胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型的构建

目的 验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值.方法 下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况.采用单因素COX回归分析和生存曲线分析初步筛选胃癌预后相关基因;使用多因素COX比例风险回归模型确定Wnt信号通路相关基因的预后模型;结合受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)和森林图验证该模型的临床预测价值;该模型在GEO外部数据集中进行验证;应用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)在8对临床胃癌和癌旁组织中检测Wnt信号通路相关基因的表达水平.结果 下载32例胃癌癌旁的正常样品和375例癌组织样品及其相应的临床数据.GSEA富集分析显示,与正常组织相比,Wnt信号通路在胃癌组织中显著富集(P<0.05).单因素COX分析结果表明,13个Wnt信号通路的基因与胃癌预后息息相关.多因素COX确定了模型由ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1与其相应的系数β相乘累加得到.生存曲线和ROC曲线证明该模型可准确预测胃癌患者的预后,其中1年、3年和5年ROC下面积(area under curve,AUC)分别为68.0％、69.4％和78.5％.临床单因素和多因素COX分析表明,该模型可以成为独立于胃癌分级分期系统以外的独立预后因素.胃癌外部数据集(GSE84437)验证结果显示,该模型可以较好地预测胃癌患者预后.qPCR结果显示,与癌旁组织相比,ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1在胃癌组织中表达上调.结论 本研究从生物信息学角度进一步确定了Wnt信号通路在胃癌发生发展过程中的重要作用,并且建立了预后相关的预后模型,为临床基因检测、靶向治疗和个体化治疗提供了新的视角.