番茄斑萎病毒侵染辣椒苗期的差异基因表达分析
Molecular Plant Breeding（2022）
摘要
为了研究番茄斑萎病毒与辣椒的互作机制,探究病毒侵染后mRNA表达谱,本研究选用'萧新19'为试验材料,利用Illumina RNA-seq测序平台进行转录组测序,将所得高质量的序列(Clean reads)与CM334_Annuum.v.2.0参考基因组进行比对.结果显示,有74.09％～76.91％数据比对到唯一的基因组位点.采用FPKM法计算基因的表达量,并在此基础上以FDR≤0.05和|log2FC|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因.对差异基因进行Gene ontology(GO)和KEGG富集分析,通过排列前5的GO分析发现,主要分子功能有催化活性、结合等过程,差异表达基因显著富集到次生代谢物的生物合成、苯丙烷类生物合成、亚麻酸代谢等过程.从苯丙烷类合成途径和转录因子中挑选基因用RT-qPCR来验证转录组测序的真实性.通过研究发现,辣椒与番茄斑萎病毒互作是一个复杂的过程,它由多个交叉通路调节,包括苯丙烷类生物合成、类黄酮生物合成、新陈代谢过程等,这为后期深入研究辣椒与番茄斑萎病毒互作机理奠定基础.
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