利用微滴数字PCR进行CpG岛甲基化表型结直肠癌分子分型

目的:利用微滴数字PCR(droplet digital PCR,DD-PCR)技术进行CpG岛甲基化表型(CpG island methylation phenotype,CIMP)结直肠癌分型,并探讨以血浆游离DNA进行CIMP分型的可行性.方法:收集2008到2012年在长海医院行结直肠癌手术的患者216例,抽提肿瘤组织DNA和血浆游离DNA,重亚硫酸盐处理后,利用DD-PCR进行CIMP分型.CIMP分型选用CA CNA1G、IGF2、NEUROG1、RUNX3、SOCS1五个基因的甲基化位点,利用免疫组织化学技术(IHC)检测P53突变情况,以巢式PCR测序方法检测K-RAS和BRAF突变.结果:216例肿瘤中17例(7.9％)存在BRAF突变,96例(44.4％)存在K-RAS突变和112例(51.9％) P53-IHC(+).31.5％(68/216)的结直肠癌为CIMP(+)(5个基因位点中高甲基化位点数目≥3),82.3％ (14/17)的BRAF突变属于CIMP(+),而只有9.4％ (9/96)的K-RAS突变和7.1％ (8/112)的P53突变属于CIMP(+).除了K-RAS,BRAF和P53突变外,同CIMP(-)结直肠癌相比,CIMP(+)肿瘤还具有独特的临床病理特征:肿瘤更易发生在结直肠的近端位置,黏液性癌比例偏高,分化程度较高,CIMP(+)患者生存时间显著短于CIMP(-)患者.利用血浆游离DNA进行分型和利用肿瘤组织进行分型的一致性为93.4％、灵敏度为87.2％、特异性为100％.结论:CIMP(+)结直肠癌具有独特的临床病理特征,且预后较差;在缺乏肿瘤组织的情况下,利用DD-PCR对血浆游离DNA进行CIMP分型是可行的.