Annual trivalent influenza vaccines contain one of influenza B lineages; influenza B/Victoria-lineage or influenza B/Yamagata viruses. Theoretically, these vaccines should protect against viruses expected to circulate in the next influenza season. The National Influenza Centers, based on surveillance data from National Reference Laboratories, selects the strains composing each annual trivalent or tetravalent vaccine. Nevertheless, in some epidemics, vaccine strains do not match genetically with circulating strains. The aim of the present study is to compare the HA1-domain of 42 influenza B viruses circulating in Cuba during the 2012-2013 season with the vaccine strain B/Wisconsin/01/2010-like virus from the B/Yamagata lineage, included in the 2012-2013 Northern-Hemisphere Influenza vaccine. The efficacy of the influenza vaccine was also estimated. The analysis of the present study indicates that the B/Victoria and B/Yamagata lineages co-circulated in Cuba in the 2012-2013 season. In 2012-2013 season, according to the sequences analysis, trivalent vaccine did not match with the circulating strains. The present study also detected amino acid substitutions which could have altered the antigenic properties of HA gene. The results presented here suggest the need to consider a possible introduction of tetravalent influenza vaccine in Cuba, as has been recommended by the WHO to ensure higher levels of protection.

Influenza A(H1N1)pdm09 virus has evolved continually since its emergence in 2009. For influenza virus strains, genetic changes occurring in HA1 domain of the hemagglutinin cause the emergence of new variants. The aim of our study is to establish genetic associations between 35 A(H1N1)pdm09 viruses circulating in Cuba in 2011-2012 and 2012-2013 seasons, and A/California/07/2009 strain recommended by WHO as the H1N1 component of the influenza vaccine. The phylogenetic analysis revealed the circulation of clades 3, 6A, 6B, 6C and 7. Mutations were detected in the antigenic site or in the receptor-binding domains of HA1 segment, including S174P, S179N, K180Q, S202T, S220T and R222K. Substitutions S174P, S179N, K180Q and R222K were detected in Cuban strains for the first time.

Introduccion : Las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa fundamental de mortalidad y morbilidad a nivel mundial, siendo sus principales agentes causales los virus respiratorios. La deteccion rapida y precisa de estos patogenos es determinante en el tratamiento y la prevencion de las enfermedades que ocasionan y los metodos moleculares de diagnostico constituyen herramientas muy utiles por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez en la obtencion de los resultados. Metodo : El presente trabajo se propuso introducir cuatro ensayos de RT-PCR en tiempo real para el diagnostico y la vigilancia del laboratorio mediante el procesamiento de la totalidad de las muestras recibidas en el periodo comprendido entre septiembre 2013 y abril 2014 que incluyo la extraccion automatizada de acidos nucleicos. Resultados : Se procesaron un total de 2441 muestras clinicas respiratorias. Se detecto senal de amplificacion para alguno de los virus respiratorios en 1290 muestras para un 52,85%. El mayor numero de positivos se obtuvo para el virus sincitial respiratorio humano, con un 47,83% de positividad. Este elevado porcentaje fue consecuencia de un evento epidemico por un nuevo genotipo de este agente sobre el cual se alerto oportunamente a las autoridades nacionales de salud. Conclusion : Los ensayos introducidos permitieron actualizar y aumentar la sensibilidad del algoritmo para el diagnostico y la vigilancia de los virus respiratorios en Cuba.

Introduccion : El mejor entendimiento de los cambios en la ocurrencia de enfermedades es esencial para planificar y ejecutar estrategias eficientes para su prevencion y control. .Influenza es una infeccion viral aguda que causa altos indices de morbilidad y mortalidad a nivel mundial y los virus influenza Ay B son los principales agentes etiologicos. El conocimiento de su comportamiento temporal y distribucion geografica es esencial para los Programas Nacionales de Salud. Es bien conocido este comportamiento en paises con clima templado, no asi en regiones tropicales y subtropicales como nuestro pais. Metodo: Se empleo la metodologia descrita por Azziz-Baumgartner y cols en 2005 y 2012 utilizada en la Plataforma de investigacion en America Central tomando los datos de un periodo de 5 anos (2009-2013) del muestreo sistematico de vigilancia de ETI e IRAG del Centro Nacional de Influenza, y considerando la disponibilidad de >25 muestras positivas para influenza por ano y la caracterizacion de los virus identificados comparandolos con las cepas que se encuentran en la formulacion de la vacuna del hemisferio sur y norte. Resultados: La actividad de influenza en Cuba al igual que en otros paises tropicales de las Americas tipicamente empieza durante mayo y termina en septiembre por lo que las epidemias anualmente se extienden aproximadamente por 5 meses. Las cepas circulantes predominantes guardan mayor similitud (83%) con aquellas que se encuentran en la formulacion de la vacuna del hemisferio Sur. Conclusio n: La estacionalidad de los virus influenza en Cuba parece estar relacionada con los meses de lluvia y la vacuna del hemisferio sur es la mas actualizada lo que sugiere la necesidad de realizar transformaciones al Programa Nacional de Prevencion y control de las IRA en cuanto a la estrategia de vacunacion antigripal.

Introduccion: La caracterizacion de los adenovirus (AdV) es de gran utilidad, desde el punto clinico y epidemiologico, debido a su asociacion con diferentes sindromes y el valor pronostico que ello implica en pacientes de diferentes grupos de riesgo. Objetivo: Caracterizar molecularmente los aislamientos de AdV obtenidos de muestras de pacientes de todo el pais con infeccion respiratoria aguda (IRA) como parte del Programa Nacional de Vigilancia de las IRA, a partir de muestras colectadas entre los anos 2010 y 2013. Metodos: La identificacion de los aislamientos como AdV se realizo mediante reaccion en cadena de la polimerasa (RCP) universal y se confirmo por un ensayo de inmunofluorescencia con anticuerpos monoclonales. Para la caracterizacion en especies y serotipos, se utilizaron metodologias de RCP en plataformas multiples, que permiten definir diferentes serotipos en una sola reaccion. Resultados: De los 58 aislamientos confirmados como AdV, se caracterizaron 49 y 9 quedaron sin tipificar, a pesar de ser positivos a la RCP universal. Se identificaron las especies B (34,6%) y C (65,3%), la cual predomino, en concordancia con numerosos trabajos epidemiologicos a nivel mundial. No se encontraron coinfecciones entre ambas especies. Los serotipos encontrados fueron AdV2 (n=29), AdV5 (n=3) y AdV3 (n=17). Conclusiones: Se identificaron las especies y los serotipos de AdV circulantes en Cuba en los ultimos 4 anos. Se hace necesario continuar con la vigilancia y caracterizacion de los AdV para estimar la contribucion de estos serotipos a las IRA en Cuba y detectar la introduccion de posibles variantes con potencial epidemico.

Las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa fundamental de mortalidad y morbilidad a nivel mundial, siendo sus principales agentes causales los virus respiratorios. La deteccion rapida y precisa de estos patogenos es determinante en el tratamiento y la prevencion de las enfermedades que ocasionan. Los metodos moleculares de diagnostico constituyen herramientas muy utiles por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez en la obtencion de los resultados. El presente trabajo se propuso optimizar cuatro sistemas de transcripcion reversa-reaccion en cadena de la polimerasa en tiempo real multiple para el diagnostico de 15 virus respiratorios causantes de infeccion respiratoria aguda, asi como introducir el sistema optimizado para el diagnostico y la vigilancia del laboratorio. Para la optimizacion de los sistemas de TR-RCPtr se utilizaron 352 exudados nasofaringeos del periodo comprendido entre julio–agosto de 2013, y se empleo como prueba de referencia un sistema de TR-RCPpf. Se determino la sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo y negativo e indice de kappa del sistema multiple en tiempo real. Se calculo la eficiencia de los sistemas simple y multiple de TR-RCPtr mediante el metodo de curva de calibracion y calculo de la pendiente. Ademas, se realizo el diagnostico de laboratorio en el periodo comprendido entre septiembre del ano 2013 a mayo del ano 2014 con la tecnica de TR-RCPtr multiple optimizada. Del total de muestras que se procesaron para la optimizacion, 162 resultaronpositivas mediante el metodo en tiempo real, y 112 por el metodo a punto final. La sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo, valor predictivo negativo e indice kappa promedio de la tecnica en evaluacion fue 100%, 98,4%, 67%, 100% y 0,8 respectivamente. Ademas, los valores de eficiencia para el sistema multiple estuvieron dentro del rango de 90,30% a 103,09%, similares a los que se obtuvieron por el sistema simple. La introduccion del ensayo optimizado, permitio la deteccion de 1290 muestras clinicas positivas a virus respiratorios, con el porcentaje mayor de positividad para el virus sincitial respiratorio humano, con un 47,83%. En resumen, el sistema multiple en tiempo real resulto ser mas sensible que el sistema multiple a punto final y se comporto con valores de eficiencia similares al sistema simple en tiempo real. Estos ensayos optimizados permitieron actualizar el algoritmo para el diagnostico y la vigilancia de los virus respiratorios en Cuba.

In this report, we describe the emergence of reassorted H1N1 swine influenza virus, originated from a reassortment event between the H1N1 pandemic influenza virus (H1N1p/2009) and endemic swine influenza virus in Cuban swine population. In November 2010, a clinical respiratory outbreak was reported on a pig fattening farm in Cuba. Phylogenetic analysis showed that all the genes of one of the isolate obtained, with the exception of neuraminidase, belonged to the H1N1p/2009 cluster. This finding suggests that H1N1pdm has been established in swine and has become a reservoir of reassortment that may produce new viruses with both animal and public health risks.

During 2005During -2008, the Cuban National Infl uenza Center (NIC) at the Pedro Kourí Institute in Havana, Cuba, implemented a protocol for infl uenza surveillance proposed by the Pan American Health Organization and the US Centers for Disease Control and Prevention (1).One of the most essential features of this protocol was strengthening laboratory capacity for surveillance of seasonal infl uenza and timely detection of a new infl uenza virus with pandemic potential.On April 26, 2009, in response to an outbreak of pandemic (H1N1) 2009 in Mexico, NIC proposed an algorithm with 2 phases for processing specimens.The purpose of the algorithm was to identify the novel virus, effectively monitor its circulation in Cuba, and make these data available to the national health authorities and the World Health Organization (WHO) (2).The fi rst phase of the algorithm was used during April-September 2009.Following the recommendations of WHO (3), this phase included fl uorescent antigen tests, nucleic acid extraction by using QIAamp Viral RNA and QIAamp Viral DNA Kits (QIAGEN, Hilden, Germany), and 3 reverse transcription PCR (RT-PCR) assays for typing and subtyping of infl uenza A viruses.RT-PCRs were used for differential diagnoses, which included 15 other respiratory viruses (4-7).At the same time, on the basis of pandemic (H1N1) 2009 virus sequences published on the Global Initiative on Sharing Avian Infl uenza Data website (http://platform.gisaid.org/dantecms/struktur.jdante?aid=1131), we designed a primer set specifi c for the hemagglutinin gene and we developed an in-house, conventional RT-PCR

Introduccion. La significacion de la infeccion por Adenovirus (AdV) en pacientes inmunocomprometidos ha sido firmemente establecida. Estas infecciones tienen el potencial de causar enfermedad diseminada, con altos indices de mortalidad, y son consideradas un gran problema en el cuidado de estos pacientes. Objetivo. Investigar el papel de los adenovirus en las infecciones respiratorias en pacientes cubanos infectados por el VIH y caracterizar los aislamientos obtenidos en especies y serotipos, utilizando tecnicas de biologia molecular. Materiales y Metodos. Fueron investigadas prospectivamente 21 muestras de liquidos broncoalveolares de pacientes seropositivos al VIH, con sintomas respiratorios de larga evolucion, de etiologia no precisada, dentro de los cuales predominaba la neumonia a repeticion que, a pesar de la terapia antibiotica, permanecian sin resolver. El diagnostico inicial fue realizado mediante PCR y aislamiento viral. La identificacion y caracterizacion en serotipos de los aislamientos fue realizada por metodos de PCR. Fueron investigados, ademas, otros patogenos respiratorios tales como bacterias y hongos. Resultados. De las 21 muestras, en 10 de ellas (48%) fue detectada la presencia de AdV y el virus fue aislado en siete (70%). La neumonia fue la manifestacion clinica predominante en el 50% de los casos positivos. Los AdV encontrados pertenecieron a las especies B (28%) y C (71%), serotipo 3 y serotipos 1 y 2, respectivamente. En el 80% de los casos, AdV fue encontrado como unico patogeno y en 2 (20%) fue detectado junto con bacterias. Conclusiones. Se identificaron a los adenovirus como causantes de infeccion respiratoria en pacientes seropositivos al VIH, particularmente las especies B y C; por lo que su inclusion en los complementarios de rutina seria util para el manejo y tratamiento del paciente VIH con infeccion respiratoria. La combinacion de tecnicas clasicas y moleculares, introducidas en el laboratorio, resultaron utiles para el diagnostico, la identificacion y la caracterizacion de este grupo viral.

La vacunación anual contra la influenza es una acción estratégica fundamental para reducir la morbilidad, la mortalidad y las complicaciones ocasionadas por esta enfermedad. Su aplicación se recomienda en los grupos de riesgo, sobre todo en los ancianos con peligro de desarrollar una influenza severa o complicada. Atendiendo a esta condición se evaluó, después de aplicar una dosis única (0,5 mL por vía intramuscular) de la vacuna Agrippal S1/Chiron, recomendada por la OMS para la temporada 1997-1998, la respuesta inmune humoral antihemaglutinina en 38 mujeres con una edad ³ a 65 años, todas pertenecientes a un hogar de ancianas (institución estatal) de La Habana, Cuba. Para ello se utilizó la técnica de inhibición de la hemaglutinación en muestras de suero, obtenidas a partir de la sangre extraída en tres etapas: prevacunación (inmediatamente antes de su aplicación), posvacunación (30 días después) y un año después de la inmunización durante la temporada de influenza 1997-1998. Al aplicar el test de Student en los resultados obtenidos se observó que al comparar los niveles de anticuerpos protectores detectados en la etapa posvacunal (78,94%) y al año de la inmunización (42,11%), con los identificados en la etapa prevacunal, existían diferencias estadísticamente significativas (p=0,0094 y p=0,0018), respectivamente. La comparación de los porcentajes de positividad detectados en las tres etapas investigadas (28,94%; 97,36% y 86,84%) fue también significativo mediante el test de Chi cuadrado (p<0,00001). La respuesta a la inmunización antigripal obtenida en este grupo de riesgo apoya la política de revacunación en los ancianos, individuos donde se observan las mayores tasas de mortalidad por influenza y neumonía.

Background: Influenza epidemics are caused by rapid evolution of the viral genome and continue to play a significant role in the annual frequency of mortality and morbidity as a result of respiratory tract infection. World Health Organization created more than 50 years ago the World Influenza Surveillance System, which has contributed to the knowledge and the understanding of the epidemiology of these viruses. However, it still is necessary to improve and strengthen the surveillance and control of this disease all over the world. Method: During the 2005–2006 influenza season, the totality of respiratory samples were analyzed using two multiplex RT nested-RCP multiplex for the detection of 14 respiratory virus and an third RT nested PCR assay (L gen) was used for detection of hMPV. Recently, we introduce two RT nested-RCP for the typing and subtyping of hemagglutinin and neuraminidase of influenza A virus, including the subtype A (H5N1). Results: Virological surveillance highlighted the predominant circulation of B viruses (32% of isolates) in Cuba, in contrast to many other countries in Europe and North America where AH3N2 viruses were isolated most frequently, and in contrast to the infrequent isolation of B viruses in Cuba during the previous years. Influenza A(H1N1) viruses were not identified. However, the surveillance through serum pair studies showed a predominant positively to influenza A (H3N2) and the circulation studies using monoserum of health population (children and adults) showed very low titles to Influenza A (H1N1). Three viruses influenza B were characterized by direct sequencing of haemagglutinin (HA1). Preliminary phylogenetic analysis indicated that the totality of the B viruses belonged to the B/Victoria/2/87-lineage. Conclusion: With the implementation of new advanced techniques in the NCI of Cuba, we will be able to undertake an effective monitoring of the circulation of influenza virus in our country and will keep the national health authorities alert and the WHO about the strains circulating in the country.

Se obtuvo un antisuero policlonal con alto titulo, alta especificidad y sensibilidad, contra la hemaglutinina de la cepa de influenza A/Johannesburg/33/94 que pertenece al subtipo A (H3N2). Se describe el proceso de obtencion del antigeno o inmunogeno, el esquema de inmunizacion y su aplicacion a las ratas Wistar como modelo animal; y se valido mediante la tecnica de inhibicion de la hemaglutinacion (IH). El antisuero obtenido fue tratado con enzima destructora de receptores de produccion nacional (EDR/IPK) para la eliminacion de inhibidores inespecificos de la IH. La validacion se realizo frente a un panel que incluyo 9 cepas de referencia de influenza de los subtipos A(H3N2), A(H1N1) y el tipo B. No se detectaron reacciones inespecificas frente a cepas A(H1N1) y del tipo B. Se determino el tipo y subtipo de aislamientos autoctonos con resultados satisfactorios

Background: During the 1994–1995 season, an increase in the circulation of influenza type B was observed in our infantile population, according to serological studies (hemagglutination-inhibition). We reported the case of four children (<1 year old) that were diagnosed with influenza-like illness, who developed a severe disease (rapid progressive encephalopathy) with high fever, drowsiness and recurrent convulsions, and were presumptively diagnosed with encephalomyocarditis. Brain and lung necropsies were carried out. Materials and methods: Initial laboratory diagnosis was done by immunofluorescence assay on brain and lung samples, followed by viral isolation in MDCK cells and chicken eggs. The isolates were characterized antigenically by haemagglutination-inhibition assay (HI) with post-infection ferret antisera. Results: For the immunofluorescence technique, four samples were positive. In MDCK and chicken eggs, six haemagglutinating agents characterized by hemagglutination-inhibition were similar to the B/Beijing/184/93-like reference strain (four from the lungs and two from the brain). Data from the morbidity report will be presented. Serological studies (monosera and pair sera) showed an increase in the circulation of influenza B in our infantile population. Conclusions: The pathogenesis of encephalopathy is still not clarified. However, we believe that viremia is the key to initiation. There is an urgent need to promote vaccination against influenza in young children to prevent these devastating disease conditions.