版纳微型猪近交系精子发生相关基因PHF7的分子特征及转录调控研究

[目的]获得版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)精子发生相关基因PHF7的分子特征,构建其转录调控网络.[方法]通过RNA-seq技术对BMI睾丸进行全转录组测序;利用RT-PCR技术从BMI睾丸分离PHF7全长编码序列并分析其分子特征和蛋白功能;进一步基于睾丸全转录组测序数据,借助相关数据库对PHF7基因进行功能注释,分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系,并构建其转录调控网络.[结果]成功获得了BMI睾丸转录组数据;通过RT-PCR获得了BMI PHF7 CDS区全长1155 bp,编码384个氨基酸;生物信息分析表明该基因位于猪13号染色体,含11个外显子,PHF7蛋白包含由54个氨基酸组成的PHD锌指结构域和112个氨基酸组成的扩展PHD锌指结构域,无规则卷曲在二级结构中占比最高;进化分析表明,BMI PHF7氨基酸序列在哺乳动物中较为保守,与双峰驼和羊驼的亲缘关系最为接近;蛋白互作网络分析发现,BMI PHF7与10个蛋白存在相互作用;基因功能分析发现,PHF7主要参与金属离子结合过程;基因靶向作用分析发现,猪PHF7受ssc-miR-149、ssc-miR-769-3p、ssc-miR-324、ssc-miR-296-3p、ssc-miR-133b、ssc-miR-7142-3p、ssc-miR-27b-3p、ssc-miR-193a-5p等8个miRNA的靶向调控.[结论]阐明了BMI PHF7基因的分子特征、蛋白质结构并构建了转录调控网络,为深入研究PHF7在BMI精子发生过程的功能奠定基础.