以青藏高原3种典型生境(荒漠草地、湿地和盐碱地)为研究对象,通过amoA功能基因Qpcr和 16S Rrna基因扩增子测序,研究了其氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)、氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)、亚硝酸盐氧化菌(nitrite-oxidizing bacteria,NOB)和完全硝化细菌(complete ammonia oxidizer,CMX)的分布与群落结构特征.Qpcr结果表明,荒漠草地和盐碱地中 3 种氨氧化微生物,其丰度顺序为AOA>CMX>AOB,而在湿地中则为CMX≥AOA>AOB.各生境中AOA主要类群为土壤类群(即group 1.1b),且其中约半数属于Nitrosocosmicus属分支,该分支在北极冻土中也有分布.荒漠草地和湿地中AOB主要为亚硝化螺菌属(Nitrosospira spp.,71.21％～100％),而盐碱地主要为亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas spp.,75.51％～88.71％).3 种生境中NOB主要类群均为硝化螺菌属(Nitrospira spp.,70.87％～98.79％).clade A和clade B分支的CMX在各生境均存在,且二者比例相当.值得注意的是,大多生境中都检测出一种或多种典型海洋类群硝化微生物,比如group 1.1a的AOA、N.marina的AOB、Lineage 4 的NOB,这强烈暗示青藏高原硝化微生物可能受青藏高原古海洋环境的影响.