目的 探讨肿瘤相关抗原(MAGE)-D4和微小染色体维持蛋白3(MCM3)mRNA的表达水平,分析MAGE-D4与MCM3二者之间的相关性及临床意义.方法 应用基因表达谱交互式分析(GEPIA)数据库比较MAGE-D4和MCM3 mRNA在脑胶质瘤及正常脑组织中的表达情况;并通过癌症基因组图谱(TCGA)、中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库分析MAGE-D4和MCM3 mRNA表达对胶质瘤患者生存期的影响;通过逆转录-定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法在临床样本(胶质瘤62例,正常脑组织11例)中进一步验证.分析MAGE-D4和MCM3 mRNA表达水平与胶质瘤患者临床指标的关联性.应用小干扰RNA(siRNA)技术沉默胶质瘤细胞株SF126和U251中MAGE-D4的表达,接着用RT-qPCR检测干扰后MAGE-D4及MCM3的表达水平.结果 GEPIA数据库数据分析结果显示,MAGED4和MCM3 mRNA的表达水平均高于正常脑组织(P<0.05);TCGA及CGGA数据库显示,MAGE-D4和MCM3 mRNA与多数胶质瘤患者的总体生存率明显相关(P<0.05).对本实验室收集的脑胶质瘤组织及正常脑组织的RT-qPCR检测结果也显示,胶质瘤组织中MAGE-D4和MCM3 mRNA的表达水平显著高于正常脑组织(P<0.05).MAGE-D4和MCM3 mRNA的表达水平与患者年龄、性别、世界卫生组织(WHO)分级、病理类型、卡氏评分(KPS)、肿瘤最长径,以及Ki-67、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、S-100和波形蛋白(vimentin)的表达水平均无关联性(P>0.05).Pearson相关分析结果显示,临床胶质瘤样本组织中MAGE-D4和MCM3 mRNA表达水平呈正相关(r=0.1405,P=0.0057).细胞实验结果显示,经MAGE-D4 siRNA沉默后,SF126和U251细胞中MCM3 mRNA的表达水平显著下降(P<0.05).结论 人脑胶质瘤中MAGE-D4和MCM3高表达,且与总体生存率明显相关,二者表达水平呈正相关,提示其可能共同参与了胶质瘤的发生、发展,具有成为胶质瘤免疫治疗靶点的应用前景.

目的 构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据.方法 提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的转录组数据,以错误发现率(FDR)<0.05,差异倍数的对数绝对值(log2|FC|)>2为条件筛选差异表达(DE)的lncRNA、miRNA和mRNA,据此构建ceRNA调控网络.应用Kaplan-Meier法探讨与CRCC患者预后相关的因子,据此进一步构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行GO与KEGG富集分析.结果 共筛选出3679个DElncRNA,297个DEmiRNA和5914个DEmRNA.mRNA下调的ceRNA网络包含DEmiRNA 95个、DEmRNA 268个、DElncRNA 737个;mRNA上调的ceRNA网络包含DEmiRNA 85个、DEmRNA 234个、DElncRNA 924个.Kaplan-Meier分析筛选出3个DEmRNA(DEPDC1、SLC7A11和E2F7)和1个DEmiRNA(miR-26b-5p)与CRCC预后存在关联(P<0.05).以DEPDC1、SLC7A11和E2F7构建的PPI网络中共含有8个mRNA(TOP2A、DEPDC1、SLC3A2、E2F8、SLC7A11、E2F1、TP53和E2F7)参与蛋白互作,GO和KEGG富集分析显示,这些互作蛋白功能主要富集于DNA损伤反应、p53介导的细胞组织与启动子特异结合、铁死亡,以及肿癌疾病相关信号通路.结论 该研究通过构建CRCC的ceRNA调控网络筛选出与其预后相关的关键RNAs,为CRCC的诊断和治疗提供了理论依据.

目的 通过生物信息学分析PDZ结合激酶/T-淋巴因子激活的杀伤细胞来源的蛋白激酶(PBK/TOPK)在乳腺癌(BRCA)中的表达及临床意义,并预测其潜在的分子通路和生物学功能.方法 挖掘Oncomine数据库分析PBK/TOPK信使核糖核酸(mRNA)在不同癌症中的表达情况.下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库BRCA和正常乳腺组织的RNA测序数据和临床信息,分析PBK/TOPK mRNA表达与临床特征的相关性.应用Kaplan-Meier Plotter数据库进行生存分析.通过筛选PBK/TOPK相关基因,并进行功能富集分析,预测PBK/TOPK在BRCA中的潜在分子通路和生物学功能.结果 PBK/TOPK基因在BRCA组织中的表达显著高于正常乳腺组织(P<0.05),并与雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、三阴性乳腺癌(TNBC)和绝经状态存在关联性(P<0.05).生存分析结果显示,PBK/TOPK基因高表达提示BRCA预后不良(P<0.05).功能富集分析显示PBK/TOPK相似基因主要涉及BRCA细胞分裂、细胞周期调节和微管细胞骨架形成等生物功能,参与BRCA细胞周期等信号通路.结论 PBK/TOPK mRNA在BRCA组织中高表达,与BRCA患者预后不良密切相关,可能是BRCA潜在的生物标志物和治疗靶标.

目的 探讨肿瘤相关抗原MAGE-D4在肝细胞癌(HCC)中的表达情况,并分析其临床意义.方法 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,获取371例HCC组织和50例正常肝组织的转录数据.应用数据挖掘工具UALCAN分析HCC组织中MAGE-D4 mRNA的表达情况,并筛选与其表达相关的基因.应用Kaplan-Meier Plotter分析MAGE-D4 mRNA表达水平与患者生存预后的关系.另收集于广西医科大学第一附属医院2009年6月至2011年8月经手术获取的HCC标本70例,癌旁组织标本30例,采用免疫组织化学法(IHC)检测MAGE-D4蛋白的表达情况,并分析其与患者临床指标的关联性.结果 基于TCGA数据库数据的分析结果显示,MAGE-D4 mRNA在HCC组织中的表达水平显著高于正常肝组织(P<0.05),且与甲胎蛋白(AFP)mRNA表达呈正相关(r=0.556,P=0.000).生存分析结果显示,MAGE-D4 mRNA高表达与黄种人HCC患者不良生存预后具有显著关联(HR=1.860,P=0.037).基于临床获取标本的分析结果显示,MAGE-D4蛋白主要定位于细胞质和细胞核,HCC组织的MAGE-D4高表达率显著大于癌旁组织(48.57％vs 23.33％;χ2=5.530,P=0.019).MAGE-D4高表达组HCC患者血清AFP浓度≥400μg/L的人数比例显著大于低表达组(P<0.05),但两组在性别、年龄、肿瘤级别、肿瘤分期、肿瘤直径、癌栓和乙型肝炎病毒(HBV)感染等方面比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 MAGE-D4在HCC组织中高表达,其可能在HCC的发生和发展过程中发挥重要作用,有望成为HCC的潜在治疗靶点和预后标志物.

目的:探究miR-326在人肝癌细胞株HepG2中对ACRBP表达的潜在调控作用.方法:运用TargetScan、miRanda和miRDB三个在线基因预测工具预测miR-326与ACRBP 3'UTR之间的保守结合位点;双荧光素酶报告系统分析ACRBP3'UTR保守结合位点突变后对miR-326与ACRBP结合能力的影响;通过慢病毒转染的方法获得稳定高表达miR-326的HepG2肝癌细胞株;利用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)和Western blotting检测miR-326上调对ACRBP mRNA和蛋白表达的影响.结果:在人肝癌细胞株HepG2中,miR-326可结合于ACRBP mRNA 3'UTR的保守位点,并抑制该基因mRNA翻译,从而抑制ACRBP的表达.结论:miR-326在HepG2中负向调控ACRBP的表达.