两株盖塔病毒全基因组序列测定与分子遗传进化

目的 对2011年和2017年分别在我国甘肃省和海南省分离的两株盖塔病毒(GS11-155和HNDZ1712-1)进行全基因组核苷酸序列测定,分析其与我国1964年首次分离的盖塔病毒(M1)的分子差异及分子遗传进化特征.方法 使用病毒基因扩增技术测定新分离的两株盖塔病毒全基因组核苷酸序列,建立盖塔病毒基因组数据集并使用生物信息学软件进行病毒分子特征及分子遗传进化分析等.结果 两株新分离盖塔病毒(GS11-155和HN-DZ1712-1)基因组全长分别为11 690nt和11621nt.两株病毒均具有甲病毒基因组结构特征.虽然两株病毒的结构基因、非结构基因以及非编码的连接区核苷酸序列长度均完全相同,但是病毒基因组5′和3′非编码区的核苷酸序列长度存在差异.两病毒株基因组3′UTR重复序列单元的结构未发生变化.病毒基因组同源性分析结果显示,海南省2017年分离的盖塔病毒(HNDZ1712-1)与我国于1964年首次在海南省蚊虫分离的盖塔病毒(M1)之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为97.7％和98.1％.盖塔病毒全基因组核苷酸序列的分子遗传进化分析结果显示,本研究的两株病毒及其所属病毒株分别形成两个单独的进化簇,甘肃2011年进化簇和海南2017年进化簇,并与1964年海南首次分离的病毒形成完全独立的进化种群.结论 虽然HNDZ1712-1病毒同样分离自海南岛蚊虫标本,但是与1964年海南岛分离的病毒(M1)处在完全不同的进化分支,而与数千公里之外的甘肃省分离株(GS11-155)具有较近的进化关系,提示新分离的两株盖塔病毒与1964年分离的盖塔病毒存在较大分子遗传差异.