基于SLAF-seq技术的宝华鹅耳枥SNP开发及遗传多样性分析
Molecular Plant Breeding（2022）
摘要
本研究利用简化基因组测序技术SLAF-seq对宝华鹅耳枥野生种群的40份个体进行分析,构建SLAF-seq文库,以多态性SLAF标签开发特异性的单核苷酸多态性(SNP)标记,基于此SNP标记分析宝华鹅耳枥野生种群的遗传结构和多样性.结果显示,采用酶切方案的酶切效率为93.49％,双端比对效率为97.40％,共获得277.52 Mb reads数据,测序平均Q30为94.75％,平均GC含量为37.99％.通过生物信息学分析,共获得个1 124 547个SLAF标签,标签的平均测序深度为32.81倍,其中多态性的SLAF标签有222 029个,共开发获得1 267 011个SNP,并基于这些SNP分析了宝华鹅耳枥野生种群的群体结构和遗传多样性.结果表明,SLAF-seq技术能高效地开发出适用于宝华鹅耳枥群体遗传分析的SNP标记,获得了宝华鹅耳枥现存野生种群的遗传背景,为其种群的评价和管理方案的制定提供了基础数据.
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