牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析

微卫星或简单序列重复(SSRs)广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用.本研究以 2021 年报道的牦牛(Bos grunniens)Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况.结果表明,在牦牛Y染色体基因组(26.36 Mb)中共发现 12699 个 1～6 个碱基重复的单纯型SSRs,总长为 0.33 Mb,平均长度为 25.68 bp,相对频率和相对密度分别为 481.77 loci/Mb和 12371.73 bp/Mb,提示牦牛Y染色体基因组包含约 1.25％的单纯型SSRs.6 类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀,其中二碱基重复的SSRs最为丰富,总数为 5835 个(45.95％),平均长度为27.82 bp,而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79％、9.66％、8.81％、5.57％和 0.22％.不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异,其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高;各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次(单碱基)、7～21 次(二碱基)、5～10 次(三碱基)、4～8 次(四碱基)、4～5 次(五碱基)和 4～8 次(六碱基).本研究结果为深入了解牦牛Y染色体基因组重复DNA序列组成和特征特别是单纯型SSRs的丰度状况提供了参考,为后续探明牦牛Y染色体基因组结构组成和发掘牦牛Y染色体特异性SSRs标记、构建Y染色体遗传图谱等奠定了基础.