基于转录组数据分析药用大黄的密码子使用偏好性

目的 研究药用大黄Rheum officinale转录组编码序列的密码子使用特点及其影响因素,为蒽醌类化合物异源合成的载体选择及药用大黄分子进化研究提供理论基础.方法 利用perl程序及Codon W软件分析4733条药用大黄转录组编码序列的密码子使用偏好性.结果 药用大黄转录组编码序列的GC、GC3平均含量分别为45.6％、44.73％,GC12与GC3存在显著正相关(r=0.215,P＜0.001);ENc-GC3中性图及偏倚性分析结果显示,大部分基因分布于远离期望曲线和平面中心点,大部分基因分布偏离期望曲线和中心点.通过基因高表达筛选密码子方法确定了29个药用大黄的最优密码子,大多数的最优密码子以U和A结尾.结论 突变压力在药用大黄转录组编码序列的密码子使用偏好性形成过程这起到主要作用.