Molecular Characterization of Mitochondrial Cytochrome c oxidase subunit 1 (Cox1) gene from Trichostrongylus Species (Nematoda: Trichostrongylidae) in Northern Iran

The objective of the present study was to identify Trichostrongylus species by molecular analysis and also phylogenetic relationships of Trichostrongylus species by mitochondrial Cytochrome c oxidase subunit 1 (Cox1) gene in Guilan province, northern Iran.Abomasum and duodenum contents of 144 livestock were collected from sheep, goats, and cattle in Guilan province. Morphological survey was performed for initial screening. Total DNA was extracted, and the partial region of Cox1 gene was amplified and sequenced. Genetic diversity was calculated and phylogenetic analysis of the data on nucleotide sequence was conducted by MEGA7 software.Three species of Trichostrongylus including T. colubriformis, T. vitrinus, and T. axei were identified by morphological characteristics. The genetic divergence within the species in the present study was observed for T. axei (0-2.5%), T. colubriformis (0.77%), and T. vitrinus (0%). The mean inter-species difference between the three species of Trichostrongylus obtained in this study was 14.4-15.4%.The Cox1 sequences of the members of Trichostrongylus spp. were highly variable and this could be used as a valuable measure to achieve a proper assessment on biodiversity. Sequence data generation from other species of Trichostrongylus will be needed to reconstruct the phylogenetic relationships of this genus of nematodes.Bu çalışmanın amacı, İran’ın kuzeyindeki Guilan eyaletindeki Trichostrongylus türlerinin moleküler analiz ve ayrıca mitokondriyal Cytochrome c oxidase subunit 1 (Cox1) geni ile Trichostrongylus türlerinin filogenetik ilişkilerinin belirlenmesidir.Guilan ilindeki koyun, keçi ve sığırlardan 144 hayvanın abomasum ve duodenum içerikleri toplanmıştır. İlk tarama için morfolojik inceleme yapıldı. Toplam DNA ekstrakte edildi ve Cox1 geninin kısmi bölgesi amplifiye edildi ve sekanslandı. Genetik çeşitlilik hesaplandı ve nükleotid dizisine ilişkin verilerin filogenetik analizi MEGA7 yazılımı ile yapıldı.T. colubriformis, T. vitrinus ve T. axei dahil olmak üzere üç Trichostrongylus türü morfolojik özelliklerle tanımlanmıştır. Bu çalışmada türler içindeki genetik farklılık T. axei (%0-2,5), T. colubriformis (%0,77) ve T. vitrinus (%0) için gözlenmiştir. Bu çalışmada elde edilen üç Trichostrongylus türü arasındaki ortalama türler arası fark %14,4-15,4 olmuştur.Trichostrongylus spp. üyelerinin Cox1 dizileri. oldukça değişkendi ve bu, biyoçeşitlilik hakkında uygun bir değerlendirme elde etmek için değerli bir ölçü olarak kullanılabilirdi. Bu nematod cinsinin filogenetik ilişkilerini yeniden yapılandırmak için diğer Trichostrongylus türlerinden dizi verisi oluşturulması gerekecektir.