微滴式数字聚合酶链式反应技术在新型冠状病毒检测中的应用与评价

目的 分析微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)对新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome corona virus-2,SARS-CoV-2)的核酸检测结果,并与实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测结果相比较,评价其检测优缺点,为优化新型冠状病毒的核酸检测方案提供数据支持.方法 根据中国疾病预防控制中心公布的SARS-CoV-2特异性引物探针,设计针对SARS-CoV-2的ddPCR检测方法,选取1份样本梯度稀释后进行灵敏度试验;选取季节性H3N2流感病毒等6种呼吸道病毒核酸阳性的样本与SARS-CoV-2阳性样本进行特异性试验;选取5份SARS-CoV-2阳性样本进行重复性试验,并选取SARS-CoV-2阳性30份、阴性20份样本进行多临床样本检测,与qRT-PCR检测结果进行分析比较.结果 ddP-CR法能特异检出SARS-CoV-2,并直接得到样本靶基因的原始拷贝数,实现精准定量;对梯度稀释阳性样本灵敏度检测显示,qRT-PCR在样本10-5稀释度部分检出靶基因,10-6稀释度未检出靶基因,而ddPCR在样本10-5、10-6稀释度均全部检出靶基因,ddPCR的检测下限相对qRT-PCR结果有2个数量级的提升,灵敏度高于qRT-PCR;两种方法重复性实验结果比对中,ddPCR变异系数为1.266％～11.814％,低于qRT-PCR的1.729％～26.174％,重复性高于qRT-PCR;对50份临床样本检测比较中,30份新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)确诊病例阳性样本,两种方法均能成功检出SARS-CoV-2,20份COVID-19阴性样本经两种方法检测,结果均为阴性,检测结果符合率为100.00％(50/50).结论 ddPCR法对SARS-CoV-2能精准定量,特异性强,且灵敏度和重复性均高于qRT-PCR,但也存在一定检测局限性,更适合低载量样本的检测.在实际检测中,可将两种方法合理结合,提高检测准确性.