云南省细粒棘球绦虫线粒体co1和nd1基因序列分析

目的 分析云南省细粒棘球蚴线粒体细胞色素氧化酶1(co1)和NADPH脱氢酶第1亚基(nd1)的基因型和序列多态性.方法 动物源棘球蚴采自云南省香格里拉市、大关县、洱源县、泸水市、维西县的屠宰场牛、羊和放养猪的肝脏或肺病灶组织分离的包囊,人源棘球蚴采自从剑川县、云龙县、隆阳区和玉龙县医院手术摘除的病灶组织.病原学鉴定后选取细粒棘球蚴,用DNA提取试剂盒提取基因组DNA,PCR扩增co1和nd1基因并测序,通过BLAST比对分析序列一致性和单核苷酸多态性,用MEGA-X软件采用邻接法构建基于co1和nd1的系统进化树.结果 共采集62份棘球蚴样品,其中36份经病原学检测确定为细粒棘球蚴.co1基因测序成功32条,其中15条为G1型,17条为G5型,长度分别为824 bp和807 bp,提交至GenBank数据库获得的登录号分别为OP413393～OP413402、OP413498～OP413506和OP420520.nd1基因测序成功34条,其中11条为G1型,23条为G5型,长度分别为882 bp和888 bp,提交GenBank数据库获得的登录号为OP471626～OP471638.序列多态性分析结果显示,co1的G1、G5型序列的变异位点分别占1.94％(16/824)、3.10％(25/807);nd1的 G1、G5 型序列的变异位点分别占 0.45％(4/882)、2.93％(26/888).基因型多序列比对结果显示,co1基因共有6条同源序列,其中G1型4条,同源序列的遗传距离分别为0.000 0～0.001 1、0.000 0、0.000 0～0.000 6和0.000 0～0.001 7;G5 型 2 条,同源序列遗传距离分别为 0.000 0～0.002 5和0.000 0～0.001 2.nd1基因共有3条同源序列,其中G1型1条,遗传距离为0.000 0～0.001 1;G5型2条,遗传距离为0.0000和0.000 0～0.001 1.系统进化树分析结果显示,基于co1和nd1基因的系统进化树均形成G1和G5型2个分支,G1型与中国中西部(青海、宁夏、甘肃、四川),不丹、中东地区伊朗和约旦等的基因序列(GenBank 登录号 AF297617.1、KJ628328.1、EU072106.1、MW138946.1、AB688602.1)的亲缘关系较近;G5型与越南、中国广西、英国、波兰、赞比亚、法国、巴基斯坦、巴西、肯尼亚和纳米比亚等的基因序列(GenBank登录号 MW558412.1、MN058591.1、KU378107.1、MZ322608.1、KU743915.1、KU743919.1、MN886291.1、KX010903.1、KU743918.1和KX138068.1)的亲缘关系较近.结论 云南省细粒棘球绦虫流行株的基因型为G1和G5型,co1和nd1基因均存在单核苷酸多态性.