基于转录组测序分析并验证与肝癌预后相关的miRNA

目的:利用转录组RNA测序分析筛选与肝癌(HCC)预后相关的miRNA.方法:对正常肝细胞HL7702和HCC细胞Huh7、HepG2和Hep3B进行转录本RNA测序,筛选出HCC细胞与正常肝细胞之间的差异表达miRNAs,对差异表达miRNAs进行生物信息学分析,RT-qPCR验证miR-429表达水平,文献分析miR-429与HCC关系.结果:筛选出在Huh7、HepG2和Hep3B中差异表达的miRNAs共100个,其中上调39个,下调61个;KEGG通路分析表明,差异表达miRNAs主要富集于在多糖降解、癌症中的蛋白聚糖、ErbB等信号通路,其中miR-429在4条信号通路中被富集到.转录组RNA测序和RT-qPCR实验显示miR-429在HCC细胞中高表达,利用Kaplan-Meier plotter数据库对其进行生存分析发现,miR-429高表达的HCC患者总体生存期短(HR=1.63,95％CI:1.14～2.31,P＜0.05),文献分析发现miR-429在HCC组织和细胞中高表达,且miR-429高表达是HCC患者生存时间的危险因素.结论:miRNA在HCC细胞和正常肝细胞中存在表达差异,筛选出在HCC细胞中高表达的miR-429有望作为HCC患者预后标志物.