Global animal disease outbreak detection and monitoring rely on official sources, such as intergovernmental organisations, as well as digital media and other unofficial outlets. Manually extracting relevant information from unofficial sources is time-consuming. The Platform for Automated extraction of animal Disease Information from the web (PADI-web) is an automated biosurveillance system devoted to online news source monitoring for the detection of emerging/new animal infectious diseases by the French Epidemic Intelligence System. The tool automatically collects news via customised multilingual queries, classifies them and extracts epidemiological information. We detail each step of the PADI-web pipeline, with a focus on the new user-oriented features.
Introduction La veille en sante animale a pour objectif l’alerte precoce vis-a-vis de dangers sanitaires connus ou emergents. Elle repose sur le recueil, le suivi et l’analyse quotidienne d’infor- mations issues de sources officielles, telles que l’Organisation mondiale de la sante animale (OIE), et de sources non-officielles telles que les medias ou les reseaux sociaux (Hartley et al. (2010)). Plusieurs systemes de biosurveillance, tels que MedISys (Mantero et al. (2011)), GPHIN (Blench (2008)) ou HealthMap (Freifeld et al. (2008)), sont ainsi dedies a l’acqui- sition et a la diffusion de donnees issues de sources informelles. Ces systemes s’interessent a un large eventail de risques sanitaires (maladies infectieuses humaines, animales ou vege- tales, risques environnementaux, etc.), mais aucun d’entre eux n’est specifiquement dedie a la sante animale. De plus, tous reposent sur une moderation humaine a une ou plusieurs etapes de leur processus. Dans ce contexte, nous presentons PADI-web 1 (Platform for Automated extraction of Disease Information from the web), un outil de biosurveillance des medias digi- taux pour la detection de foyers de maladies animales (Arsevska et al. (2018)). PADI-web est integre dans la thematique de Veille sanitaire internationale, au sein de la plateforme d’Epi- demiosurveillance en sante animale 2 (plateforme ESA). Depuis sa premiere version, dediee a la veille de sources en anglais, PADI-web a ete enrichi d’un nouveau classifieur reposant sur de l’apprentissage automatique et integre les documents multilingues.
La veille en sante animale, et notamment la detection precoce d'emergences au niveau mondial d'agents pathogenes, est l'un des moyens permettant de prevenir l'introduction en France de dangers sanitaires (Paquet et al., 2006). Dans ce contexte, cet article presente une plateforme dediee a la veille automatique allant du recueil des donnees textuelles (depeches) jusqu'a la restitution synthetique des informations extraites.
La veille en sante animale, et notamment la detection precoce d'emergences au niveau mondial d'agents pathogenes, est l'un des moyens permettant de prevenir l'introduction en France de dangers sanitaires (Paquet et al., 2006). Cet article presente une plateforme dediee a la collecte de donnees (depeches) utiles pour la veille automatique. Le recueil des depeches s'appuie sur des requetes constituees de mots-cles de maladies, d'hotes et de symptomes appliquees a Google News. Une interface Web a ete developpee pour consulter les articles collectes et parametrer le processus de recueil en definissant de nouvelles combinaisons de mots-cles.
La veille en sante animale, et notamment la detection precoce d'emergence au niveau mondial d'agents pathogenes, est l'un des moyens permettant de prevenir ou d'anticiper l'introduction de dangers sanitaires en France. Dans le cadre de la Veille Sanitaire Internationale (VSI) de la plateforme nationale d'epidemiosurveillance en sante animale (ESA), un outil dedie a la veille automatique des depeches issues des medias electroniques a ete developpe (PADI-web : Platform for Automated Extraction of Animal Disease Information from the Web). Son objectif est de completer voire d'anticiper les donnees produites par les sources de notification de reference en sante animales telles que l'OIE ou la FAO. Le fonctionnement de PADI-web repose sur une methode de fouille de texte pour la detection, la collecte, la categorisation et l'extraction de l'information sanitaire a partir des donnees textuelles non structurees publiees sur le web. Une evaluation de l'outil a ete effectuee a partir d'un cas d'etude sur une maladie animale d'interet (la fievre aphteuse) en Afrique. Cette evaluation a mis en evidence des performances quantitatives de detection d'evenements variables selon les pays, et une forte plus-value qualitative en terme de complementarite d'informations. Les verrous methodologiques identifies (ambiguites geographiques, extraction d'evenements pertinents en particulier) font l'objet des developpements de cette these.