COVID Topic必读

新冠疫情发生以来，很多机构和学者发表了论文，我们将其中的代表性论文整理如下：

1. Ascertainment rate of novel coronavirus disease (COVID-19) in Japan

作者：Ryosuke Omori, Kenji Mizumoto, Hiroshi Nishiura

发表时间：2020-03-10

为了估计新型冠状病毒（COVID-19）的确诊率，本篇论文分析了截至2020年2月28日日本确诊的COVID-19病例的流行病学数据集。研究发现非严重病例的确诊率约为0.44（95％CI:0.37~0.50)；严重病例的诊断和报告可能性是其他病例的两倍。

2. Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein

作者：Alexandra C Walls, Young-Jun Park, M Alejandra Tortorici, Abigail Wall, Andrew T McGuire, David Veesler

发表时间：2020-03-19

该研究由美国华盛顿大学David Veesler课题组完成，详细的阐释了S蛋白在新冠病毒与宿主侵染和膜融合的机制。研究表示SARS-CoV-2 S利用ACE2进入细胞，并且SARS-CoV-2 S和SARS-CoV S的受体结合域与人ACE2的亲和力相似，与人体SARS-CoV-2的有效传播相关。研究发现，SARS-CoV-2 S糖蛋白在S1 / S2亚基之间的边界处具有furin蛋白酶切割位点，该位点在生物发生过程中被加工，并将这种病毒与SARS-CoV和SARS相关的CoV分开。研究确定了SARS-CoV-2 S胞外域三聚体的冷冻电镜结构，为疫苗和病毒侵入抑制剂的设计提供了蓝图。最后，研究证明感染SARS-CoV S的小鼠血浆可同时抑制新冠病毒 S和SARS-CoV S介导的进入靶细胞。

3. Risk Factors Associated With Acute Respiratory Distress Syndrome and Death in Patients With Coronavirus Disease 2019 Pneumonia in Wuhan, China

作者：Chaomin Wu, Xiaoyan Chen, Yanping Cai, Jia'an Xia, Xing Zhou, Sha Xu, Hanping 4. Huang, Li Zhang, Xia Zhou, Chunling Du, Yuye Zhang, Juan Song

发表时间：2020-03-13

本研究为对中国武汉金银滩医院2019年12月25日至2020年1月26日收治的201例确诊COVID-19肺炎患者的回顾性队列研究。研究的主要终点为ARDS与死亡，研究收集和分析了患者的流行病学、人口统计学、临床、实验室、管理、治疗和结果数据。本次研究为对中国武汉金银滩医院2019年12月25日至2020年1月26日收治的201例确诊COVID-19肺炎患者的回顾性队列研究。研究的主要终点为ARDS与死亡，还收集和分析了患者的流行病学、人口统计学、临床、实验室、管理、治疗和结果数据。

4. Spike protein binding prediction with neutralizing antibodies of SARS-CoV-2

作者：Tamina Park, Sang-Yeop Lee, Seil Kim, Mi Jeong Kim, Hong Gi Kim, Sangmi Jun, Seung Il Kim, Bum Tae Kim, Edmond Changkyun Park, Daeui Park

发表时间：2020-02-27

此项研究旨在通过生物信息学方法，鉴定与SARS-CoV-2sipke（S）蛋白结合并干扰病毒S蛋白与宿主受体相互作用的中和抗体。S蛋白的序列分析显示，SARS-CoV-2s蛋白的RBD区与SARS-CoV和SARS-CoV相关的蝙蝠病毒（btSARS-CoV）相比有两个主要差异。插入区接近人ACE2受体的相互作用残基。中和抗体表位分析表明，SARS-CoV中和抗体使用构象表位，而MERS-CoV中和抗体使用一个共同的线性表位区，在MERS-CoV-S蛋白中形成β-片结构，在SARS-CoV-2s蛋白中缺失。为了鉴定SARS-CoV-2的有效中和抗体，通过抗体-抗原对接模拟，预测并比较了中和抗体与SARS-CoV-2s蛋白的结合亲和力。结果表明，人源CR3022中和抗体与SARS-CoV-2s蛋白的结合亲和力可能高于SARS-CoV-2s蛋白。研究还发现F26G19和D12小鼠抗体与SARS冠状病毒S蛋白具有高亲和力。

5. Transmission potential of COVID-19 in South Korea

作者：Eunha Shim, Amna Tariq, Wongyeong Choi, Yiseul Lee, Gerardo Chowell

发表时间：2020-03-02

自2020年1月20日在韩国首次发现2019年新型冠状病毒（COVID-19）感染以来，确诊病例数迅速增加。截至2020年2月26日，韩国确认有1,261例COVID-19病例，其中12例死亡。使用COVID-19的发病率数据，本篇论文估计传染数为1.5（95％CI：1.4～1.6），证明保持社交距离的政策有助于快速控制疫情。

6. Inhibition of SARS-CoV-2 infection (previously 2019-nCoV) by a highly potent pan-coronavirus fusion inhibitor targeting its spike protein that harbors a high capacity to mediate membrane fusion

作者：Shuai Xia, Meiqin Liu, Chao Wang, Wei Xu, Qiaoshuai Lan, Siliang Feng, Feifei Qi, Linlin Bao, Lanying Du, Shuwen Liu, Chuan Qin, Fei Sun

发表时间：发表时间：2020-03-12

此项由复旦大学团队开展的研究发现新型冠状病毒与SARS-CoV相比具有更好的质膜融合能力。该研究解析了新型冠状病毒 S蛋白S2亚基中HR1和HR2域的六螺旋束（6-HB）核心的X射线晶体结构，揭示了HR1域中的几个突变氨基酸残基可能是与HR2域的增强相互作用相关。研究者之前开发了一种泛冠状病毒融合抑制剂EK1，其靶向HR1结构域，并可以通过测试的多种人类冠状病毒（包括SARS-CoV和MERS-CoV）抑制感染。该研究发现脂肽之一EK1C4对新型冠状病毒 S介导的膜融合和PsV感染表现出强效的抑制活性，其IC50s为1.3nM和15.8nM，与EK1肽相比，分别强约240倍和150倍。EK1C4对其他测试的人类冠状病毒假病毒（包括SARS-CoV和MERS-CoV以及SARSr-CoV）的膜融合和感染具有高度抑制作用，并能有效抑制5种受检测的人类冠状病毒的复制，包括新型冠状病毒。在用HCoV-OC43感染小鼠之前或之后，鼻内施用EK1C4可保护小鼠免受感染，这表明EK1C4可用于预防和治疗当前正在流行的新型冠状病毒和其他新出现SARSr-CoV的感染。

7. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study

作者：Nanshan Chen, Min Zhou, Xuan Dong, Jieming Qu, Fengyun Gong, Yang Han, Yang Qiu, Jingli Wang, Ying Liu, Yuan Wei, Jia'an Xia, Ting Yu

发表时间：2020-02-15

来自中国武汉金银潭医院、上海交通大学医学院和中国科学院的研究人员对99名确诊患上2019-nCoV肺炎并入住武汉金银潭医院的患者的流行病学和临床特征进行了综合探索。武汉金银潭医院收治了首批2019-nCoV肺炎患者。这些研究人员取得的发现如下所示：（1）在这99名2019-nCoV肺炎患者中，49人（49%）有接触华南海鲜市场的历史；（2）这些患者的平均年龄为55.5岁，包括67名男性和32名女性；（3）通过实时RT-PCR在所有这些患者中检测到2019-nCoV；（4）50名（51％）患者患有慢性疾病；（5）这些患者的临床表现为发烧（82 [83％]患者），咳嗽（81 [82％]患者），呼吸急促（31 [31％]患者），肌肉疼痛（11 [11％]患者），精神错乱（9名[9％]患者），头痛（8名[8％]患者），喉咙痛（5名[5％]患者），鼻涕（4名[4％]患者），胸痛（2名[2％]患者），腹泻（2 [2％]例），恶心和呕吐（1 [1％]例）；（6）根据影像学检查，74名（75％）患者表现出双侧肺炎，14名（14％）患者表现出多发斑片状阴影和磨玻璃样阴影，1名（1％）患者患有气胸；（7）17名（17％）患者发展为ARDS，其中11例（11％）患者在短时间内病情恶化并死于多器官功能衰竭。

8. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus-Infected Pneumonia

作者：Qun Li, Xuhua Guan, Peng Wu, Xiaoye Wang, Lei Zhou, Yeqing Tong, Ruiqi Ren, Kathy S M Leung, Eric H Y Lau, Jessica Y Wong, Xuesen Xing, Nijuan Xiang

发表时间：2020-01-29

文章作者来自中国疾控中心、武汉疾控中心等机构。此项分析了武汉最早的425例确诊病例的数据，以确定NCIP的流行病学特征。研究收集了截至2020年1月22日已报告的，经实验室确诊的NCIP病例的人口统计学特征、暴露史和疾病时间线的信息。在2020年1月1日前发病的病例中，大部分（55%）与华南海鲜批发市场相关，而在此后发病的病例中，仅8.6%与华南海鲜批发市场相关。平均潜伏期为5.2天（95%置信区间[CI]，4.1~7.0），潜伏期分布情况的第95百分位数为12.5天。在初期，倍增时间为7.4天。由一人传至另一人的平均间隔时间（serial interval）为7.5天（95% CI，5.3~19），基本再生数估计为2.2（95% CI，1.4~3.9）。根据这一信息，有证据表明，自2019年12月中旬以来，密切接触者之间已发生人际传播。

9. Preliminary Identification of Potential Vaccine Targets for the COVID-19 Coronavirus (SARS-CoV-2) Based on SARS-CoV Immunological Studies

作者：Syed Faraz Ahmed, Ahmed A Quadeer, Matthew R McKay

发表时间：发表时间：2020-02-25

此项由香港科技大学开展的研究确定了一组SARS-CoV-2冠状病毒疫苗的潜在目标，为SARS-CoV-2引起的COVID-19肺炎疫苗的开发指出了关键的实验方向。与2003年导致SARS(严重急性呼吸系统综合症)爆发的SARS- CoV一样，SARS- CoV -2也属于同一种冠状病毒属。通过考虑SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的遗传相似性，该研究利用实验确定的免疫数据来识别一组与SARS-CoV-2完全匹配的SARS-CoV衍生的B细胞和T细胞表位。表位是免疫系统识别的生物标记，可触发针对病毒的行动。由于在现有的SARS-CoV-2基因序列中未发现已识别的表位发生突变，因此对这些表位进行免疫靶向可能会对新的肺炎COVID-19提供保护。

10. Crystal structure of Nsp15 endoribonuclease NendoU from SARS-CoV-2

作者：Youngchang Kim, Robert Jedrzejczak

发表时间：2020-03-03

美国芝加哥大学等机构研究人员前期制备了大量 SARS-CoV-2 相关蛋白，并解析了 SARS-CoV-2 病毒株中 Nsp15 核糖核酸内切酶（NendoU）的高分辨率晶体结构，研究发现，SARS-CoV-2中的Nsp15呈六聚体，具有核糖核酸内切酶的功能活性结构。其与SARS和MERS冠状病毒中的Nsp15同源，在活性位点的氨基酸序列和蛋白构象上高度保守。

11. The within-host viral kinetics of SARS-CoV-2

作者：Chentong Li, Xu Jinhu, Jiawei Liu, Yicang Zhou

发表时间：2020-03-07

12. Potential benefits of precise corticosteroids therapy for severe 2019-nCoV pneumonia

作者：Wei Zhou, Yisi Liu, Dongdong Tian, Cheng Wang, Sa Wang, Jing Cheng, Ming Hu, Minghao Fang, Yue Gao

发表时间：2020-02-21

13. Diagnosis of Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Infection by Detection of Nucleocapsid Protein

作者：Bo Diao, Kun Wen, Jian Chen, Yueping Liu, Zilin Yuan, Chao Han

发表时间：2020-03-13

14. Genomic variations of SARS-CoV-2 suggest multiple outbreak sources of transmission

作者：Liangsheng Zhang, Zhenguo Zhang, Zhenguo Lin

发表时间：2020-03-05

15. Epidemiological and clinical features of 2019-nCoV acute respiratory disease cases in Chongqing municipality, China: a retrospective, descriptive, multiple-center study

作者：Di Qi, Xiaofeng Yan

发表时间：2020-03-03

16. Targeted Oxidation Strategy (TOS) for Potential Inhibition of Coronaviruses by Disulfiram — a 70-Year Old Anti- Alcoholism Drug

作者：Luyan Xu, Jiahui Tong, Yiran Wu, Suwen Zhao, Bo-Lin Lin

发表时间：2020-03-05

17. Comparison of severe and non-severe COVID-19 pneumonia: review and meta-analysis

作者：Weiping Ji, Jing Zhang, Gautam Bishnu, Xudong Du, Xinxin Chen

发表时间：2020-03-09

18. Transmission dynamics of the COVID-19 outbreak and effectiveness of government interventions: A data-driven analysis

作者：Yaqing Fang, Yiting Nie, Marshare Penny

发表时间：2020-03-06

19. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China

作者：Chaolin Huang, Yeming Wang, Xingwang Li, Lili Ren, Jianping Zhao, Yi Hu, Li Zhang, Guohui Fan, Jiuyang Xu, Xiaoying Gu, Zhenshun Cheng, Ting Yu

发表时间：2020-01-24

20. First known person-to-person transmission of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in the USA

作者：Isaac Ghinai, Tristan D McPherson, Jennifer C Hunter, Hannah L Kirking, Demian Christiansen, Kiran Joshi, Rachel Rubin, Shirley Morales-Estrada, Stephanie R Black, Massimo Pacilli, Marielle J Fricchione, Rashmi K Chugh

发表时间：2020-03-12

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