Исследовано видовое разнообразие бактерий активного ила биологических очистных сооружений (БОС) г. Перми, трансформирующих цианопиридины и амиды пиридинкарбоновых кислот. Методом накопительных культур на минеральной среде с 3-цианопиридином как единственным источником углерода и азота выделены 32 клона грамотрицательных гетеротрофных бактерий, дающих умеренный рост при пересевах на жидкой и плотной синтетической минеральной среде с 3- и 4-цианопиридином. По результатам анализа секвенированых фрагментов гена 16S рРНК клоны с не менее, чем 99% гомологией отнесены к родам Acinetobacter, Alcaligenes, Delftia, Ochrobactrum, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Xanthobacter. Посредством ПЦР анализа было выявлено, что 13 из 32 изолятов имеют последовательности размером около 1070 п.н., гомологичные генам нитрилаз, ранее обнаруженным у Alcaligenes faecalis JM3 (GenBank, D13419.1). Способность трансформировать нитрилы и амиды при росте на минимальной солевой среде обнаружена у 9 клонов; Acinetobacter sp. 11h и Alcaligenes sp. osv трансформировали 3-цианопиридин до никотинамида, а подавляющее большинство клонов обладали амидазной активностью, которая составляла от 0.5 до 46.3 ммоль/г ч по ацетамиду и от 0.1 до 5.6 ммоль/г ч по никотинамиду. Подтверждена утилизация никотинамида штаммом A. faecalis 2, сопровождающаяся выделением в среду вторичного метаболита, с вероятностью 91% идентифицированного как додецил акрилат.
The article presents comparative analysis of application of common bacteriologic and molecular techniques to identify P. aerugenosa. The genetic detection was applied using polymerase chain reaction with genus-specific and species-specific primers and amplification of conservative sites of gens 16S pRNA with successive identification of bacteria by sequenation. It is established that 95% (151) of strains correspond to species of P. aerugenosa detected in primary bacteriologic laboratories and only 8 strains were not blue pus bacillus. Most of strains were closely congenial species: 2 isolates belonged to Pseudomonas aeruginosa group, 3 isolates to Pseudomonas putida group, 2 strains to Comamonas species and 1 isolate to Stenotrophomonas maltophilia species. The effectiveness of cultural technique of laboratory diagnostic was demonstrated concerning infections conditioned by P. aerugenosa. This conclusion does not eliminate application of molecular genetic trechnologies in complicated arbitral cases of bacteriologic analysis during monitoring of nosocomial infections.
Soil cultures of Rhodococcus genera actinobacteria having termostable activity were investigated. The PCAanalysis and sequencing of amidase genes was carried out. Sequences, homologous to known amidase genes from R. erythropolis, GenBank, M88614, R. erythropolis, GenBank, E12517 and R. rhodochrous N774 were revealed
