Sheep was one of the first domesticated animals in Neolithic West Eurasia. The zooarchaeological record suggests that domestication first took place in Southwest Asia, although much remains unresolved about the precise location(s) and timing(s) of earliest domestication, or the post-domestication history of sheep. Here, we present 24 new partial sheep paleogenomes, including a 13,000-year-old Epipaleolithic Central Anatolian wild sheep, as well as 14 domestic sheep from Neolithic Anatolia, two from Neolithic Iran, two from Neolithic Iberia, three from Neolithic France, and one each from Late Neolithic/Bronze Age Baltic and South Russia, in addition to five present-day Central Anatolian Mouflons and two present-day Cyprian Mouflons. We find that Neolithic European, as well as domestic sheep breeds, are genetically closer to the Anatolian Epipaleolithic sheep and the present-day Anatolian and Cyprian Mouflon than to the Iranian Mouflon. This supports a Central Anatolian source for domestication, presenting strong evidence for a domestication event in SW Asia outside the Fertile Crescent, although we cannot rule out multiple domestication events also within the Neolithic Fertile Crescent. We further find evidence for multiple admixture and replacement events, including one that parallels the Pontic Steppe-related ancestry expansion in Europe, as well as a post-Bronze Age event that appears to have further spread Asia-related alleles across global sheep breeds. Our findings mark the dynamism of past domestic sheep populations in their potential for dispersal and admixture, sometimes being paralleled by their shepherds and in other cases not.

We present palaeogenomes of three morphologically unidentified Anatolian equids dating to the first millennium BCE, sequenced to a coverage of 0.6-6.4x. Mitochondrial DNA haplotypes of the Anatolian individuals clustered with those of Equus hydruntinus (or Equus hemionus hydruntinus), the extinct European wild ass, secular name 'hydruntine'. Further, the Anatolian wild ass whole genome profiles fell outside the genomic diversity of other extant and past Asiatic wild ass (E. hemionus) lineages. These observations suggest that the three Anatolian wild asses represent hydruntines, making them the latest recorded survivors of this lineage, about a millennium later than the latest observations in the zooarchaeological record. Our mitogenomic and genomic analyses indicate that E. h. hydruntinus was a clade belonging to ancient and present-day E. hemionus lineages that radiated possibly between 0.6 and 0.8 Mya. We also find evidence consistent with recent gene flow between hydruntines and Middle Eastern wild asses. Analyses of genome-wide heterozygosity and runs of homozygosity suggest that the Anatolian wild ass population may have lost genetic diversity by the mid-first millennium BCE, a possible sign of its eventual demise.

Sheep were among the first domesticated animals, but their demographic history is little understood. Here we analyzed nuclear polymorphism and mitochondrial data (mtDNA) from ancient central and west Anatolian sheep dating from Epipaleolithic to late Neolithic, comparatively with modern-day breeds and central Asian Neolithic/Bronze Age sheep (OBI). Analyzing ancient nuclear data, we found that Anatolian Neolithic sheep (ANS) are genetically closest to present-day European breeds relative to Asian breeds, a conclusion supported by mtDNA haplogroup frequencies. In contrast, OBI showed higher genetic affinity to present-day Asian breeds. These results suggest that the east-west genetic structure observed in present-day breeds had already emerged by 6000 BCE, hinting at multiple sheep domestication episodes or early wild introgression in southwest Asia. Furthermore, we found that ANS are genetically distinct from all modern breeds. Our results suggest that European and Anatolian domestic sheep gene pools have been strongly remolded since the Neolithic.

Toplumların biyolojik uzaklıklarının belirlenmesinde başta genetik çalışmalar olmak üzere, linguistik, antropometrik, osteometrik, odontometrik ve antroposkopik birçok farklı veri kaynağından yararlanılmaktadır. Genetik çalışmalar, ciddi bir altyapı gereksinimi ve yüksek maliyetinden dolayı dışarıda bırakılacak olursa biyolojik uzaklık çalışmalarında ölçülemeyen diş özellikleri diğer iskelet özelliklerine göre birçok avantaja sahiptir. Bu avantajlar, çok etkenli bir kalıtıma (genetik, epigenetik ve çevresel) sahip olmaları, cinsiyetler arasında anlamlı bir farklılık göstermemeleri, tutarlı bir sağ ve sol çene tarafı farklılığının olmaması, gözlem içi ve gözlemciler arası uyumu sağlayan standart bir kaydetme sistemine (Arizona State Üniversitesi Dental Antropoloji Sistemi / ASUDAS) sahip olmalarıdır. Ölçülemeyen diş özelliklerinin tanımlanması ve derecelendirilmesi için geliştirilen sistem ve standartla birlikte elde edilen verilerin doğru bir şekilde analiz edilmesi için kullanılan istatistiksel yöntemler (Mean Measure of Divergence / MMD, Mahalonobis D2) ve bu yöntemlerin uygulandığı programlar da (R, SPSS, C++) oldukça önemlidir. İlgili bu çalışmada da amaç Anadolu örnekleri özelinde, MMD istatistiğini temel alarak R programlama dili üzerinde geliştirilen AnthropMMD paket programının özelliklerini ve grafiksel kullanıcı arayüzünün avantajlarını göstermek ve elde edilen sonuçları tartışmaktır. Bu amaçla “AnthropMMD” paket programı Topaklı (TP / Nevşehir), Klazomenai (KLZ / İzmir), İzmir Demir Çelik Limanı (İDÇ / İzmir) ve Batı Limanı (BTL / İzmir) kazılarından çıkarılan iskeletlerin ölçülemeyen diş özellikleri verilerinin bir bölümü kullanılarak denenmiştir. Sonuç olarak, diğer programlardan farklı olarak AnthropMMD paket programının ve bu programın grafiksel kullanıcı arayüzünün hem gerekli istatistiklerin hesaplanmasında hem de elde edilen verilerin grafikleştirilmesinde büyük kolaylıklar sağladığı görülmüştür. Elde edilen sonuçlar, henüz genetik verileri olmayan ilgili toplulukların, dönemsel yakınlıkları ve coğrafik konumları dikkate alındığında tahmin edilen biyolojik uzaklık ilişkileri ile tutarlıdır.