甘薯病毒G CH株系和CH2株系中国分离物基因组全序列克隆及结构特征分析

为明确甘薯病毒G (sweet potato virus G,SPVG)CH株系中国分离物SPVG-CH-Ch1和CH2株系中国分离物SPVG-CH2-Ch1的基因组结构特征及遗传变异情况,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组全序列,应用DNAMAN软件对基因组全序列及不同编码区序列进行分子变异分析,并基于多聚蛋白基因序列利用MEGA7软件进行系统进化分析.结果 表明,分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组分别包含10 813个和10 834个核苷酸,均包含1个开放阅读框,由10 467个核苷酸组成,编码含有3 488个氨基酸残基的多聚蛋白.分离物SPVG-CH-Ch1与SPVG-CH2-Ch1之间的基因组全序列核苷酸一致性为78.6％,二者与GenBank中登录的其它SPVG分离物基因组全序列核苷酸一致性分别为78.6％～99.1％和77.9％～98.6％,其中SPVG-CH-Ch1与IS103分离物(KM014815)的核苷酸一致性最高,为99.1％,与WT325分离物(KF790759)的核苷酸一致性最低,为78.6％;SPVG-CH2-Ch1与WT325分离物的核苷酸一致性最高,为98.6％,与66A1分离(KX279878)的核苷酸一致性最低,为77.9％.系统进化树显示,SPVG-CH-Ch1与CH株系的7个分离物形成1个分支,SPVG-CH2-Ch1与CH2株系的WT325分离物形成1个分支.表明SPVG的CH株系和CH2株系之间的变异较大,株系内较保守.