基于mRNA-seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因

目的 对Mn2+调控的小鼠巨噬细胞mRNA进行测序和生物信息学分析,筛选出差异表达的基因并分析其生物学功能,探究Mn2+对小鼠巨噬细胞的调控作用.方法 采用MnCl2和NaCl分别处理小鼠腹腔巨噬细胞24 h,利用mRNA-seq方法筛选出Mn2+调控巨噬细胞的差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并采用qPCR对关键的差异表达基因进行验证.结果 通过整合数据库信息和分析获得1637个差异表达基因,包括表达上调的基因912个、表达下调的基因725个,GO富集分析表明这些差异表达基因具有免疫吞噬、细胞增殖和分化、转录因子调控等生物活性,KEGG通路主要富集在PI3K-Akt、NF-κB等信号通路.其中与免疫相关且差异最显著的10个基因为免疫球蛋白G Fc段受体Ⅰ(Fcgr1)、含不育α基序结构域蛋白11(Samd11)、活性调节的细胞骨架相关蛋白(Arc)、G蛋白偶联受体35(Gpr35)、富含脯氨酸的小蛋白2H(Sprr2h)、Wnt家族成员4(Wnt4)、整合膜蛋白2A(Itm2a)、无调性bHLH转录因子8(Atoh8)、泛素结合酶E2C(Ube2c)及富含脯氨酸的小蛋白2B(Sprr2b),qPCR验证结果与mRNA测序分析趋势一致.结论 通过mRNA-seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及GO和KEGG富集分析结果表明Mn2+对巨噬细胞具有免疫调节作用.