严重急性呼吸综合征冠状病毒感染肺损伤机制与干预药物的生物信息学分析

目的:分析严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV)感染所致急性肺损伤的机制及潜在干预药物，为治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)提供参考。方法:使用基因表达数据库(Gene Expression Ominibus, GEO)筛选SARS-CoV转录组数据，使用R语言包对数据进行差异表达分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)和基因本体学(Gene Ontology, GO)富集分析。使用STRING在线分析网站进行蛋白质互作网络分析，筛选出关键基因。再应用表观精准治疗预测平台(Epigenomic Precision Medicine Prediction Platform, EpiMed)对关键基因进行多组学关联分析和潜在治疗药物预测。结果:选择SARS-CoV全基因组表达谱数据，共筛选出差异基因3 606个，其中上调2 148个，下调1 458个。GO富集主要与病毒感染、白细胞迁移与粘附、急性炎症反应和胶原蛋白分泌等有关。KEGG富集主要与信号转导、急性炎症、免疫反应等有关。蛋白互作网络分析筛选得到PTPRC、TIMP1、ICAM1和IL1B等10个肺损伤相关的关键基因。EpiMed平台预测出白头翁、虎杖、TNF-α抑制剂、泛昔洛韦、氟伐他汀等药物具有潜在治疗作用。结论:SARS-CoV感染可通过激活一系列炎症相关分子引发肺损伤，可能有效的治疗药物包括白头翁、虎杖、TNF-α抑制剂、泛昔洛韦和氟伐他汀。