目的 分析2017-2021 年广州市病毒性腹泻主要病原轮状病毒和诺如病毒的特征,为病毒性腹泻病例监测和防控提供参考依据.方法 收集广州市2017年1 月1 日—2021 年12 月31 日各哨点监测医院的疑似及确诊腹泻病例标本,使用实时荧光RT-PCR法检测病毒核酸.结果 5年内共采集粪便或肛拭子等标本共5 364份,检测为阳性的有1 583份,阳性率为29.51％;A组轮状病毒和诺如病毒的阳性率分别为11.26％、20.74％;检出轮状病毒和诺如病毒混合感染134 份,Gl和GⅡ混合感染30份.诺如病毒GⅡ型主要在秋冬季高发.轮状病毒全年均可发病,其高发季节为冬春季.患者年龄主要集中在0～5 岁.A组轮状病毒阳性者的男女比为1.27∶1,诺如病毒阳性者的男女比1.52∶1,GⅡ.4[P31]型和GⅡ.2[P16]型是诺如病毒最主要的2种基因亚型.A组轮状病毒以G9P[8]型最多,其次分别是G8P[8]、G2P[8]、G3P[8]型,同一病例多重基因型别感染的情况暂未发现.结论 广州地区诺如病毒的高发季节为秋冬季,轮状病毒则是每年11 月至次年3 月,两种病毒均在5 岁以下儿童更易感染,GⅡ.4[P31]型和GⅡ.2[P16]型是诺如病毒最主要的2种基因亚型,轮状病毒以G9P[8]型流行为主,G8P[8]型出现小流行.应加强病毒性腹泻的日常监测,分析该病毒病原谱的变化,做好预防控制措施.

目的 了解2018-2021年广州市手足口病病原分布特征,为有效防控提供参考依据.方法 2018-2021年,收集广州市11家哨点监测医院疑似手足口病病例及疑似暴发疫情标本,采用实时荧光RT-PCR法检测病毒核酸.结果 4年内共收集粪便、肛拭子等标本13 392份,肠道病毒阳性9 364份,阳性率为69.92％.各年阳性率分别为73.82％、70.38、48.11％、73.76％;CoxA6阳性率最高(23.55％),其他依次为CoxA16(16.83％)、其他肠道病毒(13.33％);粪便标本阳性率(70.71％)高于肛拭子标本(67.88％);不同月份阳性率波动在50.82％～77.95％;男性阳性率(70.87％)高于女性(68.62％);≤5岁组阳性率最高(71.30％),其他依次为＞5～≤14岁组(59.88％)、＞14岁组(40.74％);主城区阳性率(68.74％)低于近郊区(70.77％);以上差异均有统计学意义(P值均＜0.05).结论 2018-2021年广州市手足口病主要病原为CoxA6、CoxA16;高发期应提高其他肠道病毒检测率,及时发现手足口病病原谱的变化.

目的 了解广州市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中柯萨奇病毒A1(型(coxsackievirus A10,CV-A10)VP1区基因特征.方法 采用荧光RT-PCR法对2017-2020年广州市HFMD病例标本进行检测确定病毒型别.对CV-A10阳性病例流行病学特点进行分析.挑选CV-A10阳性代表样本进行病毒培养和VP1区基因扩增测序,采用DNAstar7.1及Mega 6.0对测序序列进行分析.结果2017-2020年共检测肠道病毒阳性样本8430份,其中CV-A10阳性样本564份(6.69％).CV-A10阳性病例主要集中在5-7月,以5岁以下儿童为主,男女性别比为1.42:1.本研究共获得68株CV-A10毒株VP1区全长序列,对其进行序列分析表明,CV-A10毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8％～100％和96.9％～100％,与原型株Kowalik(AF081300)核苷酸和氨基酸同源性为69.8％～71.8％和91.4％～93.8％.分子进化树分析显示,广州市CV-A10毒株均位于C2亚型中的Cluster1和Cluster3 2个分支上.结论 CV-A10是引起广州市HFMD的优势病原体之一,其基因型均为C2亚型,2017-2020年共有2个分支在广州市共同流行.

目的 分析广州市某小学人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)聚集性疫情的流行病学特征及其血清型,为今后HRV暴发疫情处置提供参考.方法 采用现场流行病学方法对病例进行调查,采集出现病例班级的学生咽拭子排查新型冠状病毒及流感病毒,两者为阴性样品进行呼吸道多病原体检测.对HRV阳性样本进行VP4/VP2基因序列扩增及测序,采用SeqMen及MEGA6.0软件对基因序列进行修饰及构建系统进化树.结果 本次疫情共发现34例病例,罹患率为2.39％(34/1 421),其中男性16例,女性18例.发病人群年龄6～12岁,中位年龄为9岁.首例病例发病时间为2020年9月4日,末例9月15日发病,经过7 d最长潜伏期无新发病例.班级分布具有明显聚集性,主要分布于3个班.病例均为轻症,其中发热34例(100％,34/34),流涕18例(52.94％,18/34),咽痛15例(44.12％,15/34),喷嚏13例(38.24％,13/34),咳嗽12例(35.29％,12/34),头痛1例(2.94％,1/34).采集17份咽拭子样本检测,有7份为HRV阳性,其他样本呼吸道病原体均为阴性.VP4/VP2序列分析显示引起此次疫情的HRV为A34血清型.结论 在新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)常态化防控背景下,应加强对学校发热人群中新型冠状病毒及其他呼吸道病原体的监测.

目的 分析广州市某高等学校人鼻病毒暴发疫情的流行特征并提供防控经验.方法 对2020年11月3日广州市某高等学校报告一起不明原因发热聚集性疫情进行流行病学调查,跟踪病例病情进展,并对病例进行新型冠状病毒、流感病毒以及呼吸道多种病原体核酸检测.结果 11月3-7日发病疫情共发病13例,学校罹患率为0.43％(13/3 054),呈点源暴露模式.疫情发生具有聚集性,主要集中于20级机电6班(9例,罹患率69.23％);疫情涉及宿舍病例集中在A2楼占72.73％;病例年龄15～19岁,其中男生11例,女生2例;临床症状以发热(100.00％)和头痛(53.85％)为主要特征,所有发热病例均为一过性低热;经实验室检测,13份咽拭子中5份为鼻病毒核酸阳性,阳性率为38.46％,并排除其他14种呼吸道传染病毒.结论 该起鼻病毒暴发疫情主要传播途径为呼吸道传播或接触传播,疫情暴发具有聚集性,应加强学校班级和宿舍的通风,做好消毒,发现病例及时隔离,防止此类事件的发生.

目的 对甲型H1N1流感病毒进行基因组全序列遗传特征分析,为流感的科学防控提供新数据.方法 选取7株2019年广州市甲型H1N1流感病毒进行全基因组序列测定,分析其遗传特征.结果 7株病毒的核苷酸同源性最高为PB2基因(98.8％～99.9％),最低为NA基因(97.3％～99.2％).总体上,不同月份的H1N1流感分离株在遗传进化上以时间分布为聚类特征,特别是2019年6月份以后的H1N1分离株与我国使用的2020-2021年疫苗推荐株A/Guangdong-Mao-nan/1536/2019 (H1N1)亲缘关系最近,位于同一进化分支.疫苗株所在分支的分离株除PA和M1蛋白外,其余蛋白均有不同数量的相同特异性氨基酸突变.分离自监测哨点医院流感样病例的毒株与社区流感暴发疫情的毒株属于同一进化分支.全基因组8片段的遗传进化树显示,未发现不同基因来源的基因重配现象.结论 广州市甲型H1N1流感疫情流行株与门诊监测流行株高度同源,进化起源相同.全基因组序列上推荐疫苗株与流行株匹配性较好,未发现基因重配现象.

Objective:To investigate the pathogenic spectrum of hand, foot and mouth disease(HFMD)from 2017 to 2019 in Guangzhou, and analyze molecular epidemiological characteristics of coxsackievirus A6 (CV-A6).Methods:Enterovirus A71 (EV-A71), CV-A16, CV-A6 and enterovirus were tested by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction(RT-qPCR). The CV-A6 representative samples were isolated and the VP1 region of isolates were amplified and analized by Mega5.0 and SeqMen.Results:A total of 7 578 enterovirus-positive specimens were detected from 2017 to 2019, 320 specimens were positive for EV-A71, 1481 specimens were positive for CV-A16, 3171specimens were positive for CV-A6, and 2606 specimens were positive for other enterovirus. Children under the age of 5 years were the most vulnerable population, and the male/female incidence ratio was 1.56∶ 1.The incidence occurred in all seasons, one peak between May and July, the other between September and November. The virus was isolated from 80 CV-A6 positive specimens and the full length of VP1 gene region was sequenced and nucleotide sequence similarity analysis was performed. The nucleotide homology in the VP1 region was 93%-100%, and the amino acid homology was 98%-100%. The nucleotide homology with the CV-A6 prototype strain (Gdula) VP1 region was 79%-81%, and the amino acid homology was 95%-97%. The nucleotide homology with the representative strain of D3 subtype was 92%-98%, and the amino acid homology was 98%-100%. Phylogenetic tree shows that all CV-A6 belonged to the sub-genotype D3 and distributed in multiple branches.Conclusions:CV-A6 is emerging as one of the major pathogen causing HFMD in Guangzhou, and all insolates belonged to D3 subtype. Closely monitoring the molecular characteristics of CV-A6 and changes in the pathogen spectrum can provide scientific basis for HFMD prevention and control.

目的 掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据.方法 对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征.结果 A/EN/Guangzho u/13 5 6 5/2018(H6 N2)毒株各基因片段最大相似度毒株均为国内H6N2 禽流感病毒,核苷酸最大相似性在96.85％～98.22％之间,氨基酸最大相似性在96.30％～99.30％之间.各基因片段均属于欧亚谱系,HA、PB2、PB1、PA、M、NS基因归属于ST33 9-like分支,NP基因归属于HN573-like分支,发生多分支进化来源的重组.NA基因在HxN2 亚型基因中归属于H6N2 分支.该病毒为禽源低致病性病毒,但在PB2-89 位、PB1-473 位、PB1-F2 蛋白、PA-409位、M1-30/215位、NS1-42/205位均发生对哺乳动物致病性增强的氨基酸变异.结论 广州地区禽类市场监测发现的1 株重组H6N2禽流感病毒,属于禽源低致病性病毒,但存在发生跨宿主传播的潜在风险,需加强监测.

目的 通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据.方法 对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点.结果2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源.2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势.HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株H4蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性.2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变.结论 广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性.

目的 调查分析新型冠状肺炎(简称新冠肺炎)流行期间广州市某高校一起由人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)引起的上呼吸道感染暴发疫情的流行,为HRV暴发疫情预防控制提供科学依据.方法 采用现场流行病学调查方法,对病例进行现场流行病学调查;采集出现病例班级的学生咽拭子利用呼吸道多病原体检测试剂盒进行呼吸道或病原体核酸检测.结果 本起疫情累计报告病例29例,罹患率为0.49％(29/5 868),其中男性25例,女性4例,男女比例为6.25∶1.首发病例发病时间与其他发热病例时间均在一个星期之内.班级分布有明显聚集性,主要集中在三个班级中.病例临床表现主要以发热为主(100.00％),为一过性发热.结论 HRV感染引起的症状多为一过性发热轻症病例,且主要为男性病例.在新冠肺炎疫情防控常态化背景下,学校等单位发生聚集性发热疫情除排查新型冠状病毒及流感病毒核酸外,如阴性亦需排查鼻病毒等呼吸道病原体以明确病原体.

目的 分析广州市某幼儿园鼻病毒感染暴发疫情流行病学特征,为学校鼻病毒暴发疫情防控提供科学依据.方法 通过现场流行病学调查收集和整理病例基本信息;采集患儿咽拭子排查新型冠状病毒、流感病毒以及呼吸道多病原体.结果 某幼儿园累计报告病例60例,其中男性29例、女性31例,整体罹患率为8.87％(60/677);60例病例均出现发热,其中4例报告咽痛,4例报告咳嗽症状;发病高峰期为9月23日;患儿年龄介于3～5岁,全校共计14个班级涉疫,其中6个班级报告超过5例病例;采集12份咽拭子中5份鼻病毒核酸阳性.结论 本起聚集性疫情由鼻病毒感染所致,在呼吸道传染病高发期,中小学校及托幼机构需警惕鼻病毒的袭击.

目的 本文对广州市2018年输入性DENV-4型病毒的生物学来源进行分析,为本地登革热的防控提供科学依据并累积基线数据.方法 通过传染病监测网络收集广州市2018年输入性DENV-4病例,对急性期患者血清进行病毒分离培养并对分离到的DENV-4毒株进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析.结果 共分离得到5株DENV-4毒株,其中4株由泰国和柬埔寨输入的分离株均属于DENV-4基因Ⅰ型;菲律宾输入的病例分离株与其他4株亲缘性较低,属于DENV-4基因Ⅱa型;5株分离株间的核苷酸(氨基酸)同源性为90.8％ (96.7％～96.9％);经过比对,5株分离株和6株参考株的E蛋白区域有9个位点出现差异,NS1蛋白区域有14个位点出现差异,NS5蛋白区域有25个位点出现差异.结论 本研究对广州地区输入性DENV-4毒株进行全基因组测定,间接地掌握周边国家地区DENV-4的基因特征,为本地登革热的防控和溯源提供基线数据,具有重要的公共卫生意义.

目的 分析广州市2018年输入型登革热病毒3型(DENV-Ⅲ)毒生物学来源,为本地登革热防控提供科学依据和基线数据.方法 通过传染病监测网络收集广州市2018年输入型DENV-Ⅲ病例,对患者急性期血清进行病毒分离培养、全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析.结果 共分离到4株DENV-Ⅲ型毒株,株间核苷酸(氨基酸)同源性为91.8％～97.3％(97.6％～99.4％);泰国输入的分离株属于G-Ⅰ型,与印度尼西亚2016年分离株的距离最近;其余3株分离株属于G-Ⅲ型,在进化树上处于同一分支,分别与老挝、巴基斯坦和新加坡分离株的距离最近;经过比对,4株分离株和13株参考株的E蛋白区域有18个氨基酸位点出现替换,NS1蛋白区域有7个氨基酸位点出现替换,NS5蛋白区域有21个氨基酸位点出现替换.结论 广州市2018年输入型DENV-Ⅲ毒株分属于2个不同的基因型亚群,在进化上距离较远,抗原性差异较大;通过全基因组测序和特征分析,逐步完善周边地区的病毒特征信息,为防控工作提供生物学溯源依据,具有重要意义.

目的 初步评价NS1抗原检测在广州市登革热高发季节中的应用价值及影响因素.方法 选取2017年6-11月登革热确诊病例454例及相应的对照样本648例.同时采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测NS1抗原、IgM及IgG抗体,实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测病毒RNA.采用X2检验对结果进行分析.结果 NS1-ELISA检测的灵敏度和特异度分别为94.27％和94.59％,阳性似然比和阴性似然比分别为17.46和0.06,Kappa值为0.88;NSl-ELISA法与IgM/IgG-ELISA法联合使用能明显提高检测灵敏度(X2=8.588,P＜0.01),但检测的特异度降低(X2=9.360,P＜0.01);NSl-ELISA法对于早期病人检测的灵敏度明显高于IgM/IgG-ELISA法(X2=155.529,P＜0.001);登革病人中IgG抗体的出现会降低NS1抗原检出率(X2=33.522,P＜0.001).结论 NSl-ELISA检测在广州市登革热早期病例的检测中具有较高的灵敏度,与其它方法联合使用能有效地提高检测灵敏度,但是抗体的出现会降低NS1抗原检出率.