高通量测序技术在静脉吸毒人群HCV gt3感染者中的应用和研究

目的 针对广东地区静脉吸毒人群中流行的HCVgt3建立高通量二代测序技术,以期获得HCVgt3全基因组序列用于流行病学研究.方法 随机选取10例病毒滴度＞ 106 IU/mL以及10例病毒滴度＜106 IU/mL的标本进行高通量二代测序方法的探讨.通过样品均质化、过滤和核酸酶消化等前处理,对RNA提取方法进行比较,对不同滴度的标本采用不同的建库方法.采用“比对到HCV参考序列”和“宏基因组”2种生物信息学方法进行分析获得全基因组序列,将分型结果与前期NS5B和E1进行比较.结果 磁珠法比柱提法获得的HCV RNA产出量高(79.428％ vs 38.462％),富集法获得的“HCV reads/reads”的比例远远大于直接建库法(P＜0.05),当病毒滴度＞106 IU/mL时,用富集法和直接建库法获得的基因组覆盖度无差异(P＞0.05).当病毒滴度＜106 IU/mL时,富集法获得的基因组的覆盖度远远大于直接建库法(P＜0.05).获得的全基因组序列的基因分型与NS5B和E1的基因分型一致.结论 对于HCV gt3的NGS测序方法,RNA提取采用磁珠法,对于病毒滴度＞106 IU/mL的标本,采用直接建库法可以获得全基因组序列,而对于病毒滴度＜ 106 IU/mL的标本,只有采用富集法才能获得全基因组序列.