Genome-wide data support recognition of an additional species of Neotropical river otter (Mammalia, Mustelidae, Lutrinae)

Cryptic biodiversity continues to be revealed worldwide, even in apparently well-known groups such as carnivorans. The Neotropical Otter (Lontra longicaudis) presents shape variation in its nose pad, a character that has been used to differentiate species in this group. Based on this, 3 subspecies are recognized: L. l. annectens (Mexico, Central America, and South America west of the Andes), L. l. enudris (Amazon and Orinoco basins), and L. l. longicaudis (Parana basin and remaining distribution). Previous studies partially supported their distinctness based on mitochondrial DNA markers, morphometrics, and ecological niche modeling. We analyzed genome-wide nuclear markers (ultraconserved elements) of 29 L. longicaudis individuals across the species' range to assess its population structure. Phylogenomic analysis recovered L. longicaudis as paraphyletic with robust support, with 1 clade comprising samples from Mexico and Colombia (trans-Andean populations) and another encompassing the remaining samples (cis-Andean populations), which grouped with 2 other South American species, L. felina and L. provocax. Principal component and admixture analyses strongly differentiated the 2 main L. longicaudis groups, and distinguished the Amazonian individuals from the remaining cis-Andean samples. Our results support the recognition of trans-Andean populations of L. longicaudis as a distinct otter species, which should be recognized as Lontra annectens. The study reports analyses of genome-wide data supporting the recognition of the trans-Andean populations of the Neotropical river otter as a distinct species. The data also show that cis-Andean populations are geographically structured into 2 management units. Uma biodiversidade criptica continua a ser revelada em todo o mundo, mesmo em grupos aparentemente bem conhecidos, como os carnivoros. A lontra neotropical (Lontra longicaudis) apresenta variacao de formato em sua almofada nasal, caracteristica esta que tem sido utilizada para diferenciar as especies de lontra. Com base nisso, tres subespecies sao reconhecidas: L. l. annectens (Mexico, America Central e America do Sul, a oeste dos Andes), L. l. enudris (bacias dos rios Amazonas e Orinoco) e L. l. longicaudis (bacia do rio Parana e restante de sua distribuicao). Estudos anteriores apoiaram parcialmente a distincao das subespecies com base em marcadores de DNA mitocondrial, morfometria e modelagem de nicho ecologico. Neste estudo, nos analisamos marcadores nucleares ao longo de todo o genoma (elementos ultraconservados) de 29 individuos de L. longicaudis, distribuidos por toda a sua distribuicao, para avaliar a estruturacao populacional desta especie. A analise filogenomica recuperou, com suporte robusto, L. longicaudis como parafiletica, com um clado compreendendo exemplares do Mexico e Colombia (populacoes transandinas) e um segundo clado englobando os exemplares cisandinos que se agruparam com outras duas especies sul-americanas, L. felina e L. provocax. As analises de componentes principais e de mistura genetica diferenciaram fortemente os dois principais grupos de L. longicaudis e, alem disso, distinguiram os individuos amazonicos das demais amostras cis-andinas. Nossos resultados apoiam o reconhecimento das populacoes transandinas de L. longicaudis como uma especie distinta de lontra, que deve ser reconhecida como Lontra annectens.