云南省3株柯萨奇A组16型病毒全基因组序列分析

目的 分析柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)分离株全基因组特征.方法 使用人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)、非洲绿猴肾细胞(Vero)和人胚肺二倍体细胞(human embryonic lung dip-loid fibroblasts,KMB17)从2019年云南手足口病患者粪便标本中分离CV-A16毒株.采用RT-PCR扩增其全基因组,测序并通过生物信息学方法对其全基因序列、系统进化和基因重组进行分析.结果 共分离到3株CV-A16毒株,均为Vero细胞分离株.VP1系统进化分析表明,K106/YN/CHN/2019和K39/YN/CHN/2019属于B1基因亚型的B1b分支,K23/YN/CHN/2019属于B1基因亚型的B1a分支.在全基因组核苷酸序列上,K106/YN/CHN/2019和K39/YN/CHN/2019与中国CV-A16分离株相似性高,K23/YN/CHN/2019与国外CV-A16分离株相似性较高,其中,与澳大利亚分离株C138/CHW/AUS/2016之间的核苷酸相似性为97.6％.基于P1、P2和P3的系统进化、全基因组同源性和重组分析结果显示CV-A16在5'-UTR及P2、P3区可能与肠道病毒A组多个其他血清型病毒发生过型间重组事件.结论 2019年从云南省手足口病患者粪便标本中分离到3株CV-A16,均为中国大陆流行基因型,为CV-A16的分子流行病学研究提供了理论基础.