大噪鹛多组织转录组测序组装和基因注释
Sichuan Journal of Zoology（2022）
摘要
大噪鹛Garrulax maximus为国家二级重点保护鸟类,中国特有种.本研究利用二代Illumina HiseqTM 2000测序技术对8只大噪鹛的39个组织样本进行了转录组测序,得到过滤reads共896246793条,总大小269 Gb,质量在Q20以上的reads占比超过95％.通过Trinity进行从头组装和去冗余处理,共获得308343条转录本,N50长2748 bp.通过与Swiss-prot、KEGG、GO、Pfam和EggNOG 5个数据库进行比对和功能注释,共获得有注释信息的转录本83379条,其中31019条在5个数据库中均有注释信息.通过对不同组织进行差异表达分析,发现肺脏组织中富集到大量与免疫相关的Toll样受体,说明长期生活在高海拔地区的大噪鹛可能通过增强先天免疫以抵御呼吸过程中外界病原体的侵袭;心脏NPPA基因表达上调,KEGG富集到了肾素分泌(ko04924)、醛固酮合成与分泌(ko04925)等通路,说明高海拔生存的大噪鹛通过肾素、醛固酮以及心钠肽协同调节血压应对低氧刺激.本研究为大噪鹛的保护提供了线索.
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