,而疫苗株和野毒株编码的蛋白质均无跨膜结构域.系统进化树分析结果表明,本试验测定的野毒株与疫苗株属于不同分支,遗传关系较远.研究结果提示,野毒株与疫苗株的VIL-10基因发生较明显的变异,这些变异可能与ORFV疫苗株的毒力致弱有关.