基于全基因组SNP高效鉴定燕麦种质资源
Journal of Triticeae Crops（2022）
摘要
为探究鉴别燕麦品种特异性所需SNP标记的最少数量与鉴别效果,以25个生产上大面积推广的栽培燕麦品种为材料,利用燕麦Illumina Inc.iSelect 6K微珠芯片进行基因分型,按照具有多态性、最小等位基因频率(MAF)大于0.05、缺失率小于0.50的条件进行筛选,获得2 214个高质量的SNP标记.所有SNP标记的平均MAF为0.75,平均多态性信息含量(PIC)为0.28.群体遗传结构分析将25个燕麦品种划分为5个类群.通过去冗余分析,获得8个能够高效鉴别燕麦参试品种的SNP标记.这8个SNP标记的平均MAF为0.62,平均PIC为0.35,表现出丰富的遗传多样性.测序结果显示,所筛选的8个SNP标记具有较好的稳定性和重现性.进一步利用这8个SNP标记构建了 25个燕麦栽培品种的SNP指纹图谱,为燕麦栽培品种真实性鉴定和纯度检测提供了可用的标记组合.
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