Methodological Study on the Evaluation of the Performance of Archived RNA Samples in Terms of Gene Expression Analyze

Amaç: RNA, DNA'ya göre daha düşük kalımlılığa sahip bir moleküldür. RNA analizine dayalı moleküler biyoloji çalışmalarında sıklıkla özel solüsyonlar veya özel şartlar kullanılmaktadır. Bu çalışmada, ddH2O içerisinde çözülmüş, 10 yıl boyunca -40 °C'de saklanmış RNA örneklerinin gen ekspresyon analizi açısından performansının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: 40 meme dokusundan RNA izole edildi, cDNA sentezinin ardından, eş zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu ile beta-aktin geninin ekspresyonu incelendi. Örnekler 10 yıl boyunca -40 °C'de saklandı ve 10 yıl sonra deneyler tekrar edildi. Elde edilen eşik döngü (ct) değerleri arasındaki fark GraphPad Prism istatistik paket programı kullanılarak incelendi. Veriler normal dağılıma uygunluk gösterdiğinden eşleştirilmiş t-testi ile incelendi ve istatistiksel anlamlılık için p<0,05 sınır değeri kullanıldı. Bulgular: Kırk RNA örneğinin tümünde beta-aktin ekspresyonu saptandı. Taze örneklerde elde edilen en düşük ve en yüksek ct değerleri 16,17 ve 26,34 iken, 10 yıl bekletilmiş örneklerde 15,66 ve 26,95'tir. Taze örneklerin ortalama ct değeri 20,20 iken, 10 yıl sonra yapılan deneylerde elde edilen ortalama ct değeri 20,84 olmuştur. İki grup arasında anlamlı fark gözlenmemiştir. Sonuç: Elde edilen sonuçlar RNA örneklerinin 10 yıl boyunca -40 °C'de saklanmasının ekspresyon deneylerinde anlamlı farka neden olmadığını, su içerisinde çözülmüş RNA örneklerinin -40 °C'de saklanarak 10 yıl boyunca kullanılabileceğini göstermiştir. RNA örnekleri 10 yıl sonra yeniden incelenmek üzere arşivlenmiştir.