基于游离DNA的纳米孔测序在一例肺炎病例病原识别中的应用

目的:探讨游离DNA测序在呼吸道感染病原诊断中的应用价值。方法:对一例肺炎病例的支气管肺泡灌洗液和血液样本提取游离DNA，同时进行纳米孔测序和二代测序。结果:纳米孔测序从肺泡灌洗液样本中检测到132条1型单纯疱疹病毒（herpes simplex virus type 1，HSV-1）序列，但从血液样本中未检出HSV-1序列。二代测序从两种样本中均检出HSV-1序列，产生的病毒序列数与测序深度高于纳米孔测序。实时定量PCR反应和血清学检测证实了该诊断。纳米孔测序与二代测序数据混合组装后获得了HSV-1全长序列，系统进化分析表明该病毒与美国分离的毒株亲缘关系最近。结论:纳米孔测序技术可在更短时间内检测出病原，有助于感染性疾病病原的快速诊断。