匙指虾科线粒体基因组结构与系统进化分析

为深入研究匙指虾科Atyidae物种鉴定、分类及遗传进化等相关内容,利用DnaSP 6、PhyML 3.1、MEGA 5.0、MrBayes 3.2.6及BEAST 2.6.3软件对NCBI数据库中24个匙指虾科物种线粒体全基因组序列进行了分析.结果表明:匙指虾科物种线粒体基因组长度为15318～16430 bp,AT含量为62.20％～70.19％;24个匙指虾科物种线粒体基因组基因的组成和排列模式保持一致;线粒体基因组差异位点分析显示,nd5和nd4基因变异位点比例较高且变异位点数最多;基于13个蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)的核苷酸序列系统进化分析显示,除Paratyinae亚科为单系群外,Typhlatyinae和Caridellinae亚科均为非单系群,三者亲缘关系较近且聚为一大支,与单独成为一个类群的Atyinae成姊妹关系;根据分子钟估算结果推测,Paratyinae、Typhlatyinae和Caridellinae亚科物种最近的共同祖先可能出现在石炭纪中期到二叠纪时段,Atyinae亚科物种最近的共同祖先可能出现在二叠纪早期到侏罗纪时段,随后进一步分化为具有现代特征的匙指虾科种类.研究表明,nd5和nd4基因可作为匙指虾理想的分子标记进行物种遗传分析,Typhlatyinae和Caridellinae的单系性仍存在争议,地理板块运动对匙指虾科物种分化具有重要影响.