基于全长转录组测序的盐生草SSR标记开发及其遗传多样性分析

以盐生草全长转录组数据为基础,用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索,共鉴定到29640个SSR位点,每SSR的发生频率为4.93 kb.SSR种类包含1～6核苷酸重复类型,重复次数主要为4～20次,其中,三核苷酸重复单位最多,占38.25％;四核苷酸重复单位类型最少,仅占3.26％.鉴定到的327种SSR重复类型中,A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多.进一步地,对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析.从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选,共筛选到多态性较高的33对标记,这些标记共检测得到199个等位基因位点,等位基因数(AN)为3～13个,平均为6.03个;基因多样性指数(GD)为0.583～0.869,平均为0.698;基因型数量(GN)为2～13,平均值为5.88;多态性信息含量(PIC)值为0.527～0.856,平均值为0.623.聚类分析结果表明,18个不同生态点盐生草的遗传相似系数(GS)为0.528～0.859,平均值为0.683.在GS为0.68处,可将供试材料划分为四大类.本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据.