OBJECTIVESTo describe integrase strand transfer inhibitor (INSTI) resistance profiles and factors associated with resistance in antiretroviral-naive and -experienced patients failing an INSTI-based regimen in clinical practice.METHODSData were collected from patients failing an INSTI-containing regimen in a multicentre French study between 2014 and 2017. Failure was defined as two consecutive plasma viral loads (VL) >50 copies/mL. Reverse transcriptase, protease and integrase coding regions were sequenced at baseline and failure. INSTI resistance-associated mutations (RAMs) included in the Agence Nationale de Recherches sur le SIDA genotypic algorithm were investigated.RESULTSAmong the 674 patients, 359 were failing on raltegravir, 154 on elvitegravir and 161 on dolutegravir therapy. Overall, 90% were experienced patients and 389 (58%) patients showed no INSTI RAMs at failure. The strongest factors associated with emergence of at least one INSTI mutation were high VL at failure (OR = 1.2 per 1 log10 copies/mL increase) and low genotypic sensitivity score (GSS) (OR = 0.08 for GSS ≥3 versus GSS = 0-0.5). Patients failing dolutegravir also had significantly fewer INSTI RAMs at failure than patients failing raltegravir (OR = 0.57, P = 0.02) or elvitegravir (OR = 0.45, P = 0.005). Among the 68 patients failing a first-line regimen, 11/41 (27%) patients on raltegravir, 7/18 (39%) on elvitegravir and 0/9 on dolutegravir had viruses with emergent INSTI RAMs at failure.CONCLUSIONSThese results confirmed the robustness of dolutegravir regarding resistance selection in integrase in the case of virological failure in routine clinical care.

Introduction. - Few infectious sacroiliitis reports are available in the literature. There is no standard clinical presentation, and diagnosis and treatments are therefore usually delayed. We aimed to describe this infection. Methods. - We performed a single-center retrospective study of patients hospitalized in the infectious diseases unit of the Limoges University Hospital from January 1, 2006 to January 31, 2016. We included all patients presenting with infectious monoarthritis of native sacroiliac joint. Clinical, biological, bacteriological, radiological, and therapeutic characteristics were collected. Results. - A total of 18 patients were enrolled. The sex ratio was 1.25. Mean age was 39.6 years (17-69 years). The average progression time at diagnosis was 17.9 days (1-110 days). The mean hospital stay was 16.2 days (3-35 days). Temperature at admission was 38.8 degrees C (37-40 degrees C). Identified bacteria were methicillin-susceptible Staphylococcus aureus in 83.3% of cases (n = 15), Proteus mirabilis (n = 1), and Streptococcus dys-galactiae (n = 1). Thirty-two (88.9%) of the 36 imaging examinations were consistent with the diagnosis. The survival rate was 100% at the end of the six-month follow-up. Conclusion. - Infectious sacroiliitis is a complex pathology requiring precise clinical examination for a rapid diagnosis. The outcome is usually favorable. (C) 2018 Published by Elsevier Masson SAS.

Introduction. - Nocardiosis are uncommon. The diagnosis may be difficult, with significant morbidity and mortality, often occurring on frail patients. Few data are available in France.Methods. - A retrospective single center study was conducted from 2002 to 2014 and included all patients with at least one positive microbiological sample for Nocardia with a follow-up in our hospital.Results. - Nineteen patients, including 15 men, were included with a mean age of 58 years (25-85). Seventeen had a risk factor (lung diseases [13], corticosteroids [12], solid neoplasia [2], HIV infection [2], diabetes mellitus [3], kidney transplant [2], lymphopenia [1]). Infections' locations were: pulmonary (12), brain (3), skin (2), lymph node (1) and corneal (1). The slow growth leads to a median of 35 days for a positive result (3-95). Nine species were identified. Fifteen patients (79%) received one or more lines of antibiotics including: cotrimoxazole (9), amoxicillin (7) cefotaxime/ceftriaxone (7) imipenem (3), or amikacin (3). The average duration of antibiotic therapy was 207 days. Four patients did not receive antibiotics due to a late result or a bacterial co-infection masking nocardiosis. Five patients died (26%) including 2 with cerebral nocardiosis. Six patients were cured, 4 suffered a relapse, 4 had an unknown evolution, and 1 was still treated.Conclusion.- Our study shows that nocardiosis is a disease difficult to treat. A better understanding of this type of infection is necessary. (C) 2016 Societe. Nationale Francaise de Medecine Interne (SNFMI). Published by Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

Les nocardioses sont rares, de diagnostic clinique et microbiologique difficile, avec une morbi-mortalité importante, et surviennent souvent sur terrain débilité. Peu de données existent en France. Étude rétrospective monocentrique de 2002 à 2014 incluant tous les patients avec au moins un prélèvement microbiologique positif à Nocardia. Dix-neuf patients, dont 15 hommes, ont été inclus, d’âge moyen 58 ans (25–85). Dix-sept présentaient un terrain à risque (pathologies pulmonaires 13, corticothérapie 12, tumeurs 2, infection par le VIH 2, diabète 3, greffe rénale 2, lymphopénie 1). On dénombre 12 infections pulmonaires, 3 infections cérébrales, 2 infections cutanées, 1 infection ganglionnaire, et 1 infection cornéenne. La croissance souvent lente du germe conduit à un délai médian de résultat de 35 jours (3–95). Neuf espèces ont été retrouvées. Quinze patients (79 %) ont reçu une ou plusieurs lignes antibiotiques comprenant entre autres : cotrimoxazole (n = 9), amoxicilline (n = 7) céfotaxime/ceftriaxone (n = 7), imipénème (n = 3) ou amikacine (n = 3). La durée moyenne de l’antibiothérapie était de 207 jours. Quatre patients n’ont pas reçu d’antibiotiques à cause d’un résultat tardif ou d’une co-infection bactérienne masquant la nocardiose. On déplore 5 décès (26 %) dont 2 imputables à une atteinte cérébrale. Six patients ont guéri, 4 ont rechuté, l’évolution est inconnue pour 4, et 1 est encore en cours de traitement. La prise en charge des nocardioses est compliquée. Une meilleure connaissance de celles-ci par une étude clinico-microbiologique nationale semble nécessaire. Nocardiosis are uncommon. The diagnosis may be difficult, with significant morbidity and mortality, often occurring on frail patients. Few data are available in France. A retrospective single center study was conducted from 2002 to 2014 and included all patients with at least one positive microbiological sample for Nocardia with a follow-up in our hospital. Nineteen patients, including 15 men, were included with a mean age of 58 years (25–85). Seventeen had a risk factor (lung diseases [13], corticosteroids [12], solid neoplasia [2], HIV infection [2], diabetes mellitus [3], kidney transplant [2], lymphopenia [1]). Infections’ locations were: pulmonary (12), brain (3), skin (2), lymph node (1) and corneal (1). The slow growth leads to a median of 35 days for a positive result (3–95). Nine species were identified. Fifteen patients (79%) received one or more lines of antibiotics including: cotrimoxazole (9), amoxicillin (7) cefotaxime/ceftriaxone (7) imipenem (3), or amikacin (3). The average duration of antibiotic therapy was 207 days. Four patients did not receive antibiotics due to a late result or a bacterial co-infection masking nocardiosis. Five patients died (26%) including 2 with cerebral nocardiosis. Six patients were cured, 4 suffered a relapse, 4 had an unknown evolution, and 1 was still treated. Our study shows that nocardiosis is a disease difficult to treat. A better understanding of this type of infection is necessary.

La connaissance d'une maladie chronique nous paraît importante pour favoriser l'observance du traitement. Nous avons voulu évaluer les connaissances des patients pour leur maladie VIH, devenue chronique. Il s'agit d'une étude prospective réalisée dans un CHU sur 6 mois en 2013, par un questionnaire anonyme. Étaient exclus les nouveaux patients, les non francophones et les non lecteurs. L'étude a porté sur 176 patients (72 % français) dont 2/3 d'hommes, d'âge médian 48 ans (20 – 74). La moitié est suivie depuis plus de 10 ans. Ils sont 85 % à estimer être assez informés. L'étiologie virale est connue dans 90 %. La transmission par le sang et le sexe est citée dans 80 %. Concernant les conséquences de l'infection, 31 % ont répondu : la baisse des défenses immunitaires. Seuls 38 % expliquent ce que sont les CD4, mais 61 % connaissent leur dernier résultat. Ils sont 90 % à déclarer avoir une charge virale indétectable mais seule la moitié peut définir ce qu'est la charge virale. Le terme « indétectabilité » n'est expliqué que par 36 %. Presque tous (95 %) prennent un traitement. Un tiers des patients sait que l'action est dirigée contre le virus et 58 % estiment qu'il agit directement sur les CD4. Seuls 11 % répondent qu'il bloque la multiplication du virus et 12 % connaissent l'intérêt de la multithérapie. La moitié connait les conséquences d'une mauvaise observance mais seuls 21 % parlent de résistance. Plus de la moitié (60 %) déclare se renseigner sur la maladie, 34 % sur le traitement, par internet ou la presse. Seuls 25 %, ont eu un contact avec l'éducation thérapeutique et 22 % désireraient y avoir recours. Le médecin spécialiste reste le principal interlocuteur. Même si les patients se sentent suffisamment informés, leur connaissance de la maladie et du traitement est pour la plupart limitée. Les équipes (médicale et paramédicale) doivent rester à l'écoute pour maintenir l'information.

C. fetus ss jejuni is an important cause of gastroenteritis in humans. Simple methods for isolation of the organism have been developed, and laboratories should seriously consider the possible presence of this organism when culturing stool specimens.

Le raltégravir par son mécanisme inhibiteur de l’intégrase, empêche l’intégration de l’ADN proviral dans les chromosomes cellulaires. L’ADN proviral est alors circularisé dans les cellules. Nous avons cherché à savoir si les charges virales faiblement positives, détectées chez les patients VIH positifs traités par le raltégravir, pouvaient être lié à la détection de l’ADN proviral circularisé et relargué dans le sérum. Nous avons réalisé une étude rétrospective sur 2 ans (2012–2013) sur la cohorte des patients suivis dans notre établissement. Nous avons comparé les patients ayant sur 2 niveaux de charge virale faible les patients prenant ou non du raltégravir. Les niveaux de charge virale étaient définis par : « faible » pour des CV ≤ à 100 copies/mL et « indétectable mais non quantifiable » pour des CV ≤ 40 copies/mL avec un signal témoignant d’une réplication à bas bruit. Le test de Chi2 était utilisé. L’étude a porté sur une file active de 574 patients. Que ce soit pour les patients avec une charge virale « faible », ou avec une charge virale « indétectable mais non quantifiable », il n’existe pas de différence entre les patients prenant ou non du raltégravir : p = 0,46 et p = 0,86 respectivement. Bien que séduisante, l’idée d’une charge virale faiblement détectable, en lien, non pas avec une réplication virale mais avec un relargage d’un ADN non intégré et circularisé n’a pas été mise en évidence dans notre étude. Cette hypothèse mériterait d’être re-tester à plus grande échelle car les essais d’intensification avec le raltégravir n’ont pas permis d’obtenir l’indétectabilité, ce qui va dans le même sens que notre étude

Lors du dépistage au CDAG-CIDDIST, nous avions l'impression que les personnes venaient essentiellement pour la sérologie VIH, et qu'ils ne prêtaient pas forcement attention aux résultats des autres sérologies. Nous avons voulu évaluer si des personnes revenant dans notre centre se souvenaient du résultat de leur sérologie pour l'hépatite B. Il s'agit d'une étude prospective réalisée dans le CDAG-CIDDIST d'un CHU, sur une période de 6 mois (juillet – décembre 2013), auprès de personnes qui consultaient à nouveau, à distance de leur 1re venue. Il leur était demandé s'ils se souvenaient de la sérologie de l'hépatite B faite lors de leur précédent passage et si oui, s'ils se rappelaient du résultat. Il s'agit de résultats uniquement déclaratifs, étant donné l'impossibilité de vérification, à cause de l'anonymat. Durant la période, environ 1 200 personnes ont consulté, dont 73 qui répondaient au critère d'inclusion. Il s'agissait de 44 hommes et 29 femmes d'âge moyen 26 ans (17 – 69 ans). Parmi eux 57 se souvenaient d'avoir eu une sérologie, 15 se souvenaient ne pas en avoir eu et 1 ne savait plus. Parmi les 57 personnes se rappelant d'avoir eu une sérologie, 46 (80,7 %) se souvenaient du résultat et 11 non. Il n'y avait pas différence entre les hommes et les femmes (p = 0,2) ni quand l'on comparait le niveau d'étude (bac ou pas bac) (p = 0,6). Contrairement à notre impression, les usagers du CDAG-CIDDIST même s'ils semblent plus intéressés par le résultat de la sérologie pour le VIH, prêtent tout de même une oreille attentive aux autres résultats qui leur sont rendu comme par exemple la sérologie hépatite B et le retiennent. Cette étude mériterait d'être confirmée à plus grande échelle pour s'assurer de la validité des résultats avec une méthodologie plus stricte (non déclarative).

Grâce aux multithérapies, la majorité des patients VIH ont une charge virale indétectable. Il est donc impossible de rechercher une résistance plasmatique (RP) si l’on désire changer leur traitement. Nous nous sommes demandé si les résistances lymphocytaires (RL) pouvaient aider le médecin dans le choix d’un nouveau traitement. Étude rétrospective des RL effectuées dans le but d’une modification thérapeutique chez des patients ayant une antériorité de RP. Entre mai 2012 et septembre 2013, 17 patients ont été inclus. La charge virale était indétectable depuis 7,7 ans en moyenne. La concordance entre RL et RP dépendait de la famille thérapeutique. Les mutations connues n’ont pas été retrouvées dans les RL pour 41 %, 53 % et 17 % des cas respectivement pour les NRTI, NNRTI et IP. Des mutations connues ont été partiellement retrouvées dans 30 % des cas pour les NRTI, et 12 % pour les NNRTI et IP, parfois associées à de nouvelles mutations. Chez un seul patient il existait une concordance parfaite pour les NRTI et NNRTI. Le délai entre l’obtention d’une indétectabilité et la réalisation des RL n’avait pas d’influence. Il n’existait pas de mutations disparaissant plus que d’autres. Dans 2 cas, les mutations trouvées dans les RL modifiaient l’interprétation des résistances : 1 cas de résistance de type TAM non connue et 1 cas une diminution de sensibilité à l’abacavir et au ténofovir. Seize patients avaient eu des NNRTI et 14 d’entre eux avaient développé des résistances. Pour 6, un NNRTI de nouvelle génération a pu être prescrit grâce aux résultats des RL. Chez ces patients, le traitement était toujours efficace après un suivi moyen de 12 mois. Les RL peuvent aider le clinicien pour la modification du traitement, particulièrement pour les NNRTI. Cependant, il faut les analyser en parallèle des RP connues car il existe des mutations potentiellement archivées dans d’autres compartiments et non vues sur les RL.

Dans certains cas, une chirurgie de reprise au cours d'une infection intravasculaire (IIV) n'est pas envisageable, laissant donc en place le foyer infectieux. Une antibiothérapie au long cours peut être proposée pour contrôler l'infection, sans toutefois guérir le foyer infectieux. Nous avons souhaité évaluer cette pratique. Il s'agit d'une étude rétrospective sur les patients avec une IIV au sein de 2 CHU. Neuf patients ont bénéficié d'une antibiothérapie suppressive (AS) au cours d'une IIV. La médiane d'âge est de 66,1 ans (55–82). Il s'agissait de 8 hommes et 1 femme. Ils étaient tous porteurs de matériel : 6 prothèses vasculaires, 1 valve cardiaque, 1 stimulateur, 1 système d'assistance cardiaque implantable. Aucun d'eux n'était opérable. Le diagnostic d'infection était « certain » dans 5 cas et « probable » dans 4 cas, toutes étaient tardives. Les germes en cause étaient : SAMS, SEMR, E. faecalis, E. coli, Pyocyanique, K. oxytoca, C. striatum, seuls ou associés. Ils ont tous reçu une antibiothérapie première (3 semaines – 6 mois) par voie parentérale puis une antibiothérapie par voie orale à visée suppressive. Les antibiotiques utilisés étaient : Pristinamycine, cotrimoxazole, amoxicillline, fluoroquinolone, rifampicine, acide fusidique, azithromycine, seul ou associés. La tolérance était globalement correcte avec 1 seule intolérance digestive à la pristinamycine. Le suivi médian après la mise en place de l'AS est de 8,7 mois (2 – 13 mois). Au cours de ce suivi, il n'y a pas eu de récidive de l'infection. Deux patients sont décédés dans le suivi, mais les causes de décès n'étaient pas en rapport avec l'infection. L'utilisation d'une AS chez des patients avec une infection vasculaire sur matériel ne pouvant être retiré, et donc à fort risque de récidive, permet d'éviter la récidive et de leur proposer une qualité de vie satisfaisante avec peu d'effets secondaires.

L’infectiologie est par définition transversale, cependant ses contours sont flous et il est difficile de quantifier des avis qui ne sont pas toujours valorisés sur le plan financier. Nous avons évalué l’activité de conseil du SMIT d’un CHU dans une étude prospective sur 2 ans et demi. 6 789 avis ont étés donnés pendant 2,5 ans soit 10,7 avis/j pour une semaine de 5 jours. Ce chiffre est cependant sous-évalué car certains médecins ont sous-déclaré. Ces avis concernent le CHU (61,4 %), la ville (27,1 %), les hôpitaux généraux (6,5 %), les cliniques (4,3 %). Les demandes se font essentiellement par téléphones ou bons (77,4 %), en direct dans le service (11,7 %) et lors de visites hebdomadaires régulières (10,1 %). Tous les services du CHU ont au moins fait une demande (76,8 % provenant du bâtiment principal), ainsi que tous les CHG de la région mais aussi certains CH extra-régionaux. Le taux de déplacement au lit du patient est de 30,5 % sur l’ensemble du CHU et de 17,3 % suite à un appel. Il s’agit principalement d’une activité de conseil (50,8 %), des modifications de traitement (22,9 %) et des débuts de traitement (14,8 %). Parmi les demandes extérieures, les généralistes sont les plus représentés (nombre d’appels supérieur au service du CHU le plus demandeur). On retrouve ensuite les conseils pour les voyages et les demandes de patients. Ces 3 catégories représentent 26,1 % de l’ensemble des avis. En terme de valorisation, un remboursement sous forme de C2 des avis extra-service (au sein du CHU) aurait rapporté au SMIT : 78 728 €/an. L’activité de conseil est très importante en MIT que ce soit en intra ou en extrahospitalier. Cette activité n’étant pas facturable, elle n’est pas valorisée donc peu voire pas visible au niveau administratif, alors qu’elle représente un temps non négligeable (équivalent de 9 semaines à temps plein pour un praticien par an dans notre cas).

Infectious disease control and prevention relies on a thorough understanding of the factors determining transmission. This article summarizes the fundamental principles of infectious disease transmission while highlighting many of the agent, host, and environmental determinants of these diseases that are of particular import to public health professionals. Basic principles of infectious disease diagnosis, control, and prevention are also reviewed.

The aims of this study were to describe the clinical, biological and radiological features of community-acquired (CA) Legionnaires’ disease (LD) and identify the predictors of mortality in hospitalised patients. Demographic data, risk factors, clinical and biological features, medical management, complications, and outcome from 540 hospitalised patients with confirmed CA LD were prospectively recorded. 8.1% of patients (44 out of 540) died. The predictors of survival after Kaplan–Meier analysis were male sex (p=0.01), age <60 yrs (p=0.02), general symptoms (p=0.006), intensive care unit (ICU) stay (p<0.001), and class II–III Pneumonia Severity Index score (p=0.004). Six predictors of death were identified by multivariate analysis: age (per 10-yr increment) (relative hazard (RH) 1.50, 95% CI 1.21–1.87), female sex (RH 2.00, 95% CI 1.08–3.69), ICU admission (RH 3.31, 95% CI 1.67–6.56), renal failure (RH 2.73, 95% CI 1.42–5.27), corticosteroid therapy (RH 2.54, 95% CI 1.04–6.20) and C-reactive protein (CRP) >500 mg·L−1 (RH 2.14, 95% CI 1.02–4.48). Appropriate antibiotic therapy was prescribed for 70.8% (292 out of 412) of patients after admission and for 99.8% (537 out of 538) of patients after diagnosis confirmation. In conclusion, female sex, age, ICU stay, renal failure, corticosteroid treatment and increased level of CRP are significant risk factors for mortality in CA LD.

In July 2008, in France, guidelines for antibiotic prescriptions for urinary tract infections (UTIs) were amended. As general practitioners (GPs) treat numerous UTIs, we wanted to evaluate whether they followed these guidelines. In order to do this, we performed a prospective study. The point of call was urinalyses. Using this selection method together with criteria diagnostic for urinalysis, we confirmed that patients presented a UTI. Each GP was contacted. Prescriptions were analysed and compared to the 2008 French guidelines for UTIs. Our study included 185 urinalyses. UTIs diagnosed by GPs were as follows: acute cystitis: 72.4 %, prostatitis: 13.5 %, nephritis: 8.7 % and asymptomatic bacteriuria: 5.4 %. The principal antibiotics used were: quinolone (59.5 %), furan (17.8 %) and cotrimoxazole (6.5 %). Only 20 % of the prescriptions were compliant with the guidelines. The correct antibiotic but not the dose or the duration of prescription was selected in 8.1 % of the prescriptions. For cystitis, inappropriate prescription was associated with an extra cost of 694 €, namely, 7.4 € per treatment. GP prescriptions for UTIs do not follow the guidelines. Even if GPs assert that they are aware of the emergence of resistant strains, it seems that they do not take into account the objective of quinolone restriction, which was one of the backbones of these guidelines.

La méthode actuellement utilisée pour le diagnostic des encéphalites herpétiques (HSE) est la PCR. Nous avons cependant eu dans notre expérience récente des résultats de PCR négatifs, contrastant avec un tableau et une évolution évocateurs d'HSE. 3 patients hospitalisés pour encéphalite d'apparition récente, avaient des PCR HSV 1 et 2 négatives sur les différents liquides céphalorachidiens (LCR) analysés. Un dosage d'IgG anti-HSV intrathécales et une comparaison avec le taux sérique ont été réalisés. Nous avons utilisé le quotient albumine et les formules de Tibbling-Link et de Schuller qui permettent de vérifier si la synthèse est purement intrathécale ou s'il s'agit d'une transsudation. Chez les 3 patients, on retrouvait une synthèse intrathécale spécifique témoignant de la réaction du système immunitaire au niveau de l'encéphale et donc de l'infection à HSV. Ces résultats positifs confirmaient le tableau clinique, électro-encéphalographique et radiologique. Les autres étiologies classiques d'encéphalites avaient été éliminées. Ces résultats ont permis de redresser le diagnostic et de maintenir pour 2 patients l'aciclovir qui aurait du être suspendu vu les résultats des PCR. L'évolution clinique a été favorable dans les 3 cas. La PCR est devenue la méthode de référence pour la détection des virus dans le LCR, cependant, elle peut être prise en défaut. Il est reconnu que faite trop tôt dans l'histoire clinique elle peut être négative. Par ailleurs, la charge virale peut être très faible et entraîner des faux négatifs. Devant des tableaux clinicoradiologiques fortement évocateur d'HSE un résultat de PCR négatif entraîne une errance diagnostique et le risque d'arrêter à tord le traitement. L'utilisation de cette technique permet de rattraper le diagnostic.