球等鞭金藻MYB基因家族成员全基因组鉴定和特性分析

HAN Yu-ying, CHEN Lu-yao,CHEN You-qiang, CHEN Duo,CHEN Jian-nan

Fujian Agricultural Science and Technology（2023）

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摘要

为了深入理解球等鞭金藻MYB基因家族在基因调控网络中的作用机制,使用MYB_DNA-binding保守结构域在球等鞭金藻蛋白序列中筛选出60个MYB基因家族成员,并对这些基因家族成员的蛋白(一、二、三级)结构预测和分析、亚细胞结构定位、基因结构及保守结构域等方面进行了分析.结果表明:这些MYB基因家族成员可分为3个cluster,其中R2-MYB和R3-MYB主要集中在cluster 3中,R2R3-MYB则含有大部分家族成员,表明这些基因在球等鞭金藻中起着重要的生物学功能.不同分支的亲缘关系较远,同一分支的关系较近,这表明球等鞭金藻MYB基因家族在演化过程中形成了一些适应性的变化.通过基因组内共线性分析,研究发现球等鞭金藻全基因组内有177对片段复制基因和46对串联复制基因,其中MYB基因家族有2对复制基因,包括串联重复基因对IZ004267和IZ007345以及片段重复基因对IZ006462和IZ006102.结合染色体定位分析,IZ006462和IZ006102位于9号染色体,这也支持上述片段重复的判断.这些重复基因对的Ka/Ks值小于1,表明这些基因在扩张过程中受到了基因纯化选择,功能相当保守.

关键词

Isochrysis galbana,MYB gene family,Whole genome,Light quality,Expression analysis

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