成都市新冠肺炎聚集性疫情流行病学与病原基因特征

目的 分析新冠肺炎聚集性疫情流行病学及病毒基因序列特征,探讨可能影响聚集性疫情发生发展的危险因素.方法 对四川省成都市2020年1-2月新冠肺炎聚集性疫情特征进行流行病学分析.用实时荧光RT-PCR方法检测标本中的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸,用NGS测序技术测定病原基因序列,分析病毒基因型别和变异特征.结果 成都市2020年1-2月共发生24起聚集性疫情,共75例病例.发生在农村的每起疫情病例数多于城镇.79.17％(19/24)的首发病例具有成都以外旅居史,病毒传播类型主要为家庭传播(22/24).发病后未就医、及时就医和作为密接隔离的病例其发病到核酸检测阳性的平均间隔时间依次缩短,分别为7.67、5.54和2.05 d(P＜0.000 1).包含无自觉症状患者的疫情病例数(平均4.25例)多于不包含无自觉症状患者的疫情(平均2.56例)(P＜0.05).首发病例标本的病毒核酸检测ORF1ab基因Ct值＜续发病例(P＜0.05).病毒基因型主要为B.1.1、B和A型.突变位点集中在ORF1ab区,刺突糖蛋白区(S),核衣壳蛋白区(N)3个区域,突变集中的基因区域在各起疫情间无显著差异.结论 城乡差异,人员流动性,家庭聚集,不及时就医是聚集性疫情发生的危险因素,潜伏期病例和无症状感染者对疫情规模有重要影响.在疫情研判时,须结合流行病学和病毒基因序列特征分析,有助于阐明聚集性疫情的源头和传播特征.