采集广西25个猪场的病料,对猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性组织样品进行全S基因扩增.将41株全S基因进行序列比对及遗传进化分析,41株PEDV的S基因之间核苷酸同源性为94.8％～100％,与参考毒株核苷酸同源性为89.3％～99.4％.S基因进化树图谱显示,广西当前流行的PEDV可分为2个谱系.Attenuated-DR13、CV777和该研究中的 CHGXLC055-92013、CHGXLC055-52013、CHGXGP035-72013和 CHGXGP035-82013为 Cluster1;Cluster3包括该研究另外37株毒株、韩国株 Spk1、HuN和日本株NK等参考毒株.表明广西大部分毒株S基因与欧洲株CV777、LZC等国内早期毒株存在较大的差异,进化树亲缘关系比较远;在抗原表位区域存在较大变异,当前的CV777疫苗株在防控PEDV入侵时可能不会产生良好的免疫保护效果.

目的 对广西犬只尤其是宠物犬中携带H9N2亚型流感病毒进行全基因组序列特征分析以及小鼠的致病性研究,为流感病毒疫情的防控提供科学依据.方法 采用RT-PCR的方法扩增、测序全基因组,DNAStar和MEGA6.0软件分析氨基酸同源性和进化树,通过小鼠感染实验探究其致病性.结果 13株H9N2毒株8个基因节段来源于5个不同谱系的毒株,属于新基因型,氨基酸同源性与广西分离株A/equine/Guangxi/3/2011≥99.0％,6个内部基因与2013年自人流感病毒分离株H7N9亲缘关系密切.毒株HA的裂解位点均为RSSR↓ GLF,表明低致病力.氨基酸位点HA226、NA119、NP375和PB2的701位等有变化,其中HA226位为亮氨酸L,具有与人SAα2,6-Gal结合的特性.BALB/c小鼠感染健康犬只中分离的H9N2病毒未在体内复制,而源自感冒犬只的毒株Ca/GX/8和Ca/GX/10能够在体内复制,临床症状明显但不致死.病毒经小鼠体内传代后致病力增强,推测是PB2的611位和PA623位氨基酸改变导致.结论 从广西各地犬只中获得的13株H9N2亚型流感病毒株经分析发现虽源于禽源,但具备和人源受体特异性结合的能力,且内部基因遗传进化关系复杂,对哺乳动物及人类存在较大威胁,亟需加强防控.

[目的]明确广西猪源H9N2亚型流感病毒的遗传特征及分子生物学特性(抗原性、耐药性和致病性),为广西猪源H9N2亚型流感病毒的防控提供科学依据.[方法]以分离自广西百色地区的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)为研究对象,运用RT-PCR扩增其全基因组的8个基因片段(HA、NA、NP、M、NS、PB1、PB2和PA基因),经克隆测序后进行核苷酸序列及氨基酸位点分析.[结果]2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的核苷酸序列开放阅读框(ORF)分别是PB2:2280 bp、PB1:2274 bp、PA:2151 bp、HA:1683 bp、NP:1497 bp、NA:1410 bp、M:982 bp和NS:838 bp.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒全基因组仅M基因核苷酸序列与猪源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,而HA、NA、NP、NS、PA、PB2和PB1基因核苷酸序列均与禽源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,在基因型分类上属于G57基因型,为我国广泛流行的H9N2亚型基因型.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的HA蛋白发生R180Q、T213A、D216E、M224L、N285S和V287T突变,NA蛋白抗原决定簇S331V、W403S和Q431K也发生突变;NA蛋白在N2亚型的耐药性关键位点119E、151D、292R、276E和294N位点未发生突变,但在NA蛋白抗原区存在S331V、K367E和Q432K突变,且M2氨基酸位点发生S31N突变.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒HA蛋白连接HA1和HA2的氨基酸均为RSSR↓GLF;HA蛋白存在1个因P315S突变而新增的潜在糖基化位点(NCS);NA蛋白未缺失NA潜在糖基化位点,也未出现NA蛋白颈部杆状结构63～65 aa缺失现象,在NA潜在糖基化位点中69、86、146、200和234 aa处非常保守,但发生W402S突变.[结论]从广西百色分离获得的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)虽为低致病力毒株,但在流感病毒基因重组过程中发挥重要作用,且其致病性有增强趋势,已对金刚烷胺类药物产生耐药性.因此,应加强广西地区哺乳动物H9N2亚型流感病毒的监控,并警惕其跨种间传播.

[目的]了解广西H9 N2亚型猪源流感病毒的分子流行病学特征并揭示其遗传变化规律,为有效防控猪流感提供参考依据.[方法]运用PCR方法扩增广西2株H9N2亚型猪源流感病毒(A/swine/Guangxi/P2/2011和A/swine/Guangxi/P3/2011)的HA基因,并进行克隆测序及序列比对分析,绘制遗传进化树.[结果]2株H9N2亚型猪流感分离株的HA基因全长1701 bp,开放阅读框(ORF)全长1683 bp,编码560个氨基酸;与参考毒株核苷酸的同源性在83.7％～98.3％,推导氨基酸同源性在86.6％～98.2％.遗传进化树分析结果显示,2株分离株与A/Duck/HongKong/Y280/97病毒同属欧亚谱系的Y280亚系,其HA基因的裂解位点序列均为RSSR↓GLF,具有低致病性流感病毒的分子生物学特征;共有8个糖基化位点,其中6个位于HA1区,2个位于HA2区;HA受体结合位点均具有人流感病毒和猪流感病毒特征.[结论]分离获得的广西2株H9N2亚型猪源流感病毒A/Swine/Guangxi/P2/2011和A/Swine/Guangxi/P3/2011,其HA基因属于欧亚普系的Y280亚系,均具备典型的低致病性和与人流感受体结合特征.

Using RT‐PCR method ,E0 gene of six CSFV strains were amplified ,cloned and sequenced . Then the sequences were analyzed and compared with the same gene sequences of HCLV strain ,Shimen strain ,Paderborn strain and GXWZ02 strain by DNAstar software . The nucleotide homologies were 80 .8%‐81 .5% ,82 .8%‐83 .3% ,93 .1%‐94 .2% and 93 .7%‐94 .2% , respectively , and amino acid w ere 88 .3%‐89 .7% ,89 .7%‐91 .1% ,96 .2%‐97 .7% and 97 .7%‐99 .1% with reference stains .The phylogenet‐ic analysis showed that GX strains and other 14 strains were classified as 2 groups ,while all the GX strains belonged to genotype Ⅱ .The study successfully sequenced the E0 gene of six CSFV strains in Guangxi . The results revealed that there is no large variation in Guangxi pandemic strains in recent years ,but a trend that virus development is far away from vaccine strain .

[目的]了解广西地区流行猪瘟病毒(CSFV)E2基因的变异规律与趋势,及其与疫苗毒株基因的差异性,为制定猪瘟防控措施提供科学依据.[方法]对广西地区流行CSFV毒株的E2基因进行克隆及序列测定,并与兔化弱毒(HCLV)、石门(Shimen)毒株的E2基因进行同源性比对分析,绘制遗传进化树.[结果]广西地区流行CSFV毒株与 HCLV株、Shimen株的核苷酸序列同源性为81.9％～83.3％和81.1％～82.4％,推导氨基酸序列同源性为89.3％～90.6％和87.9％～89.5％;不同广西地区流行毒株间的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性分别为90.8％～99.5％和94.1％～99.5％,且均属于S2基因群的S2.1亚群,其中广西玉林株GXYL1、GXYL2、GXYL3、GXYL4、GXYL5均属于S2.1b子群,而广西贺州株GXHZ1、GXHZ2与广西北海株GXBH1、GXBH2株属于S2.1c子群.与HCLV株、Shimen株的E2基因编码氨基酸序列相比,9株广西地区流行CSFV毒株共有49处氨基酸发生变异,其中与抗原特性有关的变异有5处,分别为G713E、T724Y、E727H、I732S和S734R位点.[结论]广西地区流行CSFV毒株随时间推移的变异不明显,但其遗传变异总趋势朝着偏离疫苗株的方向发展.

In this study,5 strains of Newcastle disease viruses were isolated from different hosts which col-lected from Guangxi province.The F genes of isolated strains were cloned,amplified,and the sequences were analyzed.The results indicated that F genes of 5 NDV strains shared 85.2%-98.6% nucleotide ho-mology and 88.9%-98.6% deduced amino acid homology.F genes of the 5 NDV strains had a relatively higher homology with the epidemic strains of Guizhou,Changchun and Fujian strains.The results of phy-logenetic analysis base on the first 374 bp in 5′-terminus of F gene indicated that Chicken/N3/Guangxi/05, Goose/G8/Guangxi/08 and the Horse/M10/Guangxi/08 belonged to genotype Ⅶ,and Swine/W7 /Guan-gxi/06 and Wild bird/W13/Guangxi/06 bird belonged to genotype Ⅱ.