基于加权基因共表达网络分析探索肝纤维化关键基因
Genomics and Applied Biology（2022）
摘要
本研究旨在基于加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选肝纤维化发生及发展过程中的关键基因及潜在机制.从GEO数据库获得肝纤维化患者全基因组芯片数据(GSE84044),采用WGCNA发掘与肝纤维化发生发展相关的重要模块及关键基因,通过GO注释和KEGG富集揭示潜在的关键机制.对肝纤维化患者基因组芯片数据进行WGCNA分析,22876个基因被分为8个模块,其中有两个模块与肝纤维化相关性较大,GO注释和KEGG富集的结果表明,这两个模块主要与细胞外基质和胶原蛋白的产生有关.分析WGCNA关键基因在肝纤维化4个时期的表达差异,结果发现,LIPC、DCN、LUM、COL1A1等10个基因呈现出明显变化趋势.本研究采用WGCNA对肝纤维化患者的基因芯片进行分析,挖掘肝纤维化发生发展过程中的重要基因,为肝纤维化预防与治疗提供生物标志物和潜在靶点的新筛选方向.
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