腸管は生体内に存在する器官であるが，広大な粘膜面で外界と接しており，腸管内に侵入してくる外来抗原（食品成分，腸内共生菌，病原性微生物など）に常時曝されている．そのため，腸管免疫系という生体にとって最大の粘膜免疫組織が存在し，宿主の感染防御やアレルギーの制御に重要な役割を担っている．さらに，この腸管に存在する膨大な数の腸内共生菌は，腸管免疫系の発達・維持に強くかかわりながら生体の恒常性維持に役立っている．とくに，腸内共生菌は感染防御に重要な免疫グロブリンA（IgA）産生の誘導に強く関与しており，その一方で，食品として摂取した蛋白質に対するアレルギー反応を制御する機構にもかかわっていることが徐々に明らかになってきている．したがって，近年では腸管免疫系にとって有益な腸内共生菌をプロバイオティクスとして応用しようとする研究も展開され，詳細な作用機序の解明とともにさらなる発展が期待されている．