Туберкулез (ТБ) все еще остается одной из актуальных проблем медицины в Казахстане. Казахстан входит в тридцатку стран с высокими показателями ТБ с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ-ТБ), ассоциированного с устойчивостью к самым эффективным антибиотикам первого ряда – рифампицину и изониазиду. Согласно исследованиям, МЛУ-ТБ взаимосвязан с генотипом Beijing. 95% рифампицин- и 50-95% изониазид-устойчивых M. tuberculosis имеют мутации в rpoB и katG генах, наиболее распространенными являются мутации Ser531Leu в 531 кодоне и Ser315Thr в 315 кодоне данных генов, соответственно. Цель данного исследования: определить доминирующие кластеры генотипа Beijing среди новых случаев ТБ, оценить их взаимосвязь с МЛУ-ТБ и с самыми распространенными мутациями Ser531Leu и Ser315Thr в rpoB и katG генах. В данной работе было собрано 527 клинических изолятов M. tuberculosis от впервые выявленных случаев туберкулеза из разных областей Казахстана. Генотипирование всех образцов M. tuberculosis было проведено по 24MIRU-VNTR методу. Для изолятов генотипа Beijing дополнительно был проведен RD-анализ по RD105 локусу. Определение мутаций в генах лекарственной устойчивости M. tuberculosis было проведено аллель-специфическим ПЦР в режиме реального времени и секвенированием по методу Сэнгера. c2 и c2 с поправкой Йетса были определены с помощью SPSS Statistics 24.0 и MedCalc online, соответственно. В нашем исследовании генотип Beijing был идентифицирован в 60% (316/527) случаях. Central Asian/Russian 94-32 кластер был самым распространенным кластером среди Beijing изолятов (50,3%; 159/316). Три других доминирующих Beijing кластеров, которые были определены в исследовании - 94-33 (3,5%; 11/316), 100-32 (3,2%; 10/316) и 99-32 (2,8%; 9/316). В нашей работе генотип Beijing был ассоциирован с лекарственно-устойчивым ТБ (p<0.0001), в том числе с МЛУ-ТБ (p=0.0001). Среди изолятов Beijing, Central Asian/Russian 94-32 кластер показал ассоциацию с МЛУ-ТБ (p=0.0183). Мутация Ser531Leu rpoB гена была взаимосвязана с генотипом Beijing в целом (p<0.0001; OR = 14.2000; 95%CI: 4.2847–47.0600), но не с определенным Beijing кластером (p>0.05). Мутация Ser315Thr в katG гене не имела статистически достоверную ассоциацию с генотипом Beijing и его доминирующими кластерами (p>0.05). Таким образом, полученные результаты показали важную роль генотипа Beijing и его Central Asian/Russian 94-32 кластера в распространении лекарственно-устойчивого, в том числе МЛУ-ТБ в Казахстане.

Введение. Лекарственно-устойчивый туберкулез остается актуальной проблемой в здравоохранении Казахстана. Казахстан одна из стран в мире с высоким количеством мультирезистентного туберкулеза, характеризующегося устойчивостью к основным антибиотикам первого ряда – рифампицину и изониазиду. Цель данной работы: определить биологическое разнообразие и охарактеризовать мутации в rpoB гене рифампицин-устойчивых клинических изолятов M. tuberculosis из Казахстана. Материалы и методы. В данной работе от больных с легочным туберкулезом было собрано 115 клинических изолятов M. tuberculosis, устойчивых к противотуберкулезному препарату первого ряда - рифампицину. Генотипирование всех 115 рифампицин-резистентных изолятов было проведено методом MIRU-VNTR с использованием 15 локусов. ДНК-секвенирование RRDR региона rpoB гена всех 115 рифампицин-устойчивых образцов M. tuberculosis было выполнено на секвенаторе ABI 3730 DNA Analyzer (Applied Biosystems). Результаты. Согласно результатам MIRU-VNTRгенотипирования, 86,1% образцов среди рифампицин-устойчивых изолятов были отнесены к семейству Beijing M. tuberculosis. Анализ нуклеотидных последовательностей всех устойчивых к рифампицину изолятов показал преобладание мутации в 531 кодоне rpoB гена с аминокислотной заменой серина на лейцин Ser531Leu в 82,6% случаев. В данной работе семейство Beijing M. tuberculosis было ассоциировано с мутацией Ser531Leu в 531 кодоне гена (p<0.0001), а генотип LAM M. tuberculosis был связан с мутацией His526Leu в 526 кодоне гена (p<0.0001). Выводы. Большинство рифампицин-устойчивых M. tuberculosis в Казахстане принадлежат к семейству Beijing. Мутация Ser531Leu в 531 кодоне rpoB гена доминирует. Генотип Beijing связан с мутацией Ser531Leu, LAM – с His526Leu. Важность учета мутаций в 531 и 526 кодонах для скрининга подчеркнута.

Лекарственно-устойчивый туберкулез остается актуальной проблемой в здравоохранении Казахстана. Казахстан одна из стран в мире с высоким количеством мультирезистентного туберкулеза, характеризующегося устойчивостью к основным антибиотикам первого ряда – рифампицину и изониазиду. Цель данной работы: определить биологическое разнообразие и охарактеризовать мутации в rpoB гене рифампицин-устойчивых клинических изолятов M. tuberculosis из Казахстана. В данной работе от больных с легочным туберкулезом было собрано 115 клинических изолятов M. tuberculosis, устойчивых к противотуберкулезному препарату первого ряда - рифампицину. Генотипирование всех 115 рифампицин-резистентных изолятов было проведено методом MIRU-VNTRс использованием 15 локусов. ДНК-секвенирование RRDR региона rpoB гена всех 115 рифампицин-устойчивых образцов M. tuberculosis было выполнено на секвенаторе ABI 3730 DNA Analyzer (Applied Biosystems). Согласно результатам MIRU-VNTR генотипирования, 86,1% образцов среди рифампицин-устойчивых изолятов были отнесены к семейству Beijing M. tuberculosis. Анализ нуклеотидных последовательностей всех устойчивых к рифампицину изолятов показал преобладание мутации в 531 кодоне rpoB гена с аминокислотной заменой серина на лейцин Ser531Leu в 82,6% случаев. В данной работе семейство Beijing M. tuberculosis было ассоциировано с мутацией Ser531Leu в 531 кодоне гена (p<0.0001), а генотип LAM M. tuberculosis был связан с мутацией His526Leu в 526 кодоне гена (p<0.0001). Дәріге-төзімді туберкулез Қазақстанның денсаулық сақтау саласында өзекті мәселе болып қалуда. Қазақстан бірінші қатардағы негізгі антибиотиктерге – рифампицин мен изониазидке төзімділікпен сипатталатын мультирезистентті туберкулез көрсеткіші жоғары мемлекеттердің бірі. Зерттеу жұмысының мақсаты: Қазақстанда таралған рифампицинге-төзімді M. tuberculosis клиникалық изоляттарының rpoB генінде мутацияларды сипаттау және олардың биотүрлігін анықтау. Аталған зерттеу жұмысында өкпе туберкулезі науқастарынан туберкулезге қарсы бірінші қатардағы препарат – рифампицинге төзімді 115 M. tuberculosis клиникалық изоляттары жиналды. Барлық 115 рифампицинге резистентті изоляттар MIRU-VNTR әдісімен 15 локус бойынша генотиптелді. 115 рифампицинге-төзімді M. tuberculosisүлгілерінің rpoB генінің RRDR аймағын ДНҚ-секвенирлеу ABI 3730 DNA Analyzer (Applied Biosystems) секвенаторында өткізілді. MIRU-VNTR генотиптеу нәтижелеріне сәйкес, рифампицин-төзімді изоляттардың арасында 86,1% жағдайында үлгілер Beijing M. tuberculosisтұқымдасына жатты. Рифампицинге төзімділігі бар барлық изоляттардың нуклеотидтік тізбектерінің анализі 82,6% жағдайында rpoB генінің 531 кодонында сериннің лейцинге аминқышқылдық алмасуы бар Ser531Leu мутациясының басымдылығын көрсетті. Біздің жұмысымызда Beijing M. tuberculosis тұқымдасы геннің 531 кодонындағы Ser531Leu мутациясымен ассоциацияланды (p<0.0001), ал LAM M. tuberculosis тұқымдасы геннің 526 кодонындағы His526Leu мутациясымен байланысты (p<0.0001) болды. Drug-resistant tuberculosis remains one of major health problems in Healthcare system of Kazakhstan. Kazakhstan is one of countries with high quantity of multidrug-resistant tuberculosis chracterized by resistance to the main antibiotics used to cure tuberculosis – rifampicin and izoniazid. Aim of this study is to detect biodiversity and characterize mutations in rpoB gene of rifampicin-resistant M. tuberculosis clinical isolates from Kazakhstan. In this work, 115 M. tuberculosis clinical isolates resistant to the first line antibiotic – rifampicin were gathered from patients with pulmonary tuberculosis. Genotyping of 115 rifampicin-resistant isolates was performed by MIRU-VNTR method using 15 loci. DNA sequencing of RRDR region of rpoB gene of 115 rifampicin-resistant isolates of M. tuberculosis was done on ABI 3730 DNA Analyzer (Applied Biosystems). According to the MIRU-VNTR genotyping results, 86,1% isolates among the resistant samples were isolates of Beijing M. tuberculosis family. Analysis of nucleotide sequences of all resistant to rifampicin isolates showed prevalence of mutations at 531 codon of rpoB gene with the amino acid substitution of serine to leucine Ser531Leu in 82.6% of cases. In our study Beijing M. tuberculosis family was associated with the Ser531Leu mutation at 531 codon of the gene (p<0.0001), LAM M. tuberculosis family revealed association with the His526Leu mutation at 526 codon of the gene (p<0.0001)

Қазақстанда туберкулез мәселесі әлі күнге дейін өзекті болып қалуда. Жылдан жылға дәріге-төзімді туберкулез формаларымен ауру деңгейінің жоғарылауы – аталған аурумен күресте негізгі мәселелердің бірі. Қазақстан дүниежүзінде туберкулезге қарсы қолданылатын ең тиімді бірінші қатардағы препараттар – изониазид пен рифампицинмен ассоциацияланған көптік дәріге төзімді туберкулез көрсеткіштері жоғары отыз мемлекеттер қатарына кіреді. Жұмыстың мақсаты MIRU-VNTR әдісін пайдалана отырып, Қазақстанда таралған туберкулездің қайталанған жағдайларының арасында M. tuberculosis клиникалық изоляттарының биологиялық әртүрлілігін бағалау болып табылады. Аталған зерттеу жұмысында рецидивтердің арасында 79 M. tuberculosis клиникалық изоляттары жиналды. M. tuberculosis клиникалық үлгілерін генотиптеу 12 MIRU локустары бойынша өткізілді. Барлық 12 локустың ПТР-амплификациясы реакцияға 5М бетаин қосу арқылы жүзеге асырылды. ПТР-өнімдері бромистік этидиймен боялған 1,5% агароздық гельде бөлінді. Содан кейін MIRU локустарындағы қайталанулар саны есептелді және әрбір M. tuberculosis клиникалық изолятына 12 саннан тұратын сандық профиль алынды. Жиналған M. tuberculosis клиникалық изоляттарының тұқымдастары MIRU-VNTRplus.org мәліметтер базасы көмегімен анықталды. Генотиптеу нәтижелері қайталанылған туберкулез жағдайларының арасында 88,6% (n=70) изоляттар Beijing тұқымдасына жататынын көрсетті. В Казахстане проблема туберкулеза остается актуальной. С каждым годом увеличивается уровень заболеваемости лекарственно-устойчивыми формами туберкулеза, что является главной преградой в борьбе с данным заболеванием. Казахстан является одной из тридцати стран в мире с высоким показателем туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью ассоциированного с лекарственной устойчивостью к самым эффективным противотуберкулезным препаратам первого ряда – изониазиду и рифампицину. Цель данной работы заключается в оценке биологического разнообразия клинических изолятов M. tuberculosis среди рецидивов в Казахстане с использованием MIRU-VNTR метода. В данном исследовании было собрано 79 клинических образцов M. tuberculosis среди повторных случаев туберкулеза из разных областей Казахстана. Генотипирование собранных клинических изолятов было проведено по 12 MIRUлокусам. ПЦР-амплификация всех 12 локусов была выполнена с добавлением в реакцию 5М бетаина. Разделение ПЦР-продуктов было проведено на 1,5% агарозном геле. Далее проводился подсчет тандемных повторов в MIRU локусах и был получен 12-ти значный цифровой профиль для каждого образца. M. tuberculosisсемейства собранных клинических изолятов были определены с помощью базы данных MIRU-VNTRplus.org. Результаты генотипирования показали, что 88,6% (n=70) изолятов среди рецидивов были отнесены к семейству Beijing. Tuberculosis still remains one of the important health issues in Kazakhstan. Extension of the incidence of drug-resistant forms every year is the main obstacle in the fight against the disease. Kazakhstan is one of the thirty countries on the planet with high rates of mulridrug-resistant tuberculosis associated with resistance to the most effective first-line antituberculosis drugs – isoniazid and rifampicin. Aim of this research is to evaluate biological diversity of clinical isolates of M. tuberculosis among recurrent tuberculosis cases in Kazakhstan by MIRU-VNTR method. 79 clinical isolates of M. tuberculosis were gathered from the patients with recurrent tuberculosis. Genotyping of the clinical samples was conducted by 12 MIRU loci. PCR amplification of 12 loci was done by addition of 5M betaine solution. PCR products were visualized on 1,5% agarose gel. Tandem repeats in the loci were calculated and the digital profile for every sample was obtained. M. tuberculosis families of the gathered clinical isolates were determined using MIRU-VNTRplus.org database. Genotyping results revealed that 88,6% of isolates (n=70) among recurrent cases were identified as the isolates of Beijing family.

Введение. Желудочковая тахикардия (ЖТ)является ведущей причиной заболеваемости и смертности во всем мире, что приводит к внезапной сердечной смерти и делает это серьезной проблемой общественного здравоохранения. В настоящее время выявлены ассоциации ЖТ с мутациями в гене hRYR2, участвующим в процессе высвобождения кальция в кардиомиоцитах. В связи с этим представляет несомненный интерес изучение вклада генетических вариаций гена hRYR2 в формировании предрасположенности к ЖТ среди населения Казахстана. Цель исследования: изучить мутации в гене hRYR2 у пациентов с желудочковой тахикардией и членов их семей. Материалы и методы. Когортное исследование. Проведен скрининг генетических вариантов гена hRYR2 у 35 пациентов ЖТ, из них 2 с катехоламинергической полиморфной желудочковой тахикардией (КПТЖ) и 33 пациентов с идиопатической ЖТ. При обнаружении мутаций генетический анализ был проведен и для родственников пациента, у которых были выявлены мутации. Целевые области гена hRYR2, в том числе наиболее важные 45 экзонов, амплифицировали с помощью ПЦР и непосредственно секвенировали на генетическом анализаторе DNA analyser 3730xL. Анализ даннызх проводился с использование программ SeqScape 2.7, SeqAnalysis 2.5 и др. Проводились исследования генетических вариантов, частоты аллелей. Частоты аллелей и генотипов сравнивались между пациентами, их родственниками и группой контроля. Применяли in silico модели для предсказания клинической значимости генетического варианта. Результаты. Выявлены новые мутации у пациента с КПЖТ (c.A13892T; p.D4631V) и у одного пациента с ЖТ (c.G5428C; p.V1810L). Оба варианта находятся в филогенетически консервативных регионах гена hRYR2 и являются клинически значимыми, патологическими. Также у одного пациента с ЖТ была обнаружена мутация c.C7511T (p.T2504M), ранее ассоциированная с аритмогенной дисплазией правого желудочка (АДПЖ). Данный вариант находится в филогенетически консервативном регионе гена hRYR2 и является также патологическим (балл по MutationTаster D (0.99) и по PolyPhenII D(0.99)). Выводы. Скрининг мутаций в гене сердечного рецептора рианодина типа 2 hRYR2 у пациентов с ЖТ выявил клинически значимые мутации, что позволило скорректировать тактику лечения данных пациентов, и предложить скрининг данных вариантов у ближайших родственников. Данное исследование будет полезно для казахстанских пациентов с желудочковыми нарушениями ритма в оценке необходимости генетического скрининга и надежной генетической консультации для прогнозирования и профилактики внезапной сердечной смерти и дифференциальной диагностики аритмии. Introduction: Ventricular tachycardia (VT) is the key factor of morbidity and mortality worldwide, resulting in sudden cardiac death and making it challenging issue within public health. Currently, VT associations with mutations in the hRYR2 gene involved in the process of calcium release in cardiomyocytes were identified. Hence it is highly important to study the contribution of genetic variations of the hRYR2 gene for formation of susceptibility to VT among the population of Kazakhstan. Purpose: to study mutations in the hRYR2 gene in patients with ventricular tachycardia and their family members. Materials and methods: This study was designed as a cohort study. Genetic variants of the hRYR2 gene were screened in 35 VT patients, 2 of them with catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia (CPVT) and 33 patients with idiopathic VT. When mutations were detected, the genetic analysis was also performed for the patient's relatives with mutations identified. The target regions of the hRYR2 gene, including the most important 45 exons, were amplified by PCR and directly sequenced using the DNA analyser 3730xL. Data analysis was carried out using the programs SeqScape 2.7, SeqAnalysis 2.5, etc. Statistical calculations - studies of genetic variants and allele frequencies were carried out. Allele and genotype frequencies were compared between patients, their relatives and control groups, and in silico models were used to predict the clinical significance of a genetic variant. Outcomes: New mutations were found in a patient with CPVT (c.A13892T; p.D4631V) and in one patient with VT (c.G5428C; p.V1810L). Both variants are located in phylogenetically conserved regions of the hRYR2 gene and they are clinically significant, pathological. In addition, c.C7511T mutation (p.T2504M) was found in one patient with VT previously associated with arrhythmogenic right ventricular dysplasia (ARVD). This variant is located in the phylogenetically conserved region of the hRYR2 gene and is also pathological (score according to MutationTaster D (0.99) and PolyPhenII D (0.99)). Conclusions: Screening for mutations in cardiac ryanodine receptor gene hRYR2 type 2 in patients with VT has revealed clinically significant mutations, which made it possible to improve the treatment of these patients and offer the screening of these variants in close relatives. This research will be useful for Kazakhstani patients with ventricular arrhythmias in assessment of required genetic screening and reliable genetic counseling in order to predict and prevent the sudden cardiac death and differential diagnosis of arrhythmia. Кіріспе. Қарынша аритмиясы бүкіл әлемде сырқаттанушылық пен өлім-жітімнің басты себебі болып табылады, бұл кенеттен жүрек өліміне әкеліп соғады және ол қоғамдық денсаулық мәселесі болып табылады. Әдеби мәліметтер негізінде қазіргі уақытта қарыншықты аритмия зерттеу кезінде ағзадағы кальцийді босату процесіне қатысатын hRYR2 генімен байланысы анықталды. Осыған байланысты Қазақстан халқының арасында қарыншықты аритмияға hRYR2 генінің генетикалық вариациясының бейімділігін қалыптастыруға қосқан үлесін зерттеуге қызығушылық тудырып отыр. Мақсаты: қарыншалық тахикардиямен ауыратын науқастарда және олардың отбасыларында hRYR2 геніндегі мутацияны зерттеу. Материалдар мен әдістер. Бұл зерттеу когорттық зерттеу ретінде жасалған. hRYR2 генінің генетикалық нұсқалары 35 ҚТ бар пациентінде тексерілді, олардың 2 катехоламинергиялық полиморфты қарыншалық тахикардиямен (КПҚТ) және идиопатиялық ҚT бар 33 пациентте зерттелінді. Мутация анықталған кезде пациенттің туыстарына генетикалық талдау жасалды. hRYR2 генінің мақсатты аймақтары, ең маңызды 45 экзоны, ПТР әдісімен амплификацияны іске асырдық, DNA analyser 3730xL анализаторы көмегімен севенделді. Мәліметтерді талдау SeqScape 2.7, SeqAnalysis 2.5 және т.б. бағдарламалардың көмегімен жүзеге асырылды. Статистикалық есептеулер - генетикалық варианттарды, аллельді жиіліктерді зерттеу жүргізілді. Аллель және генотип жиіліктері пациенттер, олардың туыстары және бақылау тобы арасында салыстырылды, силикондық модельдерде генетикалық нұсқаның клиникалық маңыздылығын болжау үшін пайдаланылды. Нәтижелер. Жаңа мутациялар КПҚЖ бар науқаста (c.A13892T; p.D4631V) және ҚТ бар бір пациентте (c.G5428C; p.V1810L) анықталды. Екі нұсқа да hRYR2 генінің филогенетикалық тұрғыдан сақталған аймақтарында орналасқан және клиникалық тұрғыдан патологиялық маңызды. Сондай-ақ, ҚT бар бір науқаста c.C7511T мутациясы (p.T2504M) алғашында әртүрлі зерттеулерде оң қарыншаның аритмогендік дисплазиясымен байланысқаны анықталды. Бұл нұсқа филогенетикалық тұрғыдан hRYR2 генінің аймағында орналасқан және сонымен қатар патологиялық болып табылады (MutionTaster D (0.99) және PolyPhenII D (0.99) бойынша балл). Қорытынды. ҚT бар пациенттерде 2 типті жүрек рецепторлары рианодин геніндегі hRYR2 мутацияларын скрининг арқылы клиникалық маңызды мутацияны анықтады, бұл пациенттердің емдеу тактикасын түзетуге және жақын туыстарына осы нұсқаларды скринингті ұсынуға мүмкіндік берді. Бұл зерттеу қарыншалық аритмиямен ауыратын қазақстандық пациенттерге генетикалық скринингтің қажеттілігін бағалауда және сенімді генетикалық кеңес беру кезінде кенеттен жүрек өлімін алдын-алу және аритмияның дифференциалды диагнозын болдырмау үшін пайдалы болады.

Туберкулез, особенно лекарственно-устойчивый туберкулез все еще остается актуальной проблемой медицины в Казахстане. Заболеваемость мультирезистентным туберкулезом в стране за 12 лет увеличилась в 8 раз, с 1,7 до 13,5 на 100000 человек в период между 2003 и 2015 гг. По данным исследований в различных странах, штаммы семейства Beijing M.tuberculosis были ассоциированы с лекарственной устойчивостью, в частности с мультирезистентным туберкулезом. Цель работы: провести генотипирование 192 лекарственно-устойчивых клинических изолятов M.tuberculosisв Казахстане методом сполиготипирования и определить взаимосвязь между лекарственной устойчивостью и генотипом Beijing M.tuberculosis. Результаты сполиготипирования показали, что генотип Beijing является наиболее распространенным среди лекарственно-устойчивых штаммов M. tuberculosis (74,48%) в Казахстане. Определение взаимосвязи генотипа Beijing M. tuberculosis с лекарственной устойчивостью продемонстрировали, что более чем в 50% случаев данный генотип встречался среди полирезистентных (70,9%) и мультирезистентных (87,75%) изолятов. Tuberculosis, especially drug-resistant tuberculosis remains a major health problem in Kazakhstan. The incidence of multidrug-resistant tuberculosis in the country was increased by 8 times over 12 years from 1,7 to 13,5 per 100,000 population between 2003 and 2015. According to investigations in different countries Beijing M.tuberculosis family strains were associated with drug-resistance, specifically with multidrug-resistant tuberculosis. Aim of the study is to conduct genotyping of 192 drug-resistant clinical isolates of M.tuberculosis in Kazakhstan by spoligotyping technique and determine a correlation between drug resistance and Beijing M.tuberculosis genotype. Spoligotyping results demonstrated that Beijing genotype is the most widespread genotype among drug-resistant M. tuberculosis clinical isolates in Kazakhstan (74,48%). Determination of correlation between drug resistance and Beijing M.tuberculosis genotype showed that the genotype was found in more than 50% cases among polyresistant (70,9%) and multidrug resistant (87,75%) isolates. Туберкулез, әсіресе дәріге-төзімді туберкулез Қазақстанда медицинаның өзекті мәселелерінің бірі болып қалуда. Мультирезистентті туберкулезбен ауру көрсеткіштері біздің мемлекетімізде 12 жыл ішінде 8 есеге көбейді, 2003 және 2015 жылдар аралығында 100000 халыққа1,7-ден 13,5-ке көбейді. Әр түрлі мемлекеттердегі зерттеулердің мәліметтері бойынша, Beijing M.tuberculosisтұқымдасының штаммдары дәрілік төзімділікпен ассоциацияланған, әсіресе мультирезистентті туберкулезбен. Жұмыстың мақсаты: Қазақстанда таралған 192 дәріге-төзімді M.tuberculosis клиникалық изоляттарын сполиготиптеу әдісімен генотиптеу және дәрілік төзімділік пен Beijing M.tuberculosisгенотипінің арасындағы байланысты анықтау. Сполиготиптеу нәтижелері W-Beijing генотипі дәріге-төзімдіM.tuberculosis штаммдарының арасында ең кең таралған генотип екенін көрсетті (74,48%). Beijing M.tuberculosisгенотипінің дәрілік төзімділікпен байланысын анықтау аталған генотиптің 50% жоғары жағдайында полирезистентті (70,9%) және мультирезистентті (87,75%) изоляттардың арасында кездесетінін көрсетті.

Несмотря на то, что уровень заболеваемости туберкулезом снижается с каждым годом в Казахстане, широкое распространение лекарственно-устойчивого туберкулеза ставит под угрозу борьбу против туберкулеза. По данным различных исследований, генотип W-Beijing M.tuberculosis ассоциирован с лекарственной устойчивостью и вызывает более тяжелые формы туберкулеза. Цель работы: оценка спектра мутаций в гене katG, промоторных областях fabG-inhA, oxyR-ahpC и rpoB отвечающих за лекарственную устойчивость M. tuberculosis к изониазиду и рифампицину и определение генетических семейств 103 мультирезистентных клинических изолятов M.tuberculosis распространенных в Казахстане по методу Сэнгера и сполиготипированию, соответственно. Среди 103 мультирезистентных штаммов M.tuberculosis в Казахстане преобладала мутация в 531 кодоне SerLeu rpoB гена (87,4) и в 315 кодоне SerThr katG гена (97) обуславливающих устойчивость к рифампицину и изониазиду, соответственно. Более 80 штаммов M.tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью были отнесены к наиболее вирулентному и широко распространенному в мире генотипу Beijing. Таким образом, штаммы семейства Beijing M.tuberculosis являются доминирующими среди мультирезистентных и лекарственно-устойчивых штаммов в Казахстане. In spite of that the rate of tuberculosis is decreasing every year in Kazakhstan wide distribution of drug-resistant tuberculosis threatens tuberculosis control. According to various studies, M.tuberculosis W-Beijing genotype is associated with drug resistance and more severe forms of tuberculosis. Aim of the study: estimation of mutations spectrum in katG, fabG-inhA, oxyR-ahpC and rpoB responsible for drug resistance of M. tuberculosis to isoniazid and rifampicin, and determination of genetic families of 103 multidrug resistant clinical isolates of M.tuberculosis spread in Kazakhstan by Sanger method and spoligotyping, respectively. Among 103 multidrug resistant strains in Kazakhstan mutations at 531 codon SerLeu of rpoB gene (87,4) and at 315 codon SerThr of katG gene (97) responsible for resistance to rifampicin and izoniazid respectively were prevailed. More than 80 of multidrug resistant M.tuberculosis strains were referred to Beijing genotype, the most virulent and widely spread genotype in the world. M. tuberculosis Beijing family strains prevail among multidrug and drug resistant strains in Kazakhstan. азастанда туберкулез ауруыны крсеткштер жылдан жыла тмендеуне арамастан, дрге тзмд туберкулезд ке таралуы туберкулезге арсы креске ауп тндруде. р трл зерттеулер млметтерне сйкес W-Beijing M.tuberculosis генотип дрлк тзмдлк пен туберкулезд ауыр формаларымен ассоциацияланан. Жмысты масаты: изониазид пен рифампицинге M.tuberculosis дрлк тзмдлгн анытайтын katG ген, fabG-inhA, oxyR-ahpC промоторлы айматары мен rpoB генндег мутациялар спектрн, жне 103 мультирезистентт M.tuberculosis клиникалы изоляттарыны генетикалы тымдастарын сйкеснше Сэнгер дс мен сполиготиптеу дсмен баалау жне анытау. азастандаы 103 кптк дрге тзмд M.tuberculosis штаммдарыны арасында сйкеснше рифампицин мен изониазидке тзмдлкт анытайтын rpoB генн 531 кодонындаы мутация SerLeu (87,4) жне katG генн 315 кодонындаы мутация SerThr (97) басымдылы крсетт. Кптк дрге тзмд M.tuberculosis штаммдарыны 80 кб е вирулентт, дниежзнде ке таралан Beijing генотипне жататыны аныталды. Beijing M.tuberculosis тымдасыны штаммдары азастанда таралан мультирезистентт жне дрге тзмд штаммдар арасында басым.

В данной статье подробно описана методика создания пользовательской HaloPlex кардиогенетической панели (Agilent Technologies) и метод подготовки ДНК-библиотек для таргетного секвенирования 96 генов ассоциированных с сердечными аритмиями. Онлайн программа SureDesign Online Design software (Agilent Technologies) была использована для создания HaloPlex кардиогенетической панели. Финальный дизайн панели был создан для платформы Illumina c помощью Human Genome version 19, GRCh 37. Программой было разработано 19958 ампликонов, 99,46% всех таргетных регионов были покрыты удачно. С использованием данной кардиогенетической панели были подготовлены ДНК-библиотеки для 48 образцов. Method of preparation of custom HaloPlex cardiogenetic panel (Agilent Technologies) and method of preparation of DNA libraries for targeted sequencing of 96 genes associated with cardiac arrhythmias were described in details in this article. SureDesign Online Design software (Agilent Technologies) was used to create the HaloPlex panel. Final design was developed for Illumina platform using Human Genome version 19, GRCh 37. 19958 amplicons were generated by the program, 99,46% of all target regions were covered successfully. DNA libraries were prepared for 48 samples using the custom HaloPlex cardiogenetic panel. Мақалада жүрек аритмияларымен ассоциацияланған 96 генді таргетті секвенирлеуге арналған HaloPlex пайдаланушы кардиогенетикалық панелін (Agilent Technologies) әзірлеу әдістемесі және ДНҚ-кітапханаларын дайындау әдісі толықтай сипатталған. HaloPlex кардиогенетикалықпанелін дайындауда SureDesign Online Design software (Agilent Technologies) онлайн бағдарламасы қолданылды. Панель дизайні Human Genome version 19, GRCh 37 көмегіменIllumina платформасына арнап дайындалды. Бағдарламамен 19958 ампликон әзірленді, барлық таргетті аймақтардың 99,46% сәтті үлестірілді. Аталған кардиогенетикалық панель көмегімен 48 үлгіге ДНҚ-кітапханалары дайындалды.