川芎基因组survey测序及其特征分析

目的 利用流式细胞术和高通量测序技术,对川芎Ligusticum chuanxiong基因组大小和特征进行分析,为川芎全基因组精细测序和分子机制研究奠定基础.方法 以已知基因组大小的绿豆和陆地棉作为内标植物,用流式细胞术估算川芎基因组大小.利用高通量测序技术对川芎基因组进行survey分析,测算出川芎基因组大小、重复序列、杂合率和GC含量等,利用生物信息学对基因组进行预测、注释和基因家族鉴定.结果 估算出川芎基因组大小约为3 058.37 Mb,重复序列为79.79％,杂合率约2.16％,GC含量为36.32％,川芎基因组呈现高重复、高杂合、基因组庞大等特征.共预测到34 864个基因,有30 737个基因在功能数据库中被注释,有53个基因注释到阿魏酸合成过程中.初步鉴定到2058个特异基因家族,2001个单拷贝基因.结论 初步获得了川芎基因组大小、基因组特征、功能基因及基因家族等信息,为进一步川芎全基因组精细测序提供了参考,为阐明川芎阿魏酸等药效成分生物合成提供了基因资源.