广东省牛流行热病毒分离株JM2020的全基因组测序及进化分析

[目的]分析广东省牛流行热病毒(Bovine ephemeral fever virus,BEFV)分离株JM 2020 与其他地区毒株的进化关系,阐明遗传进化与全基因组的特征,为中国乃至世界对牛流行热疾病的流行情况以及预防该疾病提供有用信息.[方法]根据从GenBank下载的BEFV毒株的全基因组序列信息,设计引物PCR扩增糖蛋白(Glycoprotein,G)基因;另设计 10 对引物用于扩增全基因组,送测序得到 10 个片段的基因序列,运用DNAStar软件中的EditSeq手动编辑和拼接获得全基因组序列.运用MEGA 6.0 分别构建G基因和全基因组进化树进行进化分析.[结果]JM 2020 毒株的G基因和全基因组与泰国毒株的核苷酸序列相似性均最高,分别为94.9％～99.3％和 99.0％,进化分析表明JM 2020 与 2013-2017 年泰国毒株处于同一小分支,而与JB76H、JT02L等国内毒株有一定进化距离.全基因组测序结果表明,JM 2020 全基因组长度为 14902 个核苷酸(nt),包括 50 nt的前导序列,1296 nt的核蛋白(Nucleoprotein,N)基因,837 nt的磷蛋白(Phosphoprotein,P)基因,672 nt的基质蛋白(Matrixprotein,M)基因,1872 nt的G基因,1812 nt的非结构糖蛋白Ⅱ(Non-structural glycoprotein Ⅱ,GNS)基因,618 nt的α1、α2 基因,444 nt的β基因,345 nt的γ基因,444 nt的RNA依赖性聚合酶(Large multi-functional enzyme,L)基因和 73 nt的尾随序列,且分别被 21、47、68、67、23、64、59、79 和 35 nt的区域隔开.JM 2020、qy2017 及泰国毒株均出现P′基因(P基因多顺反子产物)截断的特征.[结论]JM 2020 毒株与 2017 年分离毒株qy2017 序列相似性高且均与泰国毒株进化关系较近,与JB76H等我国其他地区毒株有一定进化距离.该研究丰富了中国BEFV流行株的基因组信息,为牛流行热疫病综合防控及开发新疫苗奠定了基础.