利用邻近生物素标记技术结合质谱分析鉴定核仁相关蛋白

目的:在小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cell,mESC)中,基于抗坏血酸过氧化物酶(engineered ascorbate per-oxidase,APEX2)的邻近标记技术和质谱鉴定核仁相关蛋白.方法:构建稳定过表达APEX2-FBL细胞系,通过APEX2邻近标记技术获得生物素标记蛋白,用链酶亲和素包裹的磁珠对生物素标记的蛋白进行富集,随后运用液相色谱-串联质谱(liquid chro-matography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)鉴定,并对数据进行生物信息学分析,筛选差异蛋白.结果:成功构建稳定高表达APEX2-FBL细胞系;Western blot结果显示,通过APEX2邻近标记技术获得大量生物素标记蛋白;质谱鉴定出837个差异蛋白,且生物学过程多与核仁相关.结论:利用邻近生物素标记技术结合质谱分析是一种可行的鉴定核仁相关蛋白的方法.