CDH1基因和IRF6基因在亚洲人群中与非综合征型唇腭裂关联的再分析

目的 探索CDH1基因常见变异、其与IRF6基因间交互作用对亚洲人群非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(NSCL/P)患病风险的影响.方法 对一项唇腭裂国际合作项目的 全基因组关联研究的数据进行再分析,选择其中895个亚洲人群完整NSCL/P核心家系,通过基因型传递不平衡检验(TDT)、以基因为基础的关联分析(VEGAS)及单体型分析来探索CDH1常见变异与NSCL/P患病风险的关联,应用Cordell提出的条件Logistic回归模型分析CDH1与IRF6基因间交互作用与NSCL/P的关联.结果 两个家系因患儿父亲的基因型缺失率大于5％被剔除,最终样本量为893个完整NSCL/P核心家系,CDH1的全部17个位点及IRF6的全部7个位点均通过了质量控制并纳入相应的分析.基因型TDT结果显示,CDH1基因的rs2902185和rs8061932在加性及显性模型下均与NSCL/P存在关联(P＜0.05),rs12597188在加性模型下与NSCL/P存在关联(P＜0.05),上述关联经Bonferroni多重检验校正后均无统计学意义(P＞0.003),其余位点在加性、显性及隐性模型下均未发现其与NSCL/P相关.以基因为单位的VEGAS分析未发现CDH1基因与NSCL/P相关(P=0.073).单体型分析得到20种碱基组合与NSCL/P关联达到名义统计学意义(P＜0.05),Bonferroni校正后,这些关联均不具有统计学意义.基因间交互作用分析发现CDH1与IRF6的5对位点间交互作用具有名义统计学意义(P＜0.05),也均未通过Bonferroni校正.结论 对Illumina 610k芯片已测定单核苷酸多态性(SNPs)的分析,未发现CDH1基因常见变异与NSCL/P存在关联,也未发现影响NSCL/P患病风险的CDH1-IFR6基因间交互作用.