Pour bon nombre de maladies infectieuses, il existe des modalités de prophylaxie après exposition à l’agent pathogène. L’objectif de cette prophylaxie, quelle qu’elle soit, est de réduire le risque personnel d’infection et/ou d’en limiter les conséquences. L’autre objectif de la vaccination post-exposition est de limiter la propagation de l’agent pathogène en diminuant le nombre de personnes porteuses. Le Haut conseil de Santé publique a édité, en février 2016, un rapport sur l’immunisation post-exposition : vaccination et immunoglobulines. Cette revue présente une synthèse de ce rapport.
Le foie est l’organe le plus à même de développer des abcès. L’abcès hépatique (AH) est une maladie rare, touchant principalement les hommes de 60 ans avec plusieurs comorbidités, notamment diabète, transplantation hépatique et néoplasie digestive. Les principales causes de formation des AH sont l’obstacle biliaire (néoplasie, lithiase, cholangite ischémique), ou un foyer infectieux d’origine portale ou systémique. Les AH d’origine biliaire ou portale sont souvent polymicrobiens et les germes retrouvés sont des entérobactéries, des bacilles à Gram négatif anaérobies, Enterococcus sp., Streptococcus sp. Les AH d’origine systémique sont généralement monomicrobiens ; l’AH à Klebsiella pneumoniae hypervirulente, maladie émergente en Asie du Sud Est depuis quelques années, est maintenant rapporté dans le monde entier. Les AH à bacille à Gram négatif non fermentant, et les AH fongiques sont plus rares, et touchent des patients immunodéprimés, dans des contextes d’infections associées aux soins. Le diagnostic d’AH repose sur l’imagerie (échographie ou scanner). Pour rechercher la porte d’entrée de l’AH, il est nécessaire de pratiquer une exploration fine des voies biliaires, et du tube digestif (échographie, scanner±endoscopie). La documentation microbiologique est essentielle pour optimiser le traitement. Pour ce faire, il faut associer les hémocultures périphériques à la culture du pus de l’AH en respectant les conditions strictes d’anaérobiose. Le traitement repose sur le drainage de l’AH (par ponction simple ou associée à la pose d’un drain), une antibiothérapie prolongée et le traitement de la porte d’entrée. Les AH d’origine biliaire ont des taux de récidive et de mortalité plus élevés que les AH d’origine extrabiliaire.
La famille des papillomavirus humains (HPV) regroupe plus de 200 types dont certains sont à haut risque oncogène (HPVhr). Le cycle de réplication virale est conditionné par la différenciation de l’épithélium infecté. Les HPV sont classés en types, sous-types, lignées et sous-lignées selon le degré d’homologie des séquences nucléotidiques. Cette diversité génétique des HPV se reflète dans l’épidémiologie des infections à HPV avec une distribution géographique spécifique des différents variants d’un type d’HPV. La diversité génétique des HPV peut avoir un impact sur la physiopathologie de l’infection à HPV. Tout d’abord, la co-infection par plusieurs types d’HPVhr est un facteur de risque de progression vers le cancer. D’autre part, certains types, sous-types et polymorphismes sont associés à un risque accru d’évolution vers le cancer. Les nouvelles technologies de séquençage haut débit ont permis de mettre en évidence une diversité génétique également au niveau intrapatient. En effet, des travaux ont montré la présence de variants viraux minoritaires et de rares mutations GA induites par la protéine cellulaire APOBEC. Ainsi, la diversité génétique des HPV peut avoir un impact sur la physiopathologie de l’infection. Plus récemment, avec le séquençage haut débit, il a été décrit de la variabilité génétique intrapatient, en faible proportion, dont le rôle dans la physiopathologie de l’infection HPV reste à déterminer.
Au sein du genre Aspergillus, l’espèce Aspergillus fumigatus est responsable d’un large spectre de pathologies pulmonaires, allant de formes chroniques et/ou immuno-allergiques chez le patient immunocompétent, à des tableaux invasifs sévères chez le patient immunodéprimé (aspergillose invasive [AI]). Les antifongiques triazolés sont utilisés à la fois en première ligne de traitement de l’AI (voriconazole), ou en prophylaxie. Cependant, depuis le début des années 2000, l’émergence d’isolats cliniques et environnementaux d’A. fumigatus résistants aux azolés est décrite en Europe, remettant en cause la place centrale des azolés dans la prise en charge thérapeutique des aspergilloses. Le principal mécanisme de résistance implique des mutations dans le gène cyp51A, codant l’enzyme cible des azolés (lanostérol 14α-démétylase). La résistance aux azolés a 2 origines possibles : thérapeutique liée à l’utilisation de triazolés au long cours et environnementale associée à l’usage intensif de fongicides azolés en agriculture. Ce phénomène émergent donne toute son importance à la surveillance et la détection rigoureuses des isolats résistants au laboratoire, afin d’améliorer la prise en charge clinique des patients atteints d’AI à souche résistante, particulièrement exposés au risque d’échec thérapeutique. Les aspects épidémiologiques et mécanistiques de la résistance d’Aspergillus aux azolés ainsi que sa prise en charge en pratique seront successivement abordés au cours de cette synthèse.
La schistosomose (bilharziose) est une parasitose d’importation assez fréquente, diagnostiquée le plus souvent chez des voyageurs ou migrants. La contamination se fait classiquement en zones tropicales, après exposition à une forme larvaire, la furcocercaire, présente dans certains cours d’eau ou lacs qui hébergent l’hôte intermédiaire, le bulin. En fonction de l’espèce, cette parasitose peut occasionner des atteintes très variées : uro-génitales, coliques ou hépatiques et être responsable de complications sévères après plusieurs années d’évolution : dysurie, insuffisance rénale, stérilité, cirrhose hépatique et hypertension portale. Son diagnostic n’est pas toujours aisé, car moins de 50 % des patients infectés excrètent des œufs dans les selles ou les urines, mais la mise en évidence de ces éléments par examen microscopique permet un diagnostic de certitude. De par leur meilleure sensibilité, les sérodiagnostics ont contribué à améliorer le diagnostic, même si leur interprétation nécessite une bonne expertise. Sur le plan thérapeutique, le praziquantel, lorsqu’il est prescrit précocement, assure une guérison définitive, sans séquelle. L’identification en Corse, à partir de 2014, d’un foyer de transmission de schistosomose uro-génitale avec plus d’une centaine de cas recensés, ne doit plus nous faire percevoir cette parasitose comme un danger lointain mais comme une menace bien réelle en Europe du Sud.
Les infections associées aux soins (IAS) constituent un véritable problème de santé publique. Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Clostridium difficile sont les plus souvent à l’origine des IAS. L’antibiorésistance fréquente complique encore la prise en charge et des impasses thérapeutiques existent à présent. Les mesures d’hygiène hospitalière bien qu’essentielles sont insuffisantes pour diminuer drastiquement les IAS. Ainsi, des stratégies alternatives à l’antibiothérapie s’avèrent nécessaires pour prévenir et traiter les IAS. Parmi celles-ci, la vaccination et l’immunisation passive sont probablement les plus prometteuses. Nous avons fait une mise au point sur les vaccins disponibles et en développement clinique pour lutter contre les IAS, chez les patients à risque d’IAS et les soignants. L’intérêt de la vaccination grippale et rotavirus chez les patients pour prévenir ces IAS virales a été examiné. Le développement d’un vaccin anti-S. aureus, déjà émaillé de 2 échecs est complexe. Toutefois, ces échecs ont permis d’améliorer les connaissances sur l’immunité anti-S. aureus. La mise à disposition d’un vaccin préventif anti-C. difficile semble plus proche. Pour les autres bactéries gram négatif responsables d’IAS, le développement est moins avancé. La vaccination des patients à risques d’IAS pose également des problèmes de réponse vaccinale qu’il faudra résoudre pour utiliser cette stratégie. Ainsi, la vaccination des soignants, de par l’effet de groupe permet également de prévenir les IAS. Nous faisons ici le point sur l’intérêt de la vaccination des soignants contre la rougeole, la coqueluche, la grippe, la varicelle, l’hépatite B pour réduire les IAS avec des vaccins déjà disponibles.
Les infections bactériennes de la peau et des tissus mous (IBPTM) sont des infections fréquentes de présentation et sévérité variables. Dans cette mise au point, nous nous intéressons plus particulièrement aux infections profondes de la peau que nous avons séparées en infections purulentes et non purulentes comme dans les recommandations de l’IDSA de 2014. L’épidémiologique des bactéries incriminées est détaillée pour la France et rapportée au contexte d’antibiorésistance mondiale. À partir de l’épidémiologie bactérienne actuelle en France et des recommandations de l’IDSA, cette mise au point tend à faire une synthèse des stratégies antibiotiques possibles dans les IBPTM en France en 2017.
NDM-1 gene (blaNDM−1)-producing Klebsiella pneumoniae is allegedly perceived as one of the most dangerous multidrug-resistant bacteria causing infections in hospitals and clinic domains. In numerous Asian countries, sporadic studies have been conducted to investigate the prevalence of blaNDM−1-producing K. pneumoniae. In the present study, we determine the precise prevalence of blaNDM−1-producing K. pneumoniae in different parts of Asia indeed. Several international databases including Medline, Embase, and Web of sciences were searched from March 2005 to Jan 2016 to discern studies addressed the prevalence of blaNDM−1-producing K. pneumoniae in Asia. Comprehensive meta-analysis (V2.2, Biostat) software was used to interpret the data. Of the 595 records identified from the databases, 19 studies fulfilled the eligibility criteria ostensibly. The analyses manifested that the prevalence of blaNDM−-producing K. pneumoniae was 32.5% [95% confidence interval (95% CI) 22.6–44.3] in the analyzed Asian countries. Hence, the further stratified analyses indicated that the prevalence of blaNDM−1-producing K. pneumoniae was higher in the probes, particularly after 2010. The relatively high prevalence of blaNDM−1-producing K. pneumoniae merits our analysis. Moreover, regular surveillance for hospital-associated infection, monitoring antibiotic sensitivity pattern, and formulation of definite antibiotic policies advocates viable roles for prevention and control of blaNDM−1-producing K. pneumoniae. Les souches de K. pneumoniae produisant le gène blaNDM−1 sont parmi les bactéries multirésistantes pouvant entraîner des infections cliniques, y compris nosocomiales. Des études sporadiques ont étudiées la prévalence de ces souches en Asie. Plusieurs bases de données internationales incluant Medline, Embase, et Rebove Science ont été analysées de mars 2005 à janvier 2016 pour définir la prévalence des souches de K. pneumoniae produisant le gène blaNDM−1en Asie. Une méta-analyse (V2.2, Biostat) a été utilisée pour interpréter les données. À partir de 595 études, 19 remplissaient les caractères d’éligibilités prédéfinies. Les études ont retrouvé une prévalence de K. pneumoniae produisant le gène blaNDM−1 de 32,5 % (intervalle de confiance à 95 % 22,6 à 44,3) dans les pays d’Asie. La prévalence relativement élevée de souche de K. pneumoniae produisant le gène blaNDM−1 justifie notre étude. Une surveillance régulière des infections liées aux soins, de la sensibilité des souches aux antibiotiques, et des mesures d’hygiène sont nécessaires afin de prévenir et contrôler la dissémination de souches de K. pneumoniae produisant le gène blaNDM−1.
Les données récentes de pharmacocinétique/pharmacodynamie (PK/PD) des antibiotiques ont considérablement influencé la révision des concentrations critiques cliniques des anciennes molécules et l’établissement de celles des molécules nouvellement disponibles. L’exemple de la vancomycine, dont le paramètre clef de l’efficacité bactérioclinique est le rapport aire sous la courbe (24h)/concentration minimale inhibitrice (ASC/CMI), est éloquent. La valeur cible de ce paramètre est 400 (prédictive de l’efficacité) et 600 (préventive du passage de staphylocoques hVISA à VISA). Or les concentrations sériques résiduelles, ou le plateau lors de perfusions continues, nécessaires à l’obtention d’une ASC suffisante lorsque les CMI sont supérieures ou égales 1mg/L sont souvent rapportées comme synonymes de néphrotoxicité avérée ou potentielle. Le problème de l’abaissement de la concentration critique clinique de la vancomycine est donc posé. Les céphalosporines dites de « 5e génération », ceftaroline et ceftobiprole, très souvent actives sur les Staphylococus aureus résistants à la méticilline (SARM), représentent une alternative potentiellement intéressante, pour peu que les posologies soient en adéquation avec les prérequis PK/PD, les probabilités d’atteindre ces prérequis (probabilité d’atteindre la cible) en fonction des CMI et plus particulièrement du break-point clinique. C’est clairement le cas du ceftobiprole, ce devrait l’être avec la ceftaroline à la faveur d’une augmentation prochaine des posologies de 600mg×2 en perfusion d’1 heure à 600mg×3 en perfusion de 2heures.
La prise en charge des patients atteints des maladies infectieuses est devenue une préoccupation majeure des médecins et une impasse thérapeutique en raison de la résistance aux antibiotiques à travers des adaptations génomiques et protéiques des bactéries. Ce phénomène, qui devient de plus en plus fréquent, est qualifié par l’OMS comme un problème de santé publique. Cette revue décrit les stratégies actuelles qui sont utilisées pour lutter contre cette résistance. Il s’agit de l’amélioration de la structure des anciens antibiotiques, l’association avec des inhibiteurs des bêta-lactamases, l’utilisation du sel de bismuth, la substitution par les peptides antimicrobiens cationiques, l’inhibition du transfert des plasmides, l’inhibition de l’ATP synthase et l’usage des nanoparticules et de la thérapie génique.
Longtemps restées cantonnées au milieu hospitalier, les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (E-BLSE) diffusent désormais largement dans la communauté. Les taux de portage d’E-BLSE dans la population sont extrêmement variables selon les zones géographiques (5 % en Europe à 50 % en Asie). En France, cette prévalence est estimée autour de 5 à 6 % et les facteurs de risque fréquemment associés au portage sont une prise récente d’antibiotique et un voyage récent à l’étranger. La proportion d’E-BLSE au sein des infections urinaires est également liée à la zone géographique et aux taux de portage dans la communauté. En France, même si cette proportion reste faible (2 à 5 %), c’est un risque qui ne doit pas être négligé surtout chez les sujets revenant d’un séjour en zone d’endémie.
La prise en charge optimale des endocardites infectieuses nécessite le recours à des expertises multiples (infectiologues, cardiologues, microbiologistes, chirurgiens cardiaques, réanimateurs). En l’absence de haut niveau de preuves pour la plupart des étapes de cette prise en charge, les recommandations internationales ont toujours été particulièrement attendues dans ce domaine, et dans l’ensemble plutôt bien respectées. L’analyse rigoureuse des données de la littérature, et les expertises qui composent les groupes multidisciplinaires chargés de ces recommandations, font en général autorité. Dans ce contexte, la publication à quelques semaines d’écart, en 2015, des révisions des recommandations américaines et européennes, a semé le trouble. On y retrouve des discordances nettes sur des propositions thérapeutiques importantes comme le traitement empirique (pénicilline M+pénicilline A+gentamicine pour les européens dans les endocardites aiguës sévères, tandis que les américains plaident pour des traitements plus individualisés, en fonction des caractéristiques du patient et de l’évolutivité de l’endocardite), ou le traitement de première intention des endocardites à Staphylococcus aureus sur valves natives (triméthoprime-sulfaméthoxazole+clindamycine en alternative de première intention dans les recommandations européennes, tandis que ce régime n’est pas même mentionné dans les recommandations américaines). Pour les endocardites à S. aureus sur prothèse, ainsi que pour les endocardites à streptocoques ou à entérocoques, les recommandations européennes et américaines sont par contre très proches.
Les recommandations pour la prévention de l’infection avant un acte invasif, principalement la pose et l’entretien des accès vasculaires et la préparation cutanée avant chirurgie, ont évolué ces dernières années. L’absence d’utilité de la détersion sur peau propre avant antisepsie cutanée avait été affirmée pour la préparation avant chirurgie en 2013 ; sur la base de nouvelles données de la littérature, elle a été réaffirmée et étendue à tous les actes invasifs en 2016. La France rejoint ainsi la grande majorité des recommandations d’autres pays. L’autre nouveauté est le choix préférentiel de la chlorhexidine alcoolique plutôt que la polividone iodée alcoolique pour l’antisepsie de la peau saine pour la pose des cathéters vasculaires, laissant le choix de l’un ou l’autre gamme pour l’antisepsie avant chirurgie.
Over the past decade, next-generation sequencing (NGS) has made tremendous progress, transforming genomic analysis and opening up for many new opportunities in infectious disease diagnosis. The ability of metagenomics to analyze microbial communities without culturing organisms has even enlarged the application potential in this ever growing field. Whether based on targeted or unbiased (shotgun) sequencing approaches, metagenomics still rely on complex laboratory workflow and computational tools. However, recent advancement in sequencing platforms, turnaround time, nucleic acid extraction, library preparation and bio informatics pipelines are now positioning metagenomics very attractively for routine application in clinical microbiology laboratories. Although the completeness and correctness of the genome reference database along with the ability to rapidly interpret the relevant information remain the key challenges for delivering actionable results. Many examples on how to use metagenomics in clinical laboratories can be found in the medical literature. While a single metagenomics analysis delivers the potential to detect rare and novel pathogens, it is however, still necessary to balance the scientific plausibility against the possibility of identifying a truly novel association pathogen–infection when interpreting results. Additionally, metagenomics has brought a revolution in the field of microbiome analysis by generating new insights into the host-microbe relationship and into the therapeutic potential of microbiota modification. Now, the fast evolution of metagenomics challenges the regulatory framework and mandates cooperation among the medical and research communities, industry and regulatory bodies to foster the development of innovative solutions aimed at integrating metagenomics into the infectious diseases diagnostic arsenal.
Equipped with many distinctive features, developments of biofilm through many complex processes in microorganisms are proven as a boon for their survival. Ability to secrete extracellular polymeric substance (EPS) matrix with surface attachment, decreased growth, demarcated structural design and, last but not the least, modification in some crucial genes have aided in their existence. A well-established communication medium via quorum sensing facilitated by up and down guidelines of some genes, passing of genetic material among cells has direct impact on biofilm formation and its disengagement. Different prevailing growth forms are blamed for infection in humans and animals. Being extremely resistant to antimicrobial compounds and immune counterattack, microbial biofilms have marked their global strong presence in clinical infections and medical devices related failures that directly or indirectly affect public health. Therefore, different approaches like anti-quorum agents with biofilm dispersal ability, sensible application of available antibiotics combined with improving and analyzing their effective outcome should be included in the strategies against biofilm for improving patient management.
Les infections à mycobactéries non tuberculeuses (MNT) sont en incidence croissante. Ce sont des pathogènes opportunistes et c’est pourquoi l’isolement d’une MNT n’est pas synonyme d’infection. De ce fait, différentes sociétés savantes ont tenté de déterminer des critères d’infection. Les derniers datent de 2007. Ils associent des critères radio-cliniques, peu spécifiques et des critères microbiologiques. L’un des points importants est l’élimination des diagnostics plus probables que l’infection à MNT. Une fois le diagnostic posé, le traitement n’est pas systématique. Il est important de faire la balance entre les bénéfices du traitement (amélioration des symptômes) et les risques. Sur-traiter expose à la toxicité des antibiotiques. En effet, le traitement est long, au moins 12 mois après négativation des cultures, et lourd, associant au moins 3 antibiotiques. De plus, le traitement optimal de ce type d’infection n’est pas connu. Ainsi, seuls les patients les plus symptomatiques tirent un réel bénéfice du traitement. De plus, les patients, ayant déjà fait une infection à MNT restent à risque d’une nouvelle infection. Enfin, il ne faut pas oublier que l’infection à MNT reste un diagnostic d’élimination. Néanmoins, s’il est choisi de ne pas traiter, il reste important de poursuivre la surveillance de ces patients, puisqu’ils peuvent secondairement nécessiter un traitement. Tous ces éléments doivent donc bien faire réfléchir tout clinicien prenant en charge un patient ayant une infection à MNT. Ainsi, initier un traitement n’est pas anodin pour un patient, ne pas traiter non plus.
La résistance aux antibiotiques est une question actuelle de santé publique que les études de paléomicrobiologie éclairent de données contributives. Les analyses récentes d’échantillons d’environnement et d’échantillons humains anciens, particulièrement par les méthodes de séquençage massif de l’ADN ont montré la présence dans ces échantillons de gènes codant la résistance aux β-lactamines et aux glycopeptides ainsi qu’aux tétracyclines et aux macrolides. Ces données indiquent que sans surprise, les mécanismes de résistance aux antibiotiques sont présents dans l’environnement des populations humaines anciennes auxquelles elles ont été transmises notamment dans les microbiotes digestifs étudiés au travers de l’analyse d’échantillons anciens de plaque dentaire et de microbiote digestif. Sur ces bases, les travaux en cours concernent la reconstitution de ces enzymes anciens et de leurs ancêtres communs pour en tester le spectre d’activité et en comprendre les mécanismes d’évolution. Antibiotic resistance is a matter of public health concern. Paleomicrobiology can help to understand the dynamics of antibiotic resistance. Recent analyzes of environmental samples and old human samples, particularly by the methods of massive DNA sequencing showed the presence of genes encoding resistance to β-lactams and glycopeptides as well as tetracyclines and macrolides in these samples. Unsurprisingly, antibiotic resistance mechanisms are present in the environment of ancient human populations to whom antibiotic resistance may have been transmitted in the digestive microbiota as shown by the study of old dental calculus and digestive microbiota. The ongoing works of reconstruction of these ancient enzymes and their common ancestor aim to test the spectrum of activity and understand the mechanisms of evolution.
L’objectif du suivi thérapeutique pharmacologique (STP) est d’optimiser l’utilisation du médicament. Il peut augmenter la probabilité de succès thérapeutique, prévenir la survenue d’une toxicité reliée à une concentration excessive ou encore prévenir l’émergence de résistances. Les antifongiques sont essentiels à la prise en charge des infections fongiques ou à leur prévention par l’intermédiaire de traitements empiriques ou prophylactiques. Ils possèdent des caractéristiques pharmacocinétiques et/ou pharmacodynamiques les positionnant, pour certains, comme de bons candidats au STP.
Les personnes infectées par le VIH sont à risque élevé d’infections pour lesquelles une protection vaccinale existe. La vaccination est un des éléments importants de leur prise en charge. Cependant la couverture vaccinale dans cette population demeure très insuffisante. En France, les recommandations pour la vaccination des personnes infectées par le VIH figurent dans le rapport du Haut Conseil de santé publique sur la vaccination des personnes immunodéprimées ou aspléniques paru en 2014. Elles sont présentées dans cette revue avec des données actualisées sur l’efficacité et la tolérance pour cette population vulnérable.
Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT) représentent une menace récente pour les patients atteints de mucoviscidose. La mucoviscidose est une pathologie liée à un déficit mendélien, au niveau du gène cftr, codant la protéine cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR). Il existe un lien privilégié entre mucoviscidose et MNT. En effet, l’incidence des infections pulmonaires à MNT a augmenté au cours de ces dernières années, avec notamment deux MNT prédominantes : Mycobacterium avium complex et le complexe Mycobacterium abscessus. La prise en charge clinique, le diagnostic biologique et les aspects thérapeutiques sont complexes. L’altération préexistante des fonctions respiratoires des patients atteints de mucoviscidose, la présence dans l’environnement des MNT, rendent difficile l’imputabilité des MNT isolées dans les expectorations des patients. La multi-résistance aux antibiotiques des MNT isolées rend également difficile le traitement de ces infections. Il n’existait pas jusqu’à aujourd’hui de recommandations nationales et internationales concernant la prise en charge des patients atteints de mucoviscidose présentant une infection à MNT. Deux publications récentes regroupant à la fois la prise en charge diagnostique, clinique et thérapeutique présentent des avis d’experts qui permettront à l’avenir de mieux appréhender l’impact des MNT dans l’altération des fonctions ventilatoires des patients atteints de mucoviscidose.
