В работе изучена генетическая связь 22 многофакторных и 6 менделевских болезней, основываясь на данных, экстрагированных из курируемой базы DisGenNet. Для анализа рассчитан коэффициент генетической «общности» между болезнями, а также использованы методы кластеризации и приоритизации. В результате установлена выраженная общая наследственная компонента многофакторных болезней разных патогенетических групп. Неполные знания о вкладе генов-модификаторов в развитие менделевских заболеваний, как и многофакторных болезней, существенно лимитируют оценку их молекулярного сходства. The genetic relationship of 22 multifactorial and 6 Mendelian diseases based on data extracted from the curated DisGenNet database were studied. The coefficient of genetic «commonality» between diseases was calculated and as well as methods of clustering and prioritization were used. As a result, a pronounced common hereditary component of multifactorial diseases of various pathogenetic groups was established. The assessment of molecular similarity between Mendelian and multifactorial diseases is significantly limits due to incomplete knowledge about the contribution of genes.

В работе изучены ассоциации однонуклеотидных полиморфных вариантов (SNPs), связанных с количественными изменениями экспрессии (eQTL) генов TLR4, CAT, IL10, ADRB2, CST3, ICAM1, IRF6, NFKB1, PNP, SELL, SPP1, SMC2, SERPINA1, IL2RB, HSPA4, FOS, NT5C2, BHLHE40 у пациентов с бронхиальной астмой, артериальной гипертензией и их сочетанием. В результате установлены ассоциации с развитием астмы в сочетании с артериальной гипертензией для аллелей, генотипов и гаплотипов, образованных отдельными SNP генов TLR4, CAT, ANG и RNASE4, отличающихся от SNP, ассоциированных с «изолированными» астмой и артериальной гипертензией. Associations of eQTL SNPs of the TLR4, CAT, IL10, ADRB2, CST3, ICAM1, IRF6, NFKB1, PNP, SELL, SPP1, SMC2, SERPINA1, IL2RB, HSPA4, FOS, NT5C2, BHLHE40 genes with bronchial asthma, arterial hypertension and the comorbidity of these diseases were studied. As a results association of alleles, genotypes, and haplotypes formed by individual SNPs of TLR4, CAT, ANG, and RNASE4 genes with comorbidity of asthma and hypertension have been established which differ from SNPs associated with “isolated” asthma and arterial hypertension.

Впервые представлены данные, свидетельствующие о наличии множественных микроструктурных вариаций генома, включая полиморфизм по числу копий крупных участков ДНК (CNV) и копий-нейтральную потерю гетерозиготности, в тканях сосудистой стенки и лейкоцитах периферической крови у больных атеросклерозом. Правые коронарные артерии с атеросклеротическими бляшками отличались от непораженных внутренних грудных артерий и лейкоцитов периферической крови бльшим размером CNV и числом локализованных в них генов. Только от 6 до 16% CNV у каждого из пациентов присутствовали во всех трех типах исследованных образцов тканей. Соответственно, большая часть структурных вариаций генома в тканях, пораженных атеросклеротическим процессом (от 68 до 91% у каждого из пациентов), имела соматическое происхождение. Амплификации в хромосомных субсегментах 3p21.31 (CACNA2D2), 7q32.1 (FLNC), 19p13.3 (C19orf29, PIP5K1C) и 21q22.3 (COL6A1) были зарегистрированы только в тканях сосудистой стенки, но не в лейкоцитах периферической крови. Более того, в анализируемых тканях у больных атеросклерозом идентифицирована амплификация в хромосомном субсегменте 7p15.2 (SKAP2), не представленная в Базе данных CNV у здоровых индивидов (Database of Genomic Variants). В 12 из 13 хромосомных регионов потеря гетерозиготности носила копий-нейтральный характер и захватывала опухолесупрессорные гены (SFRP1, CEBPD, RB1CC1, DIRAS3, TUSC3 и ZDHHC2). льшим размером CNV и числом локализованных в них генов. Только от 6 до 16% CNV у каждого из пациентов присутствовали во всех трех типах исследованных образцов тканей. Соответственно, большая часть структурных вариаций генома в тканях, пораженных атеросклеротическим процессом (от 68 до 91% у каждого из пациентов), имела соматическое происхождение. Амплификации в хромосомных субсегментах 3p21.31 (CACNA2D2), 7q32.1 (FLNC), 19p13.3 (C19orf29, PIP5K1C) и 21q22.3 (COL6A1) были зарегистрированы только в тканях сосудистой стенки, но не в лейкоцитах периферической крови. Более того, в анализируемых тканях у больных атеросклерозом идентифицирована амплификация в хромосомном субсегменте 7p15.2 (SKAP2), не представленная в Базе данных CNV у здоровых индивидов (Database of Genomic Variants). В 12 из 13 хромосомных регионов потеря гетерозиготности носила копий-нейтральный характер и захватывала опухолесупрессорные гены (SFRP1, CEBPD, RB1CC1, DIRAS3, TUSC3 и ZDHHC2).

Calcineurin pathway plays the critical role in the cardiac remodeling of various origin, development of chambers dilatation and progression of heart failure. Components of calcineurin pathway are involved in myocardium hypertrophy regulation, angiogenesis and apoptosis. Results of quantitative expression profiling study of main calcineurin pathway genes PPP3CA, PPP3R1, PPP3CB, GATA4 and NFATC4 in myocardium of right atrium auricle of patients with a coronary heart disease, exposed to various types of surgical treatments depending on weight of a clinical finding (surgical reconstruction of the geometry of left ventricle (LV) (postinfarction aneurysm) or coronary artery bypass grafting in case of unaltered morphology of LV) are presented. In patients with sizable postinfarction LV dilatation (n = 21) expression level of calcineurin catalytic subunit genes PPP3CA and PPP3CB was 1.3 and 1.6 times lower (p = 0.018 and 0.023, accordingly) compared to patients with unaltered shape of the heart (n = 34). Expression level of PPP3R1 gene encoding calcineurin regulatory subunit B and GATA4 and NFATC4 genes for transcription factors did not differ in studied subgroups of patients. Thus, lower expression of PPP3CA and PPP3CB genes in atrium myocardium can be related to expressed postinfarction LV remodeling. Further studies of relation quantitative expression profiling of calcineurin pathway genes with the level of damage of myocardium is essential what may have important outcome for the prevention of adverse events of cardiosurgical treatments in patients with postinfarction remodeling.

In this study we genotyped polymorphism Thr12Ser (rs1937) in TFAM gene in two groups: patients with coronary artery disease and control group (people from Tomsk population). For genotyping was used restriction fragment length polymorphism. We have found significant higher genotype CC frequency in men with coronary artery disease — 4.52% compared with control men — 0.45% (χ 2 = 6.315; р = 0.043; OR = 10.45). Thus genotype CC is associated with coronary artery disease in men fromTomsk population.