Nghiên cứu được thực hiện nhằm làm rõ đặc điểm thực vật và cung cấp thêm thông tinvề hoạt tính hạ đường huyết của Dền gai tại Việt Nam. Dền gai được định danh bằngphương pháp ADN, khảo sát đặc điểm hình thái bằng phương pháp thường quy. Sơ bộhóa thực vật theo phương pháp Ciuley cải tiến bởi Trường Đại học Y Dược Thành phốHồ Chí Minh. Chiết xuất cao toàn phần và 5 cao phân đoạn petroleum ether, chlorofrom, ethyl acetat, n-butanol, nước. Thử hoạt tính chống oxy hóa dựa trên mô hình 2,2- diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) và ức chế enzym α-glucosidase trên 6 mẫu cao chiết. Nghiên cứu đã xác định được loài Dền gai (Amaranthus spinosus) bằng phương pháp giải trình tự gen matK, đặc điểm hình thái tương đồng với tài liệu tham khảo. Thànhphần hóa học có chứa chất béo, acid hữu cơ, flavonoid, carotenoid, triterpen, saponin, tanin, chất khử và hợp chất polyuronic. Cao phân đoạn chloroform có hoạt tính chống oxi hóa (IC50 144,97 μg/mL) và ức chế enzym α-glucosidase (IC50 239,25 μg/mL) tốt nhất. Mẫu chứng dương vitamin C (IC50 10,95 μg/mL) và acarbose (IC50 254,03 μg/mL).® 2024 Journal of Science and Technology - NTTU

Từ nghiên cứu trước đó, tác giả đã phân lập được ba saponin, neochlorogenin 6-O-α- L-rhamnopyranosyl-(1→3)-β-D-quinovopyranosid (S-1), (25S)-6α-hydroxy-5α- spirostan-3-on-6-O-α-L-rhamnopyranosyl-(1→3)-β-D-quinovopyranosid (S-2) và solanolactosid A (S-3) từ phân đoạn cao ethyl acetat (EtOAc) của quả cà dại hoa trắng Solanum torvum Sw. Dựa trên một số nghiên cứu về tiềm năng của các glycosid steroid trong quả Solanum torvum Sw. có 3 saponin được thử hoạt tính độc tế bào. Kết quả cho thấy S-1 và S-2 có hoạt tính độc tế bào đáng được quan tâm. S-1 có khả năng ức chế mạnh 3 dòng tế bào ung thư HepG2, K562 và MCF-7 với giá trị IC50 tương ứng là (41,38 ± 2,53) mM, (23,04 ± 2,52) mM và (12,04 ± 2,28) mM. S-2 có khả năng gây độc mạnh trên 2 dòng tế bào ung thư K562 và MCF-7 với IC50 lần lượt là (12,04 ± 2,69) mM và (12,04 ± 2,99) mM. S-3 không có hoạt tính gây độc tế bào. Kết quả thử nghiệm phù hợp với các nghiên cứu trước đó và cung cấp thêm thông tin làm tăng khả năng ứng dụng của quả cà dại hoa trắng trong hỗ trợ điều trị bệnh ung thư. ® 2022 Journal of Science and Technology - NTTU ® 2022 Journal of Science and Technology - NTTU

Cây Dung là một loài cây gỗ thường mọc ở miền Trung và Tây Nguyên. Lá Dung thường được sử dụng trong y học cổ truyền để hỗ trợ hệ tiêu hóa, chữa các chứng khó tiêu và rối loạn kinh nguyệt. Nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng dịch chiết từ lá Dung có nhiều hoạt tính hữu ích, bao gồm khả năng hạ lipid máu, chống oxy hóa, gây độc tế bào và hạ đường huyết. Nghiên cứu đã thu thập và xác định được mẫu thực vật lá Dung từ huyện Trà Bồng, tỉnh Quảng Ngãi là loài Symplococ cochinchinenis bằng phương pháp DNA. Nghiên cứu tối ưu hóa hoạt tính chống oxy hóa của lá Dung, được thực hiện bằng phương pháp khảo sát điều kiện chiết xuất.Các dung môi được sử dụng bao gồm nước, ethanol (EtOH) (50, 70 và 96) %. Ngoài ra, các điều kiện hỗ trợ như siêu âm và nhiệt độ cũng được xem xét. Kết quả cho thấy rằng chiết xuất bằng EtOH 70 % và siêu âm trong 20 phút tại 40 oC tạo ra cao chiết có hoạt tính chống oxy hóa đánh giá bằng phương pháp bắt gốc tự do DPPH tốt nhất ,C50 = (439,99 ± 14,58) µg/mL ® 2024 Journal of Science and Technology - NTTU

Bơm ABCC2 (ATP Binding Cassette subfamily C member 2) thuộc họ bơm sử dụng năng lượng ATP để vận chuyển các chất qua màng. Bơm ABCC2 còn được gọi là MRP2 (Multidrug Resistance Protein 2) vì bơm góp phần gây ra tình trạng kháng thuốc ở các tế bào ung thư. Bơm phân bố ở tế bào biểu mô ống mật ở gan, tế bào ống lượn gần, tế bào biểu mô ruột do đó bơm ảnh hưởng đến sự hấp thu và đào thải các chất độc nội sinh và các thuốc sử dụng đường uống. Trong đề tài này, mô hình mô tả phân tử docking được xây dựng nhằm xác định tương tác của các chất ức chế với các acid amin tại khoang trung tâm và dự đoán các chất có khả năng ức chế hoạt tính bơm. Công cụ FlexX tích hợp trong LeadIT được sử dụng để nghiên cứu mô hình mô tả phân tử docking của 204 chất có hoạt tính ức chế bơm. Cấu trúc homology của bơm ABCC2 được xây dựng bằng server tự động I-TASSER. Kết quả docking tại khoang trung tâm trên bơm ABCC2 cho thấy Arg943 là acid amin quan trọng tại khoang gắn kết, Arg943 tạo 2 liên kết hydro và 1 tương tác kỵ nước với đa số các chất ức chế. Đề tài đã xây dựng được mô hình homology của bơm ABCC2 bằng server I-TASSER với chất lượng tốt và độ tin cậy khá cao. Mô hình này tạo cơ sở cho việc docking các chất ức chế vào khoang trung tâm nhằm tìm ra các aicd amin và các liên kết quan trọng tại khoang gắn kết.

Efflux pumps have been reported as one of the significant mechanisms by which bacteria evade the effects of multiple antibiotics. The tripartite efflux pump MexAB-OprM in Pseudomonas aeruginosa is one of the most significant multidrug efflux systems due to its broad resistance to antibiotics such as chloramphenicol, fluoroquinolones, lipophilic β-lactam antibiotics, nalidixic acid, novobiocin, rifampicin, and tetracycline. A promising strategy to overcome this resistance mechanism is to combine antibiotics with efflux pump inhibitors (EPIs), which can increase their intracellular concentration to enhance their biological activities. Based on 143 EPIs with chemically diverse skeletons, the 3D pharmacophore and 2D-QSAR modelings were developed and used for the virtual screening on 9.2 million compounds including ZINC15, DrugBank, and Traditional Chinese Medicine databases to identify new EPIs. The molecular docking was also performed to evaluate the binding affinity of potential EPIs to the distal-binding pocket of MexB and resulted in 611 potential EPIs. The structure–activity relationship analyses suggested that nitrogen heterocyclic compounds, piperazine and pyridine scaffolds, and amide derivatives are the most favorable chemically features for MexAB inhibitory activities. The results from molecular dynamics analysis in 100 ns indicated that ZINC009296881 and ZINC009200074 were the most potential MexB inhibitors with strong binding affinity to the distal pocket and MM/GBSA ∆Gbind values of − 38.97 and − 30.19 kcal mol−1, respectively. The predicted pharmacokinetic properties and toxicity of these compounds indicated their potential oral drugs. Multistep virtual screening of EPIs for MexAB-OprM, efflux pump multidrug resistant of P. aeruginosa.

Các biến thể SARS-CoV-2 mới làm gia tăng tình trạng lây nhiễm, đồng thời làm giảm hiệu quả của vaccine và thuốc điều trị. Quả Solanum torvum được chứng minh có tiềm năng kháng virus. Sàng lọc ảo nhằm tìm kiếm các hợp chất kháng SARS-CoV-2 từ quả S. torvum là con đường hiệu quả giúp tiết kiệm thời gian và chi phí. 91 chất đã được công bố có trong quả S. torvum được tiến hành docking trên protease chính Mpro (6LU7). 5 chất có điểm số docking tốt nhất là quercetin, torvanol A, rutin, acid clorogenic và acid 4-O-caffeoyl quinic. Mô phỏng động lực học phân tử (MD) trong 50 ns cho thấy quercetin và acid clorogenic có khả năng gắn kết tốt vào Mpro (DGbind là −18,02 và −16,51 kcal/mol, tương ứng). Đánh giá ADMET cho thấy hai chất này ít độc tính và thích hợp dùng đường uống. Mô hình docking phân tử và mô phỏng MD đã xây dựng có khả năng sàng lọc tốt các chất ức chế Mpro, phù hợp với các nghiên cứu trước đây và có thể ứng dụng trong sàng lọc các hợp chất tự nhiên. ® 2023 Journal of Science and Technology - NTTU

AcrAB-TolC tripartite efflux pump, which belongs to the RND superfamily, is a main multi-drug efflux system of Escherichia coli (E. coli) because of the broad resistance on various antibiotics. With the discovering of efflux pump inhibitors (EPIs), a combination between these and antibiotics is one of the most promising therapies. Therefore, building a virtual screening model with prediction capacities for the efflux pump inhibitory activities of candidates from DrugBank and ZINC15 dataset, is one of the key goals of this project. Based on the database of 170 diverse chemical structures collected from 28 research journals, two 2D-QSAR models and a 3D-pharmacophore model have been performed. On the AcrB protein (PDB 4DX7), two binding sites have been discovered that match to the hydrophobic trap in the distal pocket and the switch loop in the proximal pocket. After virtual screening processes, twenty candidate AcrAB-TolC inhibitors have been subjected to molecular dynamics simulations, binding free energy calculations and ADMET predictions. The results indicate that three compounds namely DB09233, DB02581, and DB15224 are potential inhibitors with Delta G(bind) of -42.30 +/- 4.58, -40.76 +/- 7.30 and -31.06 +/- 7.63 kcal.mol(-1), respectively.Communicated by Ramaswamy H. Sarma

By virtual screening, we identify the potential of asymmetric imidazole-4,5-dicarboxamide derivatives as E. coli -AcrB efflux pump inhibitors. The compounds are synthesized and their inhibitory activity is evaluated by a biological assay.

Lichens produce secondary metabolites that have many pharmaceutical activities such as antimicrobial, antioxidant, antiviral, anticancer, antigenotoxic, anti-inflammatory, analgesic and antipyretic activities. However, there is limited research on their efflux pump inhibitory activities. Twelve phytochemicals were isolated from Usnea aciculifera, and their activity of AcrAB-TolC efflux pump inhibition was evaluated. Four potential compounds, which are diffractaic acid (2), 8' -O- methylstictic acid (5), 3-hydroxy-4-(methoxycarbonyl)-2,5-dimethylphenyl 2,4-dimethoxy-3,6-dimethylbenzoate (8) and 3-hydroxy-4-(methoxycarbonyl)-2,5-dimethylphenyl 2-hydroxy-4-methoxy-3,6-dimethylbenzoate (9), were found by virtual screening using pharmacophore and 2D-QSAR model. Compound 8 exhibited AcrB inhibition activity in vitro with an accumulation H33342 percentage compared with untreated control of 202% at a concentration of 50 µM and increased the antibacterial activity of levofloxacin by four-fold at a concentration of 200 µM. By molecular docking and molecular dynamics (MD) simulation, the binding affinity of depside and depsidone derivatives to AcrB was also clarified. Despite the poor docking score to the AcrB binding site, compound 8 was the most stable among the four complexes at 20 ns of MD simulation. The analysis of long MD at 100 ns indicated that compound 8 interacts strongly with the residues in the distal pocket, creating a stable complex with ΔGbind of -31.51 kcal.mol-1. According to the ADMETlab 2.0 web server's predictions of pharmacokinetics and toxicities, compound 8 has the potential for drug development.Communicated by Ramaswamy H. Sarma.

Background: Due to the widespread resistance to several antibiotics, the AcrAB-TolC tripartite efflux pump is the primary multi-drug efflux system of Escherichia coli. One of the most promising treatments since the discovery of efflux pump inhibitors is the combination of them with antibiotics. AIM: Based on the efflux pump inhibitor database and the structure of AcrB, the research was created the virtual screening models with prediction capabilities for the efflux pump inhibitory effects of candidates from the DrugBank and Traditional Chinese Medical databank. Methods: The pharmacophore models were developed by MOE 2015.10 software using a database of 119 efflux pump inhibitors discovered in 12 research publications and belonged to different structural classes. The binding site was found on the AcrB protein (PDB: 4DX7) by LeadIT 2.0.2 software that corresponds to the hydrophobic trap in the proximal pocket. Results: The potential inhibitors which satisfied the pharmacophore model and had docking scores under -20 kJ.mol-1 have been established. In which, TCM_20290, DB00303, DB04642, DB08116, TCM_29530, and 2,5-dimethyl-3-O-D-glucopyranosyl-naphthol have the best docking scores of -32.76, -26.59, -26.14, -25.62, -24.88, and -22.82 kJ.mol-1, respectively. Conclusions: After the screening, the result was obtained six compounds may be potential efflux pump inhibitors that can be used for additional studies. In the future, further in vitro and in vivo research should be required to confirm the effects of these compounds. The ongoing battle against antibiotic resistance shows promise with the finding on initiators that can obstruct AcrAB–TolC multidrug efflux pumps. Keywords: AcrAB-TolC, inhibitors, Escherichia coli, pharmacophore, molecular docking.

ABCG2 is an ABC membrane protein reverse transport pump, which removes toxic substances such as medicines out of cells. As a result, drug bioavailability is an unexpected change and negatively influences the ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity), leading to multi-drug resistance (MDR). Currently, in spite of promising studies, screening for ABCG2 inhibitors showed modest results. The aim of this study was to search for small molecules that could inhibit the ABCG2 pump. We first used the WISS MODEL automatic server to build up ABCG2 homology protein from 655 amino acids. Pharmacophore models, which were con-structed based on strong ABCG2 inhibitors (IC50 < 1 μM), consist of two hydrophobic (Hyd) groups, two hydrogen bonding acceptors (Acc2), and an aromatic or conjugated ring (Aro|PiR). Using molecular docking method, 714 substances from the DrugBank and 837 substances from the TCM with potential to inhibit the ABCG2 were obtained. These chemicals maybe favor synthesized or extracted and bioactivity testing.

Ngấm kiệt 7,02 kg bột quả Solanum torvum Sw. với 70 lít cồn 96 %; cô quay giảm áp thu được 656,88 g cao EtOH 96 %; chiết phân bố thu được 318,60 g cao CHCl3 và 15,75 g cao EtOAc. Phân lập 14 g cao EtOAc bằng sắc kí cột nhanh qua 5 phân đoạn (I ¸ V). Phân đoạn IV kết tủa tinh thể màu trắng, rửa nhiều lần với CHCl3, EtOAc, MeOH lạnh trên phễu thủy tinh xốp, kết hợp với dung môi MeOH thu được tinh thể hình kim màu trắng S-1 (596,71 mg). Phần dịch màu vàng còn lại tiến hành phân lập bằng kĩ thuật sắc kí cột Sephadex LH-20 thu được S-3 (18,46 mg). Phân lập phân đoạn III bằng kĩ thuật sắc kí cột cổ điển thu được S-2 (119,54 mg). Dựa vào số liệu phổ khối (MS), phổ cộng hưởng từ hạt nhân (1D-NMR, 2D-NMR) và so sánh với các tài liệu tham khảo đã xác định được S-1 là neochlorogenin 6-O-α-L-rhamnopyranosyl-(1→3)-β-D-quinovopyranosid, S-2 là (25S)-6α-hydroxy-5α-spirostan-3-on-6-O-α-L-rhamnopyranosyl-(1→3)-β-D-quinovopyranosid, S-3 là Solanolactosid A.

The overexpression of ABCC2/MRP2, an ATP-binding cassette transporter, contributes to multidrug resistance in cancer cells. In this study, a quantitative structure–activity relationship (QSAR) analysis on ABCC2 inhibitors has been carried out, aiming to establish a computational prediction model for ABCC2 modulators. Seven classification models and two regression models were built by SONNIA 4.2, and two other regression models were built by MOE 2008.10 based on a data set comprising 372 compounds collected from 16 relevant publications. The CPG-C iABCC2 model for classifying ABCC2 inhibitors has total accuracy of 0.88 and Matthews correlation coefficient MCC = 0.75. The CPG-C iEG model for classifying ABCC2 inhibitors (substrate EG: β-estradiol 17-β-d-glucuronide) has total accuracy of 0.91 and MCC = 0.82. The regression model PLS EG-IC50 for predicting ABCC2 inhibitors (substrate EG) gave root-mean-square error RMSE = 0.26, Q2 = 0.73 and $$ R_{\text{pred}}^{2} = 0.63 $$ . The regression model PLS CDCF-IC50 for predicting ABCC2 inhibitors [substrate CDCF: 5(6)-carboxy-2′,7′-dichlorofluorescein] gave RMSE = 0.31, Q2 = 0.74 and $$ R_{\text{pred}}^{2} = 0.67 $$ . Four 2D-QSAR models were applied to 1661 compounds, with results indicating 369 compounds having the ability to reverse the efflux of both EG and CDCF by ABCC2, 152 among them having IC50 < 100 µM.

In this era of multi-drug resistance, efflux pump is one of the major problems which is increasingly concerned by scientists. The structure and mechanism activity of the efflux pumps on both bacteria and eurakyotes that are gradually being clarified. Since then, efflux pump inhibitors have also been studied and initially applied in clinic, that makes an important contribution to preventing the outbreak of multi-resistant infections and cancers. Efflux pump inhibitors are often small synthetic molecules or plant metabolites that show great promise in inhibiting multi- resistant in both bacteria and cancerous cells. Keywords Efflux pump, EPI, bacteria, cancer, MRD. References [1] Ministry of pulic health, Decision on Guidelines for the Management of Community-Based Pneumonia in children 2014 (in Vietnamese).[2] UNICEF Viet Nam, The top two fatal diseases for children in the Asia-Pacific region and Viet Nam, 2012 (in Vietnamese).[3] Nguyen Van Quang, Analysis of the cost of treating decompensated cirrhosis due to hepatitis C at Ho Chi Minh Tropical Hospital and Bach Mai Hospital in Ha Noi 2015 University graduation thesis in pharmacy (2017) (in Vietnamese).[4] Duc Anh Dang, Kah Kee Tan, Ki Hwan Kim, Cissy Kartasasmita, et al, Burden of hospitalized childhood community-acquired pneumonia: A retrospective cross-sectional study in Vietnam, Malaysia, Indonesia and the Republic of Korea, Human vaccin Immunother 14 (1) (2018) 95-105. https://doi.org/10.1080/21645515.2017.1375073.[5] Philip Ayieko, Ulla Griffiths, Angela Oloo Akumu, Mike English, The economic burden of inpatient paediatric care in Kenya: household and provider costs for Treatment of pneumonia, malaria and meningitis.; Cost Effectiveness and Resource Allocation 7(3) (2009) 1-13. https://doi.org/10.1186/1478-7547-7-3.[6] Nguyen Ngoc Tu, Analyze the direct cost of treating community-acquired pneumonia at Thai Nguyen tuberculosis and lung disease year 2015, Master's thesis in pharmacy (2017) (in Vietnamese).[7] Bui Thi Quyen, Analyze the cost of treating community-acquired pneumonia at the children's hospital in Nam Dinh province 2015, Grade 1 specialized pharmacist thesis (2016) (in Vietnamese).[8] Hamidah Hussain, Hugh Waters, Aamir J Khan, Saad B Omer, et al, Economic analysis of childhood pneumonia in Northern Pakistan, Heatlh policy plan 23(6) (2008) 438-444. https://doi.org/10.1093/heapol/czn033.

Acid γ-aminobutyric (GABA) có tác dụng hạ đường huyết, hạ huyết áp, chống trầm cảm và giảm lo lắng. Hạt đậu nành nảy mầm có hàm lượng GABA khá cao và được sử dụng khá phổ biến trong đời sống. Nghiên cứu được thực hiện nhằm xây dựng một qui trình đơn giản làm giàu GABA của đậu nành, tăng giá trị sản phẩm. Nghiên cứu khảo sát các yếu tố ảnh hưởng đến hàm lượng GABA trong quá trình nảy mầm yếm khí như: pH nước ngâm, nhiệt độ và thời gian nảy mầm; đồng thời tối ưu hóa điều kiện nảy mầm để thu được hàm lượng GABA cao nhất. Hàm lượng GABA được đo theo phương pháp đo quang. Số liệu được xử lí bằng phần mềm Design- Expert 8.0.6. Kết quả cho thấy pH nước ngâm, nhiệt độ và thời gian nảy mầm có ảnh hưởng quan trọng đến sự tích lũy hàm lượng GABA. Hàm lượng GABA cao nhất là 23,467ppm gấp 9,46 lần so với đậu nguyên liệu với điều kiện tương ứng là pH 6,5; nhiệt độ 35oC và thời gian nảy mầm 3 ngày.

NorA is a member of the Major Facilitator Superfamily (MFS) drug efflux pumps that have been shown to mediate antibiotic resistance in Staphylococcus aureus (SA). In this study, QSAR analysis, virtual screening and molecular docking were implemented in an effort to discover novel SA NorA efflux pump inhibitors. Originally, a set of 47 structurally diverse compounds compiled from the literature was used to develop linear QSAR models and another set of 15 different compounds were chosen for extra validation. The final model which was estimated by statistical values for the full data set (n = 45, Q(2) = 0.80, RMSE = 0.20) and for the external test set (n = 15, R(2) = 0.60, |res|max = 0.75, |res|min = 0.02) was applied on the collection of 182 flavonoides and the traditional Chinese medicine (TCM) database to screen for novel NorA inhibitors. Finally, 33 lead compounds that met the Lipinski's rules of five/three and had good predicted pIC50 values from in silico screening process were employed to analyze the binding ability by docking studies on NorA homology model in place of its unavailable crystal structures at two active sites, the central channel and the Walker B.