河北省猪星状病毒4型全基因组测定及遗传进化分析

为了解河北省流行的猪星状病毒(PAstV)遗传特性和重组现象,设计了 7对特异性扩增引物,利用RT-PCR方法进行全基因组序列扩增;应用DNAStar软件和MEGA 7.0软件对扩增得到的序列进行拼接和核苷酸同源性分析,并建立基于全基因组和ORF2基因的系统进化树;利用生物学分析软件对全基因组序列结构特点和重组现象进行分析.结果显示,成功扩增得到1株PAstV4 HB-SJZ全基因组序列;全基因组遗传分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性显著高于其他基因型毒株,为74.2％～81.0％,与匈牙利4型毒株WBAstV-1同源性最高(81.0％);基于ORF2基因分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性为64.8％～68.9％,与 日本毒株PoAstV-VIRES-GX03-C3遗传关系最近(68.9％);重组分析显示,HB-SJZ株的ORF1基因与JPN Bu5 2014株和JPN Mol2-3 2015株存在重组现象.这一研究提示河北省流行的PAstV4是同物种重组毒株,为该病的流行病学调查提供科学依据,也为该病的防控提供理论基础.