斑马鱼肌肉高表达基因近端非编码元件分析及功能检测
Acta Hydrobiologica Sinica（2022）
摘要
为鉴定鱼类肌肉组织特异性顺式调控元件,通过分析斑马鱼多个组织的转录组数据,筛选出肌肉高表达基因及低表达基因.通过MEME对肌肉高表达基因和低表达基因非编码区序列特征进行分析,在5个肌肉高表达基因的转录起始位点上游发现了序列保守的DNA区域,包含6个排列顺序一致的DNA基序.将其中一段目标片段插入具有Tol2转座子元件的基础启动子驱动的eGFP编码基因的上游,构建表达载体.注射载体至斑马鱼受精卵获得转基因胚胎,分析胚胎中eGFP荧光的表达模式,发现该DNA片段具有增强基因在肌肉特异性表达的功能.Tomtom预测该DNA区域可能作为Myod等多个转录因子的结合位点.研究结果有助于理解鱼类肌肉基因表达的遗传基础,并为利用生物信息学方法预测组织特异性转录调控元件提供新思路.
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