Le d’eficit immunitaire du SIDA pr’edispose à de nombreuses infections à germes opportunistes et non opportunistes. Nombre de ces germes d’eterminent des affections gastro-intestinales conduisant à une diarrh’ee et à une malabsorption. Compte tenu du potentiel l’ethal de certains de ces pathogènes, il est souhaitable d’identifier les agents infectieux curables. La d’etection d’un certain nombre de pathogènes n’ecessite, pour des raisons th’eoriques, des biopsies orient’ees par l’endoscopie (Mycobacterium avium, CM). Le diagnostic d’autres bact’eries (salmonelles, Campylobacter, Shigelles, Clostridium difficile) repose sur l’examen des selles sans examen endoscopique. Une troisième cat’egorie (Cryptosporidium, Isospora belli, Giardia, Entamoeba histolytica) peut être identifi’ee soit par l’examen des selles, soit par l’examen du liquide d’aspiration j’ejunal, soit enfin par des biopsies orient’ees endoscopiquement.